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万見
- PDB-2yjd: Stapled peptide bound to Estrogen Receptor Beta -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2yjd
タイトルStapled peptide bound to Estrogen Receptor Beta
要素
  • ESTROGEN RECEPTOR BETA
  • STAPLED PEPTIDE
キーワードHORMONE RECEPTOR/PEPTIDE / HORMONE RECEPTOR-PEPTIDE COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


receptor antagonist activity / nuclear steroid receptor activity / RNA polymerase II intronic transcription regulatory region sequence-specific DNA binding / nuclear estrogen receptor activity / locomotor rhythm / aryl hydrocarbon receptor binding / regulation of lipid metabolic process / cellular response to Thyroglobulin triiodothyronine / regulation of glucose metabolic process / Synthesis of bile acids and bile salts ...receptor antagonist activity / nuclear steroid receptor activity / RNA polymerase II intronic transcription regulatory region sequence-specific DNA binding / nuclear estrogen receptor activity / locomotor rhythm / aryl hydrocarbon receptor binding / regulation of lipid metabolic process / cellular response to Thyroglobulin triiodothyronine / regulation of glucose metabolic process / Synthesis of bile acids and bile salts / estrogen receptor signaling pathway / cellular response to estrogen stimulus / Endogenous sterols / Synthesis of bile acids and bile salts via 27-hydroxycholesterol / estrogen response element binding / Synthesis of bile acids and bile salts via 7alpha-hydroxycholesterol / regulation of cellular response to insulin stimulus / Recycling of bile acids and salts / cellular response to hormone stimulus / positive regulation of adipose tissue development / peroxisome proliferator activated receptor signaling pathway / RORA activates gene expression / steroid binding / Regulation of lipid metabolism by PPARalpha / ESR-mediated signaling / BMAL1:CLOCK,NPAS2 activates circadian gene expression / SUMOylation of transcription cofactors / Activation of gene expression by SREBF (SREBP) / nuclear receptor coactivator activity / cellular response to estradiol stimulus / response to progesterone / nuclear receptor binding / circadian regulation of gene expression / Heme signaling / mRNA transcription by RNA polymerase II / Activated PKN1 stimulates transcription of AR (androgen receptor) regulated genes KLK2 and KLK3 / Transcriptional activation of mitochondrial biogenesis / PPARA activates gene expression / Cytoprotection by HMOX1 / negative regulation of cell growth / positive regulation of DNA-binding transcription factor activity / Transcriptional regulation of white adipocyte differentiation / Nuclear Receptor transcription pathway / RNA polymerase II transcription regulator complex / Constitutive Signaling by Aberrant PI3K in Cancer / nuclear receptor activity / Circadian Clock / PIP3 activates AKT signaling / cell-cell signaling / HATs acetylate histones / PI5P, PP2A and IER3 Regulate PI3K/AKT Signaling / Estrogen-dependent gene expression / transcription regulator complex / Extra-nuclear estrogen signaling / transcription coactivator activity / nuclear body / protein dimerization activity / DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / protein domain specific binding / intracellular membrane-bounded organelle / chromatin binding / regulation of DNA-templated transcription / chromatin / regulation of transcription by RNA polymerase II / positive regulation of DNA-templated transcription / enzyme binding / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / signal transduction / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / protein-containing complex / mitochondrion / DNA binding / zinc ion binding / nucleoplasm / nucleus / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Estrogen receptor beta-like, N-terminal / Estrogen receptor beta/gamma / Estrogen receptor beta / Nuclear receptor coactivator 2 / Nuclear receptor coactivator 2/3, DUF4927 / Domain of unknown function (DUF4927) / Estrogen receptor/oestrogen-related receptor / Nuclear receptor coactivator, DUF1518 / Nuclear receptor coactivator, Ncoa-type, interlocking / Nuclear receptor coactivator, Ncoa-type, interlocking domain superfamily ...Estrogen receptor beta-like, N-terminal / Estrogen receptor beta/gamma / Estrogen receptor beta / Nuclear receptor coactivator 2 / Nuclear receptor coactivator 2/3, DUF4927 / Domain of unknown function (DUF4927) / Estrogen receptor/oestrogen-related receptor / Nuclear receptor coactivator, DUF1518 / Nuclear receptor coactivator, Ncoa-type, interlocking / Nuclear receptor coactivator, Ncoa-type, interlocking domain superfamily / Nuclear receptor coactivator, DUF1518 / Nuclear receptor coactivator / DUF1518 / Nuclear receptor coactivator, receptor-binding domain / Nuclear receptor coactivator / Steroid receptor coactivator / Unstructured region on nuclear receptor coactivator protein / PAS domain / Nuclear receptor coactivator, interlocking / Helix-loop-helix DNA-binding domain superfamily / helix loop helix domain / Myc-type, basic helix-loop-helix (bHLH) domain / Myc-type, basic helix-loop-helix (bHLH) domain profile. / PAS fold / PAS fold / PAS domain / PAS repeat profile. / PAS domain / PAS domain superfamily / Retinoid X Receptor / Retinoid X Receptor / Nuclear hormone receptor / Nuclear hormones receptors DNA-binding region signature. / Zinc finger, nuclear hormone receptor-type / Zinc finger, C4 type (two domains) / Nuclear hormone receptors DNA-binding domain profile. / c4 zinc finger in nuclear hormone receptors / Nuclear hormone receptor, ligand-binding domain / Nuclear hormone receptor-like domain superfamily / Ligand-binding domain of nuclear hormone receptor / Nuclear receptor (NR) ligand-binding (LBD) domain profile. / Ligand binding domain of hormone receptors / Zinc finger, NHR/GATA-type / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
4-(2-PROPAN-2-YLOXYBENZIMIDAZOL-1-YL)PHENOL / Nuclear receptor coactivator 2 / Estrogen receptor beta
類似検索 - 構成要素
生物種HOMO SAPIENS (ヒト)
手法X線回折 / OTHER / 解像度: 1.93 Å
データ登録者Phillips, C. / Roberts, L.R. / Schade, M. / Bent, A. / Davies, N.L. / Moore, R. / Pannifer, A.D. / Brown, D.G. / Pickford, A.R. / Irving, S.L.
引用ジャーナル: J.Am.Chem.Soc. / 年: 2011
タイトル: Design and Structure of Stapled Peptides Binding to Estrogen Receptors.
著者: Phillips, C. / Roberts, L.R. / Schade, M. / Bazin, R. / Bent, A. / Davies, N.L. / Moore, R. / Pannifer, A.D. / Pickford, A.R. / Prior, S.H. / Read, C.M. / Scott, A. / Brown, D.G. / Xu, B. / Irving, S.L.
履歴
登録2011年5月19日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02011年8月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年1月25日Group: Atomic model / Other

