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万見
- PDB-2noq: Structure of ribosome-bound cricket paralysis virus IRES RNA -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2noq
タイトルStructure of ribosome-bound cricket paralysis virus IRES RNA
要素
  • (18S ribosomal ...) x 3
  • (60S ribosomal protein ...) x 2
  • 25S ribosomal RNA
  • 40S ribosomal protein S5
  • CrPV IRES
キーワードRIBOSOME / IRES RNA / Translation / Internal Initiation
機能・相同性
機能・相同性情報


Formation of the ternary complex, and subsequently, the 43S complex / Translation initiation complex formation / Ribosomal scanning and start codon recognition / SRP-dependent cotranslational protein targeting to membrane / GTP hydrolysis and joining of the 60S ribosomal subunit / Nonsense Mediated Decay (NMD) independent of the Exon Junction Complex (EJC) / Nonsense Mediated Decay (NMD) enhanced by the Exon Junction Complex (EJC) / Formation of a pool of free 40S subunits / L13a-mediated translational silencing of Ceruloplasmin expression / ribosomal large subunit export from nucleus ...Formation of the ternary complex, and subsequently, the 43S complex / Translation initiation complex formation / Ribosomal scanning and start codon recognition / SRP-dependent cotranslational protein targeting to membrane / GTP hydrolysis and joining of the 60S ribosomal subunit / Nonsense Mediated Decay (NMD) independent of the Exon Junction Complex (EJC) / Nonsense Mediated Decay (NMD) enhanced by the Exon Junction Complex (EJC) / Formation of a pool of free 40S subunits / L13a-mediated translational silencing of Ceruloplasmin expression / ribosomal large subunit export from nucleus / 90S preribosome / regulation of translational fidelity / ribosomal subunit export from nucleus / maturation of LSU-rRNA / maturation of SSU-rRNA / ribosomal small subunit assembly / cytosolic small ribosomal subunit / ribosomal large subunit assembly / cytoplasmic translation / cytosolic large ribosomal subunit / rRNA binding / ribosome / structural constituent of ribosome / translation / mRNA binding / RNA binding / nucleus / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Ribosomal protein L1, conserved site / Ribosomal protein L1 signature. / Ribosomal protein L1 / Ribosomal protein L1, 3-layer alpha/beta-sandwich / Ribosomal protein L1-like / Ribosomal protein L1/ribosomal biogenesis protein / Ribosomal protein L1p/L10e family / Ribosomal protein S5/S7, eukaryotic/archaeal / : / Ribosomal protein L5, conserved site ...Ribosomal protein L1, conserved site / Ribosomal protein L1 signature. / Ribosomal protein L1 / Ribosomal protein L1, 3-layer alpha/beta-sandwich / Ribosomal protein L1-like / Ribosomal protein L1/ribosomal biogenesis protein / Ribosomal protein L1p/L10e family / Ribosomal protein S5/S7, eukaryotic/archaeal / : / Ribosomal protein L5, conserved site / Ribosomal protein L5 signature. / Ribosomal protein S7, conserved site / Ribosomal protein S7 signature. / Ribosomal protein L5, N-terminal / Ribosomal protein L5 / Ribosomal protein L5, C-terminal / ribosomal L5P family C-terminus / Ribosomal protein L5 / Ribosomal protein L5 domain superfamily / Ribosomal protein S5/S7 / Ribosomal protein S7 domain / Ribosomal protein S7 domain superfamily / Ribosomal protein S7p/S5e
類似検索 - ドメイン・相同性
: / RNA / RNA (> 10) / RNA (> 100) / Large ribosomal subunit protein uL1A / Small ribosomal subunit protein uS7 / 60S ribosomal protein L1-B / Large ribosomal subunit protein uL5B
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 7.3 Å
データ登録者Schuler, M. / Connell, S.R. / Lescoute, A. / Giesebrecht, J. / Dabrowski, M. / Schroeer, B. / Mielke, T. / Penczek, P.A. / Westhof, E. / Spahn, C.M.T.
引用ジャーナル: Nat Struct Mol Biol / 年: 2006
タイトル: Structure of the ribosome-bound cricket paralysis virus IRES RNA.
著者: Martin Schüler / Sean R Connell / Aurelie Lescoute / Jan Giesebrecht / Marylena Dabrowski / Birgit Schroeer / Thorsten Mielke / Pawel A Penczek / Eric Westhof / Christian M T Spahn /
要旨: Internal ribosome entry sites (IRESs) facilitate an alternative, end-independent pathway of translation initiation. A particular family of dicistroviral IRESs can assemble elongation-competent 80S ...Internal ribosome entry sites (IRESs) facilitate an alternative, end-independent pathway of translation initiation. A particular family of dicistroviral IRESs can assemble elongation-competent 80S ribosomal complexes in the absence of canonical initiation factors and initiator transfer RNA. We present here a cryo-EM reconstruction of a dicistroviral IRES bound to the 80S ribosome. The resolution of the cryo-EM reconstruction, in the subnanometer range, allowed the molecular structure of the complete IRES in its active, ribosome-bound state to be solved. The structure, harboring three pseudoknot-containing domains, each with a specific functional role, shows how defined elements of the IRES emerge from a compactly folded core and interact with the key ribosomal components that form the A, P and E sites, where tRNAs normally bind. Our results exemplify the molecular strategy for recruitment of an IRES and reveal the dynamic features necessary for internal initiation.
履歴
登録2006年10月26日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02006年11月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32012年2月15日Group: Atomic model
改定 1.42023年12月27日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / em_3d_fitting_list / em_image_scans / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _em_3d_fitting_list.accession_code / _em_3d_fitting_list.initial_refinement_model_id / _em_3d_fitting_list.source_name / _em_3d_fitting_list.type

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構造の表示

ムービー
  • 登録構造単位
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • 単純化した表面モデル + あてはめた原子モデル
  • マップデータ: EMDB-1285
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • EMマップとの重ね合わせ
  • マップデータ: EMDB-1285
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: CrPV IRES
B: 18S ribosomal RNA
C: 18S ribosomal RNA
D: 18S ribosomal RNA
E: 25S ribosomal RNA
F: 40S ribosomal protein S5
G: 60S ribosomal protein L1
H: 60S ribosomal protein L11-B


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)161,1918
ポリマ－161,1918
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1

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要素

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RNA鎖 , 2種, 2分子 AE

#1: RNA鎖 CrPV IRES


分子量: 60828.805 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
詳細: This chain, CrPV-IRES-RNA [NCBI accession: BD177018], was synthesized by in-vitro transcription of a plasmid template
参照: GenBank: 8895506
#5: RNA鎖 25S ribosomal RNA / S2 / YS8 / RP14


分子量: 17186.295 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)

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18S ribosomal ... , 3種, 3分子 BCD

#2: RNA鎖 18S ribosomal RNA


分子量: 14869.938 Da / 分子数: 1 / Fragment: residues 500-545 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
#3: RNA鎖 18S ribosomal RNA


分子量: 4149.502 Da / 分子数: 1 / Fragment: residues 1050-1062 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
#4: RNA鎖 18S ribosomal RNA


分子量: 4784.873 Da / 分子数: 1 / Fragment: residues 1194-1208 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)

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タンパク質 , 1種, 1分子 F

#6: タンパク質 40S ribosomal protein S5 / L10a


分子量: 16577.156 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P26783

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60S ribosomal protein ... , 2種, 2分子 GH

#7: タンパク質 60S ribosomal protein L1 / L16 / YL16 / 39B / RP39


分子量: 24014.168 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P53030, UniProt: P0CX43*PLUS
#8: タンパク質 60S ribosomal protein L11-B


分子量: 18780.525 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: Q3E757

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: Yeast 80S bound by cricket paralysis virus IRES RNA / タイプ: VIRUS
緩衝液名称: 20 mM Hepes pH 7.6, 100 mM KAc, 100 mM KCl, 5 mM MgCl2, 1 mM DTT, 1mM AEBSF, Roche Complete Protease Inhibitor
pH: 7.6
詳細: 20 mM Hepes pH 7.6, 100 mM KAc, 100 mM KCl, 5 mM MgCl2, 1 mM DTT, 1mM AEBSF, Roche Complete Protease Inhibitor
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持詳細: Quantifoil
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK I / 凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Tecnai Polara / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI POLARA 300
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 倍率（公称値）: 39000 X / 最大 デフォーカス（公称値）: 3900 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 100 nm
撮影電子線照射量: 20 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: KODAK SO-163 FILM
検出器タイプ: KODAK SO163 FILM
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長相対比: 1

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解析

対称性点対称性: C1 (非対称)
3次元再構成手法: Iterative 3D-Projection Matching / 解像度: 7.3 Å / 粒子像の数: 73313 / ピクセルサイズ（公称値）: 1.22 Å / 対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築
IDPDB-ID 3D fitting-IDAccession codeInitial refinement model-IDSource nameタイプ
11S1I

1s1i
PDB 未公開エントリ

11S1I1PDBexperimental model
21S1H

1s1h
PDB 未公開エントリ

11S1H2PDBexperimental model
精密化ステップサイクル: LAST
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4163 6746 0 0 10909

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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