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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2ztw | ||||||
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タイトル | Structure of 3-isopropylmalate dehydrogenase in complex with the inhibitor and NAD+ | ||||||
![]() | 3-isopropylmalate dehydrogenase | ||||||
![]() | OXIDOREDUCTASE / 3-isopropylmalate dehydrogenase / IPMDH / decarboxylating dehydrogenase / Leucine biosynthesis / Amino-acid biosynthesis / Branched-chain amino acid biosynthesis / Cytoplasm / Magnesium / Manganese / Metal-binding / NAD | ||||||
機能・相同性 | ![]() 3-isopropylmalate dehydrogenase / 3-isopropylmalate dehydrogenase activity / L-leucine biosynthetic process / amino acid biosynthetic process / NAD binding / magnesium ion binding / identical protein binding / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Nango, E. / Kumasaka, T. / Eguchi, T. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Crystal structure of 3-isopropylmalate dehydrogenase in complex with NAD(+) and a designed inhibitor 著者: Nango, E. / Yamamoto, T. / Kumasaka, T. / Eguchi, T. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 80.4 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 59.1 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 750.3 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 756 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 15.5 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 21.2 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 1hexS S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 36825.160 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 株: HB8 / 遺伝子: leuB, TTHA1230 / プラスミド: pHB2 / 発現宿主: ![]() ![]() |
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#2: 化合物 | ChemComp-NAD / |
#3: 化合物 | ChemComp-DEI / ( |
#4: 化合物 | ChemComp-MG / |
#5: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.91 Å3/Da / 溶媒含有率: 68.57 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.2 詳細: 4M sodium formate, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K, pH7.2 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2008年2月18日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.79→89.8 Å / Num. obs: 15425 / % possible obs: 99.3 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / Rmerge(I) obs: 0.121 / Net I/σ(I): 6.6 |
反射 シェル | 解像度: 2.79→2.9 Å / Rmerge(I) obs: 0.495 / % possible all: 99 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: PDB ENTRY 1HEX 解像度: 2.79→25.88 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.925 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.891 / SU B: 10.2 / SU ML: 0.205 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / ESU R: 0.476 / ESU R Free: 0.305 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 33.649 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.79→25.88 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.787→2.858 Å / Total num. of bins used: 20
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