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万見- EMDB-30130: Cryo-EM structure of the encapsulin shell from Mycobacterium smegmatis -
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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-30130 | |||||||||||||||
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タイトル | Cryo-EM structure of the encapsulin shell from Mycobacterium smegmatis | |||||||||||||||
マップデータ | Post-processed Cryo-EM map generated by RELION | |||||||||||||||
試料 |
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キーワード | Nanocompartment / Icosahedral shell / Cargo loaded / VIRUS LIKE PARTICLE | |||||||||||||||
機能・相同性 | Type 1 encapsulin shell protein / Encapsulating protein for peroxidase / peptidase activity / defense response to bacterium / 29 kDa antigen Cfp29 機能・相同性情報 | |||||||||||||||
生物種 | Mycolicibacterium smegmatis MC2 155 (バクテリア) | |||||||||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.5 Å | |||||||||||||||
データ登録者 | Tang YT / Mu A / Gong HR / Wang Q / Rao ZH | |||||||||||||||
資金援助 | 中国, 4件
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引用 | ジャーナル: Proc Natl Acad Sci U S A / 年: 2021 タイトル: Cryo-EM structure of DyP-loaded encapsulin. 著者: Yanting Tang / An Mu / Yuying Zhang / Shan Zhou / Weiwei Wang / Yuezheng Lai / Xiaoting Zhou / Fengjiang Liu / Xiuna Yang / Hongri Gong / Quan Wang / Zihe Rao / 要旨: Encapsulins containing dye-decolorizing peroxidase (DyP)-type peroxidases are ubiquitous among prokaryotes, protecting cells against oxidative stress. However, little is known about how they interact ...Encapsulins containing dye-decolorizing peroxidase (DyP)-type peroxidases are ubiquitous among prokaryotes, protecting cells against oxidative stress. However, little is known about how they interact and function. Here, we have isolated a native cargo-packaging encapsulin from and determined its complete high-resolution structure by cryogenic electron microscopy (cryo-EM). This encapsulin comprises an icosahedral shell and a dodecameric DyP cargo. The dodecameric DyP consists of two hexamers with a twofold axis of symmetry and stretches across the interior of the encapsulin. Our results reveal that the encapsulin shell plays a role in stabilizing the dodecameric DyP. Furthermore, we have proposed a potential mechanism for removing the hydrogen peroxide based on the structural features. Our study also suggests that the DyP is the primary cargo protein of mycobacterial encapsulins and is a potential target for antituberculosis drug discovery. | |||||||||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_30130.map.gz | 167.1 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-30130-v30.xml emd-30130.xml | 17.8 KB 17.8 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
FSC (解像度算出) | emd_30130_fsc.xml | 12.7 KB | 表示 | FSCデータファイル |
画像 | emd_30130.png | 175.3 KB | ||
マスクデータ | emd_30130_msk_1.map | 178 MB | マスクマップ | |
Filedesc metadata | emd-30130.cif.gz | 5.7 KB | ||
その他 | emd_30130_half_map_1.map.gz emd_30130_half_map_2.map.gz | 140.7 MB 140.5 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-30130 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-30130 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_30130_validation.pdf.gz | 1 MB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_30130_full_validation.pdf.gz | 1 MB | 表示 | |
XML形式データ | emd_30130_validation.xml.gz | 19.9 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_30130_validation.cif.gz | 26.3 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-30130 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-30130 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_30130.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 178 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | Post-processed Cryo-EM map generated by RELION | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.04 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-マスク #1
ファイル | emd_30130_msk_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: First one of the half map after 3D-refinement generated by RELION
ファイル | emd_30130_half_map_1.map | ||||||||||||
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注釈 | First one of the half map after 3D-refinement generated by RELION | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: Second one of the half map after 3D-refinement generated by RELION
ファイル | emd_30130_half_map_2.map | ||||||||||||
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注釈 | Second one of the half map after 3D-refinement generated by RELION | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
-全体 : Encapsulin from Mycobacterium smegmatis
全体 | 名称: Encapsulin from Mycobacterium smegmatis |
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要素 |
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-超分子 #1: Encapsulin from Mycobacterium smegmatis
超分子 | 名称: Encapsulin from Mycobacterium smegmatis / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all |
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由来(天然) | 生物種: Mycolicibacterium smegmatis MC2 155 (バクテリア) |
-分子 #1: 29 kDa antigen Cfp29
分子 | 名称: 29 kDa antigen Cfp29 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Mycolicibacterium smegmatis MC2 155 (バクテリア) |
分子量 | 理論値: 28.761162 KDa |
配列 | 文字列: MNNLYRDLAP ITESAWAEIE LEATRTFKRH IAGRRVVDVS GPNGPTTASV STGHLLDVSP PGDGVIAHLR DAKPLVRLRV PFTVARRDI DDVERGSQDS DWDPVKDAAK KLAFVEDRAI FEGYAAASIE GIRSSSSNPA LALPDDAREI PDVIAQALSE L RLAGVDGP ...文字列: MNNLYRDLAP ITESAWAEIE LEATRTFKRH IAGRRVVDVS GPNGPTTASV STGHLLDVSP PGDGVIAHLR DAKPLVRLRV PFTVARRDI DDVERGSQDS DWDPVKDAAK KLAFVEDRAI FEGYAAASIE GIRSSSSNPA LALPDDAREI PDVIAQALSE L RLAGVDGP YSVLLSAETY TKVSETTAHG YPIREHINRL VDGEIIWAPA IDGAFVLSTR GGDFDLQLGT DVSIGYLSHD AE VVHLYME ETMTFLCYTA EASVALTP UniProtKB: 29 kDa antigen Cfp29 |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
濃度 | 10 mg/mL |
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緩衝液 | pH: 7.4 |
グリッド | モデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: GOLD / メッシュ: 200 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 60 sec. / 前処理 - 雰囲気: OTHER |
凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) 検出モード: SUPER-RESOLUTION / デジタル化 - 画像ごとのフレーム数: 1-40 / 平均露光時間: 6.4 sec. / 平均電子線量: 60.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス(公称値): 2.5 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 1.5 µm / 倍率(公称値): 130000 |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER ホルダー冷却材: NITROGEN |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |