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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-30177 | |||||||||
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タイトル | Lifeact-F-actin complex | |||||||||
マップデータ | Lifeact bound to F-actin | |||||||||
試料 |
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キーワード | F-actin / ADP-F-actin / CONTRACTILE PROTEIN-PROTEIN BINDING complex | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 tRNAThr (cytosine32-N3)-methyltransferase / tRNA (cytidine-3-)-methyltransferase activity / Striated Muscle Contraction / tRNA methylation / mating projection tip / actin filament bundle / skeletal muscle thin filament assembly / striated muscle thin filament / skeletal muscle fiber development / stress fiber ...tRNAThr (cytosine32-N3)-methyltransferase / tRNA (cytidine-3-)-methyltransferase activity / Striated Muscle Contraction / tRNA methylation / mating projection tip / actin filament bundle / skeletal muscle thin filament assembly / striated muscle thin filament / skeletal muscle fiber development / stress fiber / actin filament / 加水分解酵素; 酸無水物に作用; 酸無水物に作用・細胞または細胞小器官の運動に関与 / actin filament binding / protein-macromolecule adaptor activity / hydrolase activity / ATP binding / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Gallus gallus (ニワトリ) / Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) | |||||||||
手法 | らせん対称体再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.2 Å | |||||||||
データ登録者 | Kumari A / Ragunath VK | |||||||||
資金援助 | インド, 2件
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引用 | ジャーナル: EMBO J / 年: 2020 タイトル: Structural insights into actin filament recognition by commonly used cellular actin markers. 著者: Archana Kumari / Shubham Kesarwani / Manjunath G Javoor / Kutti R Vinothkumar / Minhajuddin Sirajuddin / 要旨: Cellular studies of filamentous actin (F-actin) processes commonly utilize fluorescent versions of toxins, peptides, and proteins that bind actin. While the choice of these markers has been largely ...Cellular studies of filamentous actin (F-actin) processes commonly utilize fluorescent versions of toxins, peptides, and proteins that bind actin. While the choice of these markers has been largely based on availability and ease, there is a severe dearth of structural data for an informed judgment in employing suitable F-actin markers for a particular requirement. Here, we describe the electron cryomicroscopy structures of phalloidin, lifeAct, and utrophin bound to F-actin, providing a comprehensive high-resolution structural comparison of widely used actin markers and their influence towards F-actin. Our results show that phalloidin binding does not induce specific conformational change and lifeAct specifically recognizes closed D-loop conformation, i.e., ADP-Pi or ADP states of F-actin. The structural models aided designing of minimal utrophin and a shorter lifeAct, which can be utilized as F-actin marker. Together, our study provides a structural perspective, where the binding sites of utrophin and lifeAct overlap with majority of actin-binding proteins and thus offering an invaluable resource for researchers in choosing appropriate actin markers and generating new marker variants. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_30177.map.gz | 58.9 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-30177-v30.xml emd-30177.xml | 15.3 KB 15.3 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
FSC (解像度算出) | emd_30177_fsc.xml | 9.1 KB | 表示 | FSCデータファイル |
画像 | emd_30177.png | 34.8 KB | ||
Filedesc metadata | emd-30177.cif.gz | 5.9 KB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-30177 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-30177 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_30177.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 64 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | Lifeact bound to F-actin | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.38 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-試料の構成要素
-全体 : Filamentous actin in ADP state
全体 | 名称: Filamentous actin in ADP state |
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要素 |
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-超分子 #1: Filamentous actin in ADP state
超分子 | 名称: Filamentous actin in ADP state / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#2 |
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由来(天然) | 生物種: Gallus gallus (ニワトリ) |
-分子 #1: Actin, alpha skeletal muscle
分子 | 名称: Actin, alpha skeletal muscle / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 5 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Gallus gallus (ニワトリ) |
分子量 | 理論値: 42.096953 KDa |
配列 | 文字列: MCDEDETTAL VCDNGSGLVK AGFAGDDAPR AVFPSIVGRP RHQGVMVGMG QKDSYVGDEA QSKRGILTLK YPIEHGIITN WDDMEKIWH HTFYNELRVA PEEHPTLLTE APLNPKANRE KMTQIMFETF NVPAMYVAIQ AVLSLYASGR TTGIVLDSGD G VTHNVPIY ...文字列: MCDEDETTAL VCDNGSGLVK AGFAGDDAPR AVFPSIVGRP RHQGVMVGMG QKDSYVGDEA QSKRGILTLK YPIEHGIITN WDDMEKIWH HTFYNELRVA PEEHPTLLTE APLNPKANRE KMTQIMFETF NVPAMYVAIQ AVLSLYASGR TTGIVLDSGD G VTHNVPIY EGYALPHAIM RLDLAGRDLT DYLMKILTER GYSFVTTAER EIVRDIKEKL CYVALDFENE MATAASSSSL EK SYELPDG QVITIGNERF RCPETLFQPS FIGMESAGIH ETTYNSIMKC DIDIRKDLYA NNVMSGGTTM YPGIADRMQK EIT ALAPST MKIKIIAPPE RKYSVWIGGS ILASLSTFQQ MWITKQEYDE AGPSIVHRKC F UniProtKB: Actin, alpha skeletal muscle |
-分子 #2: Lifeact
分子 | 名称: Lifeact / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) |
分子量 | 理論値: 1.927243 KDa |
配列 | 文字列: MGVADLIKKF ESISKEE |
-分子 #3: MAGNESIUM ION
分子 | 名称: MAGNESIUM ION / タイプ: ligand / ID: 3 / コピー数: 5 / 式: MG |
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分子量 | 理論値: 24.305 Da |
-分子 #4: ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE
分子 | 名称: ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / タイプ: ligand / ID: 4 / コピー数: 5 / 式: ADP |
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分子量 | 理論値: 427.201 Da |
Chemical component information | ChemComp-ADP: |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | らせん対称体再構成法 |
試料の集合状態 | filament |
-試料調製
濃度 | 0.0002 mg/mL |
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緩衝液 | pH: 7.5 詳細: 50mM KCl,1mM MgCl2,0.2mM EGTA, 10mM Imidazole buffer pH 7.5 |
グリッド | モデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: GOLD / メッシュ: 300 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY / 支持フィルム - Film thickness: 50 / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 60 sec. / 前処理 - 雰囲気: AIR / 前処理 - 気圧: 0.025 kPa / 詳細: No prior coating |
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 95 % / チャンバー内温度: 293 K / 装置: FEI VITROBOT MARK I / 詳細: blot for 3.5 seconds. |
詳細 | 10 mole excess of lifeact was mixed with F-actin and used for sample preparation. |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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温度 | 最低: 100.0 K / 最高: 120.0 K |
撮影 | フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON III (4k x 4k) 検出モード: INTEGRATING / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 529 / 平均露光時間: 2.0 sec. / 平均電子線量: 49.2 e/Å2 / 詳細: 30 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | C2レンズ絞り径: 50.0 µm / 倍率(補正後): 75000 / 照射モード: OTHER / 撮影モード: OTHER / Cs: 2.7 mm / 最小 デフォーカス(公称値): 1.5 µm |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER ホルダー冷却材: NITROGEN |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |