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万見
- PDB-2g4c: Crystal Structure of human DNA polymerase gamma accessory subunit -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2g4c
タイトルCrystal Structure of human DNA polymerase gamma accessory subunit
要素DNA polymerase gamma subunit 2
キーワードTRANSFERASE / alpha and beta protein / anti-codon binding domain-like / aaRS class II-like
機能・相同性
機能・相同性情報


gamma DNA polymerase complex / mitochondrial DNA replication / positive regulation of DNA-directed DNA polymerase activity / DNA polymerase processivity factor activity / mitochondrial nucleoid / DNA polymerase binding / Transcriptional activation of mitochondrial biogenesis / DNA-templated DNA replication / double-stranded DNA binding / in utero embryonic development ...gamma DNA polymerase complex / mitochondrial DNA replication / positive regulation of DNA-directed DNA polymerase activity / DNA polymerase processivity factor activity / mitochondrial nucleoid / DNA polymerase binding / Transcriptional activation of mitochondrial biogenesis / DNA-templated DNA replication / double-stranded DNA binding / in utero embryonic development / DNA-directed DNA polymerase activity / mitochondrial matrix / mitochondrion / identical protein binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
POLG2, C-terminal / Glycyl-tRNA synthetase/DNA polymerase subunit gamma-2 / Anticodon-binding domain / Anticodon-binding / Anticodon binding domain / Anticodon-binding domain superfamily / Bira Bifunctional Protein; Domain 2 / BirA Bifunctional Protein; domain 2 / Class II Aminoacyl-tRNA synthetase/Biotinyl protein ligase (BPL) and lipoyl protein ligase (LPL) / Rossmann fold ...POLG2, C-terminal / Glycyl-tRNA synthetase/DNA polymerase subunit gamma-2 / Anticodon-binding domain / Anticodon-binding / Anticodon binding domain / Anticodon-binding domain superfamily / Bira Bifunctional Protein; Domain 2 / BirA Bifunctional Protein; domain 2 / Class II Aminoacyl-tRNA synthetase/Biotinyl protein ligase (BPL) and lipoyl protein ligase (LPL) / Rossmann fold / 2-Layer Sandwich / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA polymerase subunit gamma-2
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.15 Å
データ登録者Fan, L. / Farr, C.L. / Kaguni, L.S. / Tainer, J.A.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2006
タイトル: A novel processive mechanism for DNA synthesis revealed by structure, modeling and mutagenesis of the accessory subunit of human mitochondrial DNA polymerase
著者: Fan, L. / Kim, S. / Farr, C.L. / Schaefer, K.T. / Randolph, K.M. / Tainer, J.A. / Kaguni, L.S.
履歴
登録2006年2月22日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02006年4月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32017年10月18日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.classification / _software.name
改定 1.42023年8月30日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details
Remark 999SEQUENCE Residue 169 is a Thr according to Carrodeguas and Bogenhagen, 2000, Nucleic Acids Res. 28, ...SEQUENCE Residue 169 is a Thr according to Carrodeguas and Bogenhagen, 2000, Nucleic Acids Res. 28, 1237-1244. The sequence in the deposition agrees with the reference

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: DNA polymerase gamma subunit 2
B: DNA polymerase gamma subunit 2
C: DNA polymerase gamma subunit 2
D: DNA polymerase gamma subunit 2


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)215,6304
ポリマ－215,6304
非ポリマー00
水55831
1
A: DNA polymerase gamma subunit 2
C: DNA polymerase gamma subunit 2


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)107,8152
ポリマ－107,8152
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5730 Å2
ΔGint-39 kcal/mol
Surface area36190 Å2
手法PISA
2
B: DNA polymerase gamma subunit 2
D: DNA polymerase gamma subunit 2


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)107,8152
ポリマ－107,8152
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5720 Å2
ΔGint-39 kcal/mol
Surface area36190 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)101.790, 101.790, 170.277
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number145
Space group name H-MP32
詳細The biological assembly is likely a homodimer.

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要素

#1: タンパク質
DNA polymerase gamma subunit 2 / Mitochondrial DNA polymerase accessory subunit / PolG-beta / MtPolB / DNA polymerase gamma ...Mitochondrial DNA polymerase accessory subunit / PolG-beta / MtPolB / DNA polymerase gamma accessory 55 kDa subunit / p55


分子量: 53907.449 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: POLG2, MTPOLB / プラスミド: pQESL-Hp55 / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: Q9UHN1, DNA-directed DNA polymerase
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 31 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.36 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.9 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 8
詳細: 10%PEG 8000, 100 mM Tris-Cl, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, temperature 298.0K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 12.3.1 / 波長: 1.0332 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2004年12月16日
放射モノクロメーター: Si(iii) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.0332 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.15→50 Å / Num. all: 34088 / Num. obs: 33633 / % possible obs: 98.7 % / Observed criterion σ(F): -3 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 4.7 % / Rmerge(I) obs: 0.11 / Rsym value: 0.11 / Net I/σ(I): 16.7
反射 シェル解像度: 3.15→3.26 Å / 冗長度: 4.4 % / Rmerge(I) obs: 0.881 / Mean I/σ(I) obs: 1.94 / Num. unique all: 3386 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
SCALEPACKデータスケーリング
MOLREP位相決定
CNS1.1精密化
HKL-2000データ削減
CCP4(MOLREP)位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1G5H

1g5h


解像度: 3.15→50 Å / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数Selection details
Rfree0.285 1610 random
Rwork0.232 --
all0.217 34088 -
obs0.217 32261 -
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.15→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数12816 0 0 31 12847
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.48
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.0078
Xplor file
Refine-IDSerial noParam file
X-RAY DIFFRACTION1protein_rep.param
X-RAY DIFFRACTION2ion.param

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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