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万見
- PDB-2ypd: Crystal structure of the Jumonji domain of human Jumonji domain c... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2ypd
タイトルCrystal structure of the Jumonji domain of human Jumonji domain containing 1C protein
要素PROBABLE JMJC DOMAIN-CONTAINING HISTONE DEMETHYLATION PROT EIN 2C
キーワードOXIDOREDUCTASE
機能・相同性
機能・相同性情報


酸化還元酵素; 電子対供与作用を持つ; 分子酸素を取り込むないしは分子酸素を還元する; 2-オキソグルタル酸類を片方の電子供与体とする; 酸素分をそれぞれの電子供与体に取り込む / histone H3K9 demethylase activity / nuclear thyroid hormone receptor binding / dioxygenase activity / histone deacetylase complex / transcription coregulator activity / chromatin DNA binding / blood coagulation / Factors involved in megakaryocyte development and platelet production / regulation of transcription by RNA polymerase II ...酸化還元酵素; 電子対供与作用を持つ; 分子酸素を取り込むないしは分子酸素を還元する; 2-オキソグルタル酸類を片方の電子供与体とする; 酸素分をそれぞれの電子供与体に取り込む / histone H3K9 demethylase activity / nuclear thyroid hormone receptor binding / dioxygenase activity / histone deacetylase complex / transcription coregulator activity / chromatin DNA binding / blood coagulation / Factors involved in megakaryocyte development and platelet production / regulation of transcription by RNA polymerase II / regulation of DNA-templated transcription / chromatin / zinc ion binding / nucleoplasm
類似検索 - 分子機能
: / : / : / Lysine-specific demethylase 3B, PWWP domain / Domain of unknown function (DUF7030) / Histone demethylase JHDM2-like / Lysine-specific demethylase 3B, tudor domain / A domain family that is part of the cupin metalloenzyme superfamily. / JmjC domain / JmjC domain profile. ...: / : / : / Lysine-specific demethylase 3B, PWWP domain / Domain of unknown function (DUF7030) / Histone demethylase JHDM2-like / Lysine-specific demethylase 3B, tudor domain / A domain family that is part of the cupin metalloenzyme superfamily. / JmjC domain / JmjC domain profile. / Cupin / JmjC domain, hydroxylase / Jelly Rolls / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
2-(ETHYLMERCURI-THIO)-BENZOIC ACID / Probable JmjC domain-containing histone demethylation protein 2C
類似検索 - 構成要素
生物種HOMO SAPIENS (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.1 Å
データ登録者Vollmar, M. / Johansson, C. / Krojer, T. / Berridge, G. / Burgess-Brown, N. / Strain-Damerell, C. / Froese, S. / Williams, E. / Goubin, S. / Coutandin, D. ...Vollmar, M. / Johansson, C. / Krojer, T. / Berridge, G. / Burgess-Brown, N. / Strain-Damerell, C. / Froese, S. / Williams, E. / Goubin, S. / Coutandin, D. / von Delft, F. / Arrowsmith, C.H. / Bountra, C. / Edwards, A. / Oppermann, U.
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal Structure of the Jumonji Domain of Human Jumonji Domain Containing 1C Protein
著者: Vollmar, M. / Johansson, C. / Krojer, T. / Strain-Damerell, C. / Froese, S. / Williams, E. / Coutandin, D. / von Delft, F. / Weigelt, J. / Arrowsmith, C.H. / Bountra, C. / Edwards, A. / Oppermann, U.
履歴
登録2012年10月30日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02012年12月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年9月17日Group: Atomic model / Derived calculations ...Atomic model / Derived calculations / Non-polymer description / Other / Source and taxonomy
改定 1.22018年1月24日Group: Advisory / Database references
カテゴリ: citation_author / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms
Item: _citation_author.name
改定 1.32024年5月8日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: PROBABLE JMJC DOMAIN-CONTAINING HISTONE DEMETHYLATION PROT EIN 2C
B: PROBABLE JMJC DOMAIN-CONTAINING HISTONE DEMETHYLATION PROT EIN 2C
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)94,63815
ポリマ－90,3812
非ポリマー4,25713
水4,017223
1
A: PROBABLE JMJC DOMAIN-CONTAINING HISTONE DEMETHYLATION PROT EIN 2C
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,5118
ポリマ－45,1911
非ポリマー2,3207
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: PROBABLE JMJC DOMAIN-CONTAINING HISTONE DEMETHYLATION PROT EIN 2C
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,1287
ポリマ－45,1911
非ポリマー1,9376
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)45.718, 112.206, 165.173
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP22121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-2117-

HOH

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要素

#1: タンパク質 PROBABLE JMJC DOMAIN-CONTAINING HISTONE DEMETHYLATION PROT EIN 2C / JUMONJI DOMAIN-CONTAINING PROTEIN 1C / THYROID RECEPTOR-INTERACTING PROTEIN 8 / TR-INTERACTING ...JUMONJI DOMAIN-CONTAINING PROTEIN 1C / THYROID RECEPTOR-INTERACTING PROTEIN 8 / TR-INTERACTING PROTEIN 8 / TRIP-8


分子量: 45190.605 Da / 分子数: 2 / 断片: JUMONJI DOMAIN, RESIDUES 2157-2540 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) / プラスミド: PNIC-CTHF / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / Variant (発現宿主): R3-PRARE2
参照: UniProt: Q15652, 酸化還元酵素; 電子対供与作用を持つ; 分子酸素を取り込むないしは分子酸素を還元する; 2- ...参照: UniProt: Q15652, 酸化還元酵素; 電子対供与作用を持つ; 分子酸素を取り込むないしは分子酸素を還元する; 2-オキソグルタル酸類を片方の電子供与体とする; 酸素分をそれぞれの電子供与体に取り込む
#2: 化合物
ChemComp-EMT / 2-(ETHYLMERCURI-THIO)-BENZOIC ACID / 2-[エチルメルクリオ(II)チオ]安息香酸


分子量: 382.830 Da / 分子数: 11 / 由来タイプ: 合成 / 式: C9H10HgO2S
#3: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 223 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.26 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.72 % / 解説: NONE
結晶化詳細: 13% PEG3350, 200 MM SODIUM MALONATE

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I03 / 波長: 0.9736
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2012年10月17日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9736 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.1→92.82 Å / Num. obs: 50717 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(I): 1.7 / 冗長度: 15.6 % / Rmerge(I) obs: 0.15 / Net I/σ(I): 11.5
反射 シェル解像度: 2.1→2.16 Å / 冗長度: 5.3 % / Rmerge(I) obs: 1.04 / Mean I/σ(I) obs: 1.7 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.7.0029精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
autoSHARP位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散
開始モデル: NONE

解像度: 2.1→92.82 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.931 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.927 / SU B: 9.356 / SU ML: 0.128 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.209 / ESU R Free: 0.172 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.23986 2574 5.1 %RANDOM
Rwork0.2149 ---
obs0.21616 48077 99.97 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 32.643 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--2.49 Å20 Å20 Å2
2---0.68 Å20 Å2
3---3.17 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.1→92.82 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5133 0 35 223 5391
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0090.0195323
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0030.025065
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.2411.9517199
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.837311672
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.1375661
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg31.87924.916238
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.24415918
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg11.1671519
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0710.2794
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.0215979
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0030.021198
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.1→2.155 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.368 194 -
Rwork0.327 3498 -
obs--99.95 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.5411-0.0198-0.14660.38330.00360.2234-0.0232-0.01830.0231-0.02190.00080.01390.0084-0.00090.02240.0865-0.0013-0.03140.04020.00980.019627.8047-30.31611.8696
20.9307-0.1762-0.22430.08760.16060.5277-0.0088-0.1153-0.0068-0.03340.0247-0.00550.00010.013-0.01580.0589-0.0106-0.00030.0872-0.00980.004228.9679-0.097639.6456
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A0 - 2497
2X-RAY DIFFRACTION2B0 - 2497

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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