[日本語] English
万見
- PDB-2v6l: Molecular Model of a Type III Secretion System Needle -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2v6l
タイトルMolecular Model of a Type III Secretion System Needle
要素MXIH
キーワードPROTEIN TRANSPORT / T3SS / VIRULENCE / TRANSPORT
機能・相同性
機能・相同性情報


type III protein secretion system complex / protein secretion by the type III secretion system / cell surface / extracellular region / identical protein binding
類似検索 - 分子機能
Type III secretion, needle-protein-like / Type III secretion, needle-protein-like superfamily / Type III secretion needle MxiH, YscF, SsaG, EprI, PscF, EscF / Type III secretion system, needle protein
類似検索 - ドメイン・相同性
Type 3 secretion system needle filament protein
類似検索 - 構成要素
生物種SHIGELLA FLEXNERI (フレクスナー赤痢菌)
手法電子顕微鏡法 / らせん対称体再構成法 / ネガティブ染色法 / 解像度: 16 Å
Model type detailsCA ATOMS ONLY, CHAIN A, B, C, D, E, F, G, H, I, J, K, L, M, N, O, P, Q, R, S, T, U, V, W, X, Y, Z, 1, 0
データ登録者Deane, J.E. / Roversi, P. / Cordes, F.S. / Johnson, S. / Kenjale, R. / Daniell, S. / Booy, F. / Picking, W.L. / Picking, W.D. / Blocker, A.J. / Lea, S.M.
引用
ジャーナル: Proc Natl Acad Sci U S A / 年: 2006
タイトル: Molecular model of a type III secretion system needle: Implications for host-cell sensing.
著者: Janet E Deane / Pietro Roversi / Frank S Cordes / Steven Johnson / Roma Kenjale / Sarah Daniell / Frank Booy / William D Picking / Wendy L Picking / Ariel J Blocker / Susan M Lea /
要旨: Type III secretion systems are essential virulence determinants for many Gram-negative bacterial pathogens. The type III secretion system consists of cytoplasmic, transmembrane, and extracellular ...Type III secretion systems are essential virulence determinants for many Gram-negative bacterial pathogens. The type III secretion system consists of cytoplasmic, transmembrane, and extracellular domains. The extracellular domain is a hollow needle protruding above the bacterial surface and is held within a basal body that traverses both bacterial membranes. Effector proteins are translocated, via this external needle, directly into host cells, where they subvert normal cell functions to aid infection. Physical contact with host cells initiates secretion and leads to formation of a pore, thought to be contiguous with the needle channel, in the host-cell membrane. Here, we report the crystal structure of the Shigella flexneri needle subunit MxiH and a complete model for the needle assembly built into our three-dimensional EM reconstruction. The model, combined with mutagenesis data, reveals that signaling of host-cell contact is relayed through the needle via intersubunit contacts and suggests a mode of binding for a tip complex.
#1: ジャーナル: J Biol Chem / 年: 2003
タイトル: Helical structure of the needle of the type III secretion system of Shigella flexneri.
著者: Frank S Cordes / Kaoru Komoriya / Eric Larquet / Shixin Yang / Edward H Egelman / Ariel Blocker / Susan M Lea /
要旨: Gram-negative bacteria commonly interact with animal and plant hosts using type III secretion systems (TTSSs) for translocation of proteins into eukaryotic cells during infection. 10 of the 25 TTSS- ...Gram-negative bacteria commonly interact with animal and plant hosts using type III secretion systems (TTSSs) for translocation of proteins into eukaryotic cells during infection. 10 of the 25 TTSS-encoding genes are homologous to components of the bacterial flagellar basal body, which the TTSS needle complex morphologically resembles. This indicates a common ancestry, although no TTSS sequence homologues for the genes encoding the flagellum are found. We here present an approximately 16-A structure of the central component, the needle, of the TTSS. Although the needle subunit is significantly smaller and shares no sequence homology with the flagellar hook and filament, it shares a common helical architecture ( approximately 5.6 subunits/turn, 24-A helical pitch). This common architecture implies that there will be further mechanistic analogies in the functioning of these two bacterial systems.
履歴
登録2007年7月19日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02007年7月31日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年8月7日Group: Derived calculations / Other ...Derived calculations / Other / Structure summary / Version format compliance
改定 1.22017年8月2日Group: Data collection / Refinement description / カテゴリ: em_3d_fitting / em_image_scans / em_software
Item: _em_3d_fitting.target_criteria / _em_software.fitting_id ..._em_3d_fitting.target_criteria / _em_software.fitting_id / _em_software.image_processing_id / _em_software.name
改定 1.32018年3月28日Group: Database references / Source and taxonomy / カテゴリ: citation / entity_src_gen
Item: _citation.journal_abbrev / _citation.page_last ..._citation.journal_abbrev / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.title / _entity_src_gen.pdbx_host_org_ncbi_taxonomy_id / _entity_src_gen.pdbx_host_org_scientific_name / _entity_src_gen.pdbx_host_org_strain / _entity_src_gen.pdbx_host_org_variant
改定 1.42019年10月23日Group: Data collection / Other / カテゴリ: cell / Item: _cell.Z_PDB
改定 1.52024年5月8日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / em_3d_fitting_list / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _em_3d_fitting_list.accession_code / _em_3d_fitting_list.initial_refinement_model_id / _em_3d_fitting_list.source_name / _em_3d_fitting_list.type

-
構造の表示

ムービー
  • 登録構造単位
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • 単純化した表面モデル + あてはめた原子モデル
  • マップデータ: EMDB-1416
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • EMマップとの重ね合わせ
  • マップデータ: EMDB-1416
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
0: MXIH
1: MXIH
A: MXIH
B: MXIH
C: MXIH
D: MXIH
E: MXIH
F: MXIH
G: MXIH
H: MXIH
I: MXIH
J: MXIH
K: MXIH
L: MXIH
M: MXIH
N: MXIH
O: MXIH
P: MXIH
Q: MXIH
R: MXIH
S: MXIH
T: MXIH
U: MXIH
V: MXIH
W: MXIH
X: MXIH
Y: MXIH
Z: MXIH


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)259,62328
ポリマ－259,62328
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS

-
要素

#1: タンパク質 ...
MXIH / 座標モデル: Cα原子のみ


分子量: 9272.265 Da / 分子数: 28 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: RESIDUES 2-19 WERE MODELLED AS AN ALPHA HELIX. RESIDUES 20-80 COME FROM MOLECULE A OF PDB ENTRY 2CA5 RESIDUES 81-85 WERE MODELLED AS AN ALPHA HELIX.
由来: (組換発現) SHIGELLA FLEXNERI (フレクスナー赤痢菌)
株: PWR100 / プラスミド: PET22B / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P0A223

-
実験情報

-
実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: FILAMENT / ３次元再構成法: らせん対称体再構成法

-
試料調製

構成要素名称: SHIGELLA FLEXNERI TYPE THREE SECRETION NEEDLE / タイプ: COMPLEX / 詳細: STAINED WITH A DROP OF 2% URANYL ACETATE, PH 7.5
緩衝液名称: 10 MM TRIS / pH: 7.5 / 詳細: 10 MM TRIS
試料濃度: 0.03 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: YES / 凍結: NO
染色タイプ: NEGATIVE / 染色剤: Uranyl Acetate
急速凍結凍結剤: ETHANE

-
電子顕微鏡撮影

顕微鏡モデル: FEI/PHILIPS CM200T / 詳細: OTHER
電子銃電子線源: LAB6 / 加速電圧: 120 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 倍率（公称値）: 60000 X / 最大 デフォーカス（公称値）: 700 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 700 nm
撮影電子線照射量: 10 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GENERIC FILM
放射波長相対比: 1

-
解析

EMソフトウェア
ID名称カテゴリ
1BUSTERモデルフィッティング
2MRC IMAGE PROCESSING PACKAGE３次元再構成
3SPIDER３次元再構成
CTF補正詳細: GRID
3次元再構成手法: RECIPROCAL SPACE RIGID BODY FIT / 解像度: 16 Å / 粒子像の数: 5000 / ピクセルサイズ（公称値）: 2.65 Å
詳細: A SET OF X-RAY STRUCTURE FACTORS WERE COMPUTED BY PLACING THE EM DENSITY IN A CRYSTAL CELL. THE MXIH MONOMER WAS RIGID BODY REFINED AGAINST THESE DATA WITH HARD NCS CONSTRAINTS. THE EM ...詳細: A SET OF X-RAY STRUCTURE FACTORS WERE COMPUTED BY PLACING THE EM DENSITY IN A CRYSTAL CELL. THE MXIH MONOMER WAS RIGID BODY REFINED AGAINST THESE DATA WITH HARD NCS CONSTRAINTS. THE EM DENSITY FOR THE NEEDLE WAS PUT IN THIS P1 CRYSTAL CELL SO THAT SINGLE CRYSTAL X-RAY MODEL REFINEMENT PROGRAMS COULD BE USED TO FIT THE MODEL.
対称性のタイプ: HELICAL
原子モデル構築プロトコル: OTHER / 空間: RECIPROCAL / Target criteria: Cross-correlation coefficient
詳細: METHOD--RECIPROCAL SPACE FIT REFINEMENT PROTOCOL--X-RAY
原子モデル構築PDB-ID: 2CA5

2ca5


Accession code: 2CA5 / Source name: PDB / タイプ: experimental model
精密化最高解像度: 16 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 最高解像度: 16 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2296 0 0 0 2296

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る