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Yorodumi- PDB-2yme: Crystal structure of a mutant binding protein (5HTBP-AChBP) in co... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 2yme | ||||||
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Title | Crystal structure of a mutant binding protein (5HTBP-AChBP) in complex with granisetron | ||||||
Components | SOLUBLE ACETYLCHOLINE RECEPTOR | ||||||
Keywords | RECEPTOR / PENTAMERIC LIGAND-GATED ION CHANNEL | ||||||
Function / homology | Function and homology information excitatory extracellular ligand-gated monoatomic ion channel activity / transmitter-gated monoatomic ion channel activity involved in regulation of postsynaptic membrane potential / transmembrane signaling receptor activity / postsynapse / neuron projection / identical protein binding / membrane / metal ion binding Similarity search - Function | ||||||
Biological species | APLYSIA CALIFORNICA (California sea hare) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.4 Å | ||||||
Authors | Kesters, D. / Thompson, A.J. / Brams, M. / Elk, R.v. / Spurny, R. / Geitmann, M. / Villalgordo, J.M. / Guskov, A. / Danielson, U.H. / Lummis, S.C.R. ...Kesters, D. / Thompson, A.J. / Brams, M. / Elk, R.v. / Spurny, R. / Geitmann, M. / Villalgordo, J.M. / Guskov, A. / Danielson, U.H. / Lummis, S.C.R. / Smit, A.B. / Ulens, C. | ||||||
Citation | Journal: Embo Rep. / Year: 2013 Title: Structural Basis of Ligand Recognition in 5-Ht3 Receptors. Authors: Kesters, D. / Thompson, A.J. / Brams, M. / Van Elk, R. / Spurny, R. / Geitmann, M. / Villalgordo, J.M. / Guskov, A. / Helena Danielson, U. / Lummis, S.C.R. / Smit, A.B. / Ulens, C. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 2yme.cif.gz | 864.1 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb2yme.ent.gz | 729.3 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 2yme.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 2yme_validation.pdf.gz | 3 MB | Display | wwPDB validaton report |
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Full document | 2yme_full_validation.pdf.gz | 3.1 MB | Display | |
Data in XML | 2yme_validation.xml.gz | 92.5 KB | Display | |
Data in CIF | 2yme_validation.cif.gz | 120.8 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ym/2yme ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ym/2yme | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | 2ymdC 2xysS C: citing same article (ref.) S: Starting model for refinement |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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2 |
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Unit cell |
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Noncrystallographic symmetry (NCS) | NCS oper: (Code: given Matrix: (-1, -0.029, -0.004), Vector: |
-Components
-Protein / Sugars , 2 types, 19 molecules ABCDEFGHIJ
#1: Protein | Mass: 23343.137 Da / Num. of mol.: 10 / Fragment: ACETYLCHOLINE BINDING DOMAIN, RESIDUES 20-224 / Mutation: YES Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) APLYSIA CALIFORNICA (California sea hare) Production host: SPODOPTERA FRUGIPERDA (fall armyworm) / Strain (production host): SF21 / References: UniProt: Q8WSF8 #2: Sugar | ChemComp-NAG / |
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-Non-polymers , 4 types, 1267 molecules
#3: Chemical | ChemComp-CWB / #4: Chemical | ChemComp-PO4 / #5: Chemical | ChemComp-NA / | #6: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.75 Å3/Da / Density % sol: 55 % / Description: NONE |
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Crystal grow | Details: 200 MM NA2SO4, BISTRISPROPANE PH 8.5, 18% PEG3350. |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: ESRF / Beamline: ID23-1 / Wavelength: 0.8726 |
Detector | Type: ADSC CCD / Detector: CCD / Date: Jun 12, 2009 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.8726 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.4→46.35 Å / Num. obs: 105875 / % possible obs: 99.7 % / Observed criterion σ(I): 1.5 / Redundancy: 3.8 % / Biso Wilson estimate: 35.58 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.12 / Net I/σ(I): 10.6 |
Reflection shell | Resolution: 2.4→2.5 Å / Redundancy: 3.7 % / Rmerge(I) obs: 0.8 / Mean I/σ(I) obs: 1.5 / % possible all: 99.9 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: PDB ENTRY 2XYS Resolution: 2.4→48.908 Å / SU ML: 0.37 / σ(F): 1.99 / Phase error: 24.57 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.98 Å / VDW probe radii: 1.2 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 47.137 Å2 / ksol: 0.338 e/Å3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 46 Å2
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Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.4→48.908 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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