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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2z2p | ||||||||||||
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タイトル | Crystal Structure of catalytically inactive H270A virginiamycin B lyase from Staphylococcus aureus with Quinupristin | ||||||||||||
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![]() | LYASE/ANTIBIOTIC / QUINUPRISTIN / DALFOPRISTIN / STREPTOGRAMIN / SYNERCID / LYASE-ANTIBIOTIC COMPLEX / ANTIBIOTIC RESISTANCE / ANTIBIOTIC / VIRGINIAMYCIN B LYASE / VIRGINIAMYCIN B HYDROLASE | ||||||||||||
機能・相同性 | ![]() carbon-oxygen lyase activity / 付加脱離酵素(リアーゼ); 炭素-酸素リアーゼ類; その他の炭素-酸素リアーゼ / antibiotic catabolic process / outer membrane-bounded periplasmic space / response to antibiotic / magnesium ion binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||||||||
生物種 | ![]() ![]() ![]() | ||||||||||||
手法 | ![]() ![]() | ||||||||||||
![]() | Korczynska, M. / Berghuis, A.M. | ||||||||||||
![]() | ![]() タイトル: Structural Basis for Streptogramin B Resistance in Staphylococcus Aureus by Virginiamycin B Lyase 著者: Korczynska, M. / Mukhtar, T.A. / Wright, G.D. / Berghuis, A.M. | ||||||||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 133.5 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 103.5 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 1.1 MB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 1.1 MB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 29.6 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 37.2 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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非結晶学的対称性 (NCS) | NCSドメイン:
NCSドメイン領域: Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: GLU / Beg label comp-ID: GLU / End auth comp-ID: ILE / End label comp-ID: ILE / Refine code: 2 / Auth seq-ID: 2 - 294 / Label seq-ID: 2 - 294
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 33034.242 Da / 分子数: 2 / 変異: H270A / 由来タイプ: 組換発現 詳細: 1. SEQUENCE FOR RESIDUES 211 AND 212 WAS DERIVED FROM THE ORIGINAL GENE. 2. RESIDUES 51 TO 56 [PLPTPD] WERE REPLACED TO DISRUPT CRYSTAL PACKING INTERACTIONS BY A CORRESPONDING LOOP, RESIDUES 135-140 [ELPNKG]. 由来: (組換発現) ![]() ![]() 株: BM30002, PIP524 / 遺伝子: vgb, vgh / プラスミド: PET15B / 発現宿主: ![]() ![]() 参照: UniProt: P17978, 付加脱離酵素(リアーゼ); 炭素-酸素リアーゼ類; その他の炭素-酸素リアーゼ #2: タンパク質・ペプチド | #3: 化合物 | ChemComp-MG / #4: 化合物 | 構成要素の詳細 | QUINUPRIST | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.4 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.7 % |
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結晶化 | pH: 7.5 詳細: 100MM MES BUFFER (PH 6.5), 20%(W/V) PEG 10000, PROTEIN SOLUTION SUPPLEMENTED WITH 3MM MGCL2, 3MM DALFOPRISTIN, 1MM QUINUPRISTIN, PH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, TEMPERATURE 295K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 95 K |
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放射光源 | 由来: ![]() |
検出器 | タイプ: RIGAKU RAXIS IV++ / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2006年1月1日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.8→50 Å / Num. obs: 14813 / % possible obs: 91.1 % / 冗長度: 4.1 % / Rsym value: 0.136 / Net I/σ(I): 6 |
反射 シェル | 解像度: 2.8→2.99 Å / 冗長度: 3.8 % / Mean I/σ(I) obs: 3.8 / Rsym value: 0.31 / % possible all: 94.1 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: PDB ENTRY 2Z2N 解像度: 2.8→36.18 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.909 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.858 / SU B: 38.266 / SU ML: 0.385 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.578 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 20.33 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.8→36.18 Å
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拘束条件 |
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Refine LS restraints NCS | Dom-ID: 1 / Auth asym-ID: A / Ens-ID: 1 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.8→2.95 Å / Total num. of bins used: 10
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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