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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-30132 | |||||||||||||||
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タイトル | Cryo-EM structure of the cargo-loaded encapsulin from Mycobacterium smegmatis | |||||||||||||||
マップデータ | Non-post-processed full map after 3D-refinement generated by RELION | |||||||||||||||
試料 |
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生物種 | Mycolicibacterium smegmatis MC2 155 (バクテリア) | |||||||||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.1 Å | |||||||||||||||
データ登録者 | Tang YT / Mu A / Gong HR / Wang Q / Rao ZH | |||||||||||||||
資金援助 | 中国, 4件
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引用 | ジャーナル: Proc Natl Acad Sci U S A / 年: 2021 タイトル: Cryo-EM structure of DyP-loaded encapsulin. 著者: Yanting Tang / An Mu / Yuying Zhang / Shan Zhou / Weiwei Wang / Yuezheng Lai / Xiaoting Zhou / Fengjiang Liu / Xiuna Yang / Hongri Gong / Quan Wang / Zihe Rao / 要旨: Encapsulins containing dye-decolorizing peroxidase (DyP)-type peroxidases are ubiquitous among prokaryotes, protecting cells against oxidative stress. However, little is known about how they interact ...Encapsulins containing dye-decolorizing peroxidase (DyP)-type peroxidases are ubiquitous among prokaryotes, protecting cells against oxidative stress. However, little is known about how they interact and function. Here, we have isolated a native cargo-packaging encapsulin from and determined its complete high-resolution structure by cryogenic electron microscopy (cryo-EM). This encapsulin comprises an icosahedral shell and a dodecameric DyP cargo. The dodecameric DyP consists of two hexamers with a twofold axis of symmetry and stretches across the interior of the encapsulin. Our results reveal that the encapsulin shell plays a role in stabilizing the dodecameric DyP. Furthermore, we have proposed a potential mechanism for removing the hydrogen peroxide based on the structural features. Our study also suggests that the DyP is the primary cargo protein of mycobacterial encapsulins and is a potential target for antituberculosis drug discovery. | |||||||||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_30132.map.gz | 141.1 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-30132-v30.xml emd-30132.xml | 17.4 KB 17.4 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
FSC (解像度算出) | emd_30132_fsc.xml | 12.7 KB | 表示 | FSCデータファイル |
画像 | emd_30132.png | 126.6 KB | ||
マスクデータ | emd_30132_msk_1.map | 178 MB | マスクマップ | |
その他 | emd_30132_half_map_1.map.gz emd_30132_half_map_2.map.gz | 141 MB 140.9 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-30132 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-30132 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_30132.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 178 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | Non-post-processed full map after 3D-refinement generated by RELION | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.04 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-マスク #1
ファイル | emd_30132_msk_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: First one of the half map after 3D-refinement generated by RELION
ファイル | emd_30132_half_map_1.map | ||||||||||||
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注釈 | First one of the half map after 3D-refinement generated by RELION | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: Second one of the half map after 3D-refinement generated by RELION
ファイル | emd_30132_half_map_2.map | ||||||||||||
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注釈 | Second one of the half map after 3D-refinement generated by RELION | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
-全体 : Encapsulin from Mycobacterium smegmatis
全体 | 名称: Encapsulin from Mycobacterium smegmatis |
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要素 |
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-超分子 #1: Encapsulin from Mycobacterium smegmatis
超分子 | 名称: Encapsulin from Mycobacterium smegmatis / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all |
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由来(天然) | 生物種: Mycolicibacterium smegmatis MC2 155 (バクテリア) |
-分子 #1: Cargo-loaded encapsulin
分子 | 名称: Cargo-loaded encapsulin / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Mycolicibacterium smegmatis MC2 155 (バクテリア) |
配列 | 文字列: MNNLYRDLAP ITESAWAEIE LEATRTFKRH IAGRRVVDVS GPNGPTTASV STGHLLDVSP PGDGVIAHLR DAKPLVRLRV PFTVARRDID DVERGSQDSD WDPVKDAAKK LAFVEDRAIF EGYAAASIEG IRSSSSNPAL ALPDDAREIP DVIAQALSEL RLAGVDGPYS ...文字列: MNNLYRDLAP ITESAWAEIE LEATRTFKRH IAGRRVVDVS GPNGPTTASV STGHLLDVSP PGDGVIAHLR DAKPLVRLRV PFTVARRDID DVERGSQDSD WDPVKDAAKK LAFVEDRAIF EGYAAASIEG IRSSSSNPAL ALPDDAREIP DVIAQALSEL RLAGVDGPYS VLLSAETYTK VSETTAHGYP IREHINRLVD GEIIWAPAID GAFVLSTRGG DFDLQLGTDV SIGYLSHDAE VVHLYMEETM TFLCYTAEAS VALTP MPAP QPQPVLAPLT PAAVFLVATI DEGQEATVYD ALPDISGLVR AIGFRDPAKR LSAITSIGSD AWDRLFSGPR PAELHPFREI DGGRHHAPAT PGDLLFHLRA ESMDVCFELA TKLVEAMSGA ITIVDETHGF RFFDNRDLMG FVDGTENPDG NLAVVATQIG DEDPDFAGGC YVHVQKYLHD MASWNSLSVE EQERVIGRTK LDDIELDDDV KPANSHVALN VIEDEDGNEL KIIRHNMPFG EIGKGEFGTY YIGYSRTPSV TERMLDNMFI GDPPGNTDRI LDFSTAITGG LFFTPTVDFL DDPPPLPSED DRAEPASAPS ADPVHTDGSL GIGSLKGTR |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
濃度 | 10 mg/mL |
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緩衝液 | pH: 7.4 |
グリッド | モデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: GOLD / メッシュ: 200 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 雰囲気: OTHER |
凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス(公称値): 2.5 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 1.5 µm / 倍率(公称値): 130000 |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER ホルダー冷却材: NITROGEN |
撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) 検出モード: SUPER-RESOLUTION / デジタル化 - 画像ごとのフレーム数: 1-40 / 平均露光時間: 6.4 sec. / 平均電子線量: 60.0 e/Å2 |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |