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- EMDB-30074: cryo-EM structure of Scap/Insig complex in the present of 25-hydr... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-30074
タイトルcryo-EM structure of Scap/Insig complex in the present of 25-hydroxyl cholesterol.
マップデータcryo-EM structure of Scap/Insig in the present of 25HC
試料
  • 複合体: Scap and Insig complex
    • タンパク質・ペプチド: Insulin-induced gene 2 protein
    • タンパク質・ペプチド: Sterol regulatory element-binding protein cleavage-activating protein,Sterol regulatory element-binding protein cleavage-activating protein
  • リガンド: 25-HYDROXYCHOLESTEROL
キーワードScap / Insig / cholesterol / sterol sensing / 25-hydroxycholesterol / SREBP / MEMBRANE PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


SREBP-SCAP complex retention in endoplasmic reticulum / SREBP-SCAP-Insig complex / cranial suture morphogenesis / SREBP-SCAP complex / negative regulation of steroid biosynthetic process / regulation of cholesterol biosynthetic process / cellular lipid metabolic process / response to vitamin B3 / sterol binding / SREBP signaling pathway ...SREBP-SCAP complex retention in endoplasmic reticulum / SREBP-SCAP-Insig complex / cranial suture morphogenesis / SREBP-SCAP complex / negative regulation of steroid biosynthetic process / regulation of cholesterol biosynthetic process / cellular lipid metabolic process / response to vitamin B3 / sterol binding / SREBP signaling pathway / COPII-coated vesicle cargo loading / regulation of fatty acid biosynthetic process / negative regulation of fatty acid biosynthetic process / positive regulation of cholesterol biosynthetic process / Regulation of cholesterol biosynthesis by SREBP (SREBF) / oxysterol binding / negative regulation of cholesterol biosynthetic process / middle ear morphogenesis / inner ear morphogenesis / triglyceride metabolic process / roof of mouth development / cholesterol biosynthetic process / protein sequestering activity / cholesterol metabolic process / response to insulin / ER to Golgi transport vesicle membrane / cellular response to insulin stimulus / unfolded protein binding / response to hypoxia / immune response / Golgi membrane / protein-containing complex binding / endoplasmic reticulum membrane / Golgi apparatus / endoplasmic reticulum / membrane
類似検索 - 分子機能
Insulin-induced protein family / Insulin-induced protein (INSIG) / Sterol regulatory element-binding protein cleavage-activating protein / Sterol-sensing domain of SREBP cleavage-activation / Sterol-sensing domain (SSD) profile. / Sterol-sensing domain / WD40 repeat, conserved site / Trp-Asp (WD) repeats signature. / Trp-Asp (WD) repeats profile. / Trp-Asp (WD) repeats circular profile. ...Insulin-induced protein family / Insulin-induced protein (INSIG) / Sterol regulatory element-binding protein cleavage-activating protein / Sterol-sensing domain of SREBP cleavage-activation / Sterol-sensing domain (SSD) profile. / Sterol-sensing domain / WD40 repeat, conserved site / Trp-Asp (WD) repeats signature. / Trp-Asp (WD) repeats profile. / Trp-Asp (WD) repeats circular profile. / WD domain, G-beta repeat / WD40 repeats / WD40 repeat / WD40-repeat-containing domain superfamily / WD40/YVTN repeat-like-containing domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Sterol regulatory element-binding protein cleavage-activating protein / Insulin-induced gene 2 protein
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.7 Å
データ登録者Yan R / Cao P
資金援助 中国, 1件
OrganizationGrant number国
Ministry of Science and Technology (MoST, China) 中国
引用ジャーナル: Science / 年: 2021
タイトル: A structure of human Scap bound to Insig-2 suggests how their interaction is regulated by sterols.
著者: Renhong Yan / Pingping Cao / Wenqi Song / Hongwu Qian / Ximing Du / Hudson W Coates / Xin Zhao / Yaning Li / Shuai Gao / Xin Gong / Ximing Liu / Jianhua Sui / Jianlin Lei / Hongyuan Yang / ...著者: Renhong Yan / Pingping Cao / Wenqi Song / Hongwu Qian / Ximing Du / Hudson W Coates / Xin Zhao / Yaning Li / Shuai Gao / Xin Gong / Ximing Liu / Jianhua Sui / Jianlin Lei / Hongyuan Yang / Andrew J Brown / Qiang Zhou / Chuangye Yan / Nieng Yan /
要旨: The sterol regulatory element-binding protein (SREBP) pathway controls cellular homeostasis of sterols. The key players in this pathway, Scap and Insig-1 and -2, are membrane-embedded sterol sensors. ...The sterol regulatory element-binding protein (SREBP) pathway controls cellular homeostasis of sterols. The key players in this pathway, Scap and Insig-1 and -2, are membrane-embedded sterol sensors. The 25-hydroxycholesterol (25HC)-dependent association of Scap and Insig acts as the master switch for the SREBP pathway. Here, we present cryo-electron microscopy analysis of the human Scap and Insig-2 complex in the presence of 25HC, with the transmembrane (TM) domains determined at an average resolution of 3.7 angstrom. The sterol-sensing domain in Scap and all six TMs in Insig-2 were resolved. A 25HC molecule is sandwiched between the S4 to S6 segments in Scap and TMs 3 and 4 in Insig-2 in the luminal leaflet of the membrane. Unwinding of the middle of the Scap-S4 segment is crucial for 25HC binding and Insig association.
履歴
登録2020年3月6日-
ヘッダ(付随情報) 公開2021年1月20日-
マップ公開2021年1月20日-
更新2024年3月27日-
現状2024年3月27日処理サイト: PDBj / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.85
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（高さに従い着色）
  • 表面レベル: 0.85
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-6m49
  • 表面レベル: 0.85
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 単純化した表面モデル + あてはめた原子モデル
  • 原子モデルPDB-6m49
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_30074.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_30074.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 30.5 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈cryo-EM structure of Scap/Insig in the present of 25HC
ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.087 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.85 / ムービー #1: 0.85
最小 - 最大-2.7098722 - 3.9443238
平均 (標準偏差)0.0070932517 (±0.10552889)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ200200200
Spacing200200200
セルA=B=C: 217.40001 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.0871.0871.087
M x/y/z200200200
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z217.400217.400217.400
α/β/γ90.00090.00090.000
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS200200200
D min/max/mean-2.7103.9440.007

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添付データ

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追加マップ: #1

ファイルemd_30074_additional_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Scap and Insig complex

全体名称: Scap and Insig complex
要素
  • 複合体: Scap and Insig complex
    • タンパク質・ペプチド: Insulin-induced gene 2 protein
    • タンパク質・ペプチド: Sterol regulatory element-binding protein cleavage-activating protein,Sterol regulatory element-binding protein cleavage-activating protein
  • リガンド: 25-HYDROXYCHOLESTEROL

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超分子 #1: Scap and Insig complex

超分子名称: Scap and Insig complex / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#2
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)

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分子 #1: Insulin-induced gene 2 protein

分子名称: Insulin-induced gene 2 protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 24.74966 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: MAEGETESPG PKKSGPYISS VTSQSVNLMI RGVVLFFIGV FLALVLNLLQ IQRNVTLFPP DVIASIFSSA WWVPPCCGTA SAVIGLLYP SIDRHLGEPH KFKREWSSVM RCVAVFVGIN HASAKVDFDN NIQLSLTLAA LSIGLWWTFD RSRSGFGLGV G IAFLATVV ...文字列:
MAEGETESPG PKKSGPYISS VTSQSVNLMI RGVVLFFIGV FLALVLNLLQ IQRNVTLFPP DVIASIFSSA WWVPPCCGTA SAVIGLLYP SIDRHLGEPH KFKREWSSVM RCVAVFVGIN HASAKVDFDN NIQLSLTLAA LSIGLWWTFD RSRSGFGLGV G IAFLATVV TQLLVYNGVY QYTSPDFLYV RSWLPCIFFA GGITMGNIGR QLAMYESKVI AEKSHQE

UniProtKB: Insulin-induced gene 2 protein

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分子 #2: Sterol regulatory element-binding protein cleavage-activating pro...

分子名称: Sterol regulatory element-binding protein cleavage-activating protein,Sterol regulatory element-binding protein cleavage-activating protein
タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 63.295406 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: MTLTERLREK ISRAFYNHGL LCASYPIPII LFTGFCILAC CYPLLKLPLP GTVPGKYSGV SLYTRKRMVS YTITLVFQHY HAKFLGSLR ARLMLLHPSP NCSLRAESLV HVHFKEEIGV AELIPLVTTY IILFAYIYFS TRKIDMVKSK WGLALAAVVT V LSSLLMSV ...文字列:
MTLTERLREK ISRAFYNHGL LCASYPIPII LFTGFCILAC CYPLLKLPLP GTVPGKYSGV SLYTRKRMVS YTITLVFQHY HAKFLGSLR ARLMLLHPSP NCSLRAESLV HVHFKEEIGV AELIPLVTTY IILFAYIYFS TRKIDMVKSK WGLALAAVVT V LSSLLMSV GLCTLFGLTP TLNGGEIFPY LVVVIGLENV LVLTKSVVST PVDLEVKLRI AQGLSSESWS IMKNMATELG II LIGYFTL VPAIQEFCLF AVVGLVSDFF LQMLFFTTVL SIDIRRMELA DLNKRLPPEA CLPSAKPVGQ PTRYERQLAV RPS TPHTIT LQPSSFRNLR LPKRLRVVYF LARTRLAQRL IMAGTVVWIG ILVYTDPAGL RNYLAAQVTE QSPLGEGALA PMPV PSGML PPSHPDPAFS IFPPDAPKLP ENQTSPGESP ERGGPAEVVH DSPVPEVTWG PEDEELWRKL SFRHWPTLFS YYNIT LAKR YISLLPVIPV TLRLNPREAL EGRHPQDGRS AWPPPGPIPA GHWEAGPKGP GGVQAHGDVT LYKVAALGLA TGIVLV LLL LCLYRVLCP

UniProtKB: Sterol regulatory element-binding protein cleavage-activating protein, Sterol regulatory element-binding protein cleavage-activating protein

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分子 #3: 25-HYDROXYCHOLESTEROL

分子名称: 25-HYDROXYCHOLESTEROL / タイプ: ligand / ID: 3 / コピー数: 1 / 式: HC3
分子量理論値: 402.653 Da
Chemical component information

ChemComp-HC3:
25-HYDROXYCHOLESTEROL / 25-ヒドロキシコレステロ-ル

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度10 mg/mL
緩衝液pH: 8
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 50.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: OTHER
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.7 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 153168
初期 角度割当タイプ: PROJECTION MATCHING
最終 角度割当タイプ: PROJECTION MATCHING

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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