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: ESTROGEN RECEPTOR BETA
B: ESTROGEN RECEPTOR BETA
C: STAPLED PEPTIDE
D: STAPLED PEPTIDE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)57,4666
ポリマ－56,9304
非ポリマー5372
水3,711206
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4870 Å2
ΔGint-37.1 kcal/mol
Surface area25670 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)102.620, 102.620, 102.620
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number79
Space group name H-MI4
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper: (Code: given
Matrix: (0.05678, 0.9983, -0.00964), (0.9984, -0.05672, 0.00581), (0.005252, -0.00995, -0.9999)
ベクター: -0.5842, 0.4146, -22.29)

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要素

#1: タンパク質 ESTROGEN RECEPTOR BETA / ER-BETA / NUCLEAR RECEPTOR SUBFAMILY 3 GROUP A MEMBER 2


分子量: 27109.143 Da / 分子数: 2 / 断片: LIGAND-BINDING DOMAIN, RESIDUES 261-500 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 参照: UniProt: Q92731
#2: タンパク質・ペプチド STAPLED PEPTIDE


分子量: 1355.648 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) HOMO SAPIENS (ヒト) / 参照: UniProt: Q15596*PLUS
#3: 化合物 ChemComp-YJD / 4-(2-PROPAN-2-YLOXYBENZIMIDAZOL-1-YL)PHENOL


分子量: 268.310 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C16H16N2O2
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 206 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.37 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.16 % / 解説: NONE

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / 波長: 1.5418
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.93→13 Å / Num. obs: 38555 / % possible obs: 96 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 12 % / Biso Wilson estimate: 32.86 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.07 / Net I/σ(I): 7

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解析

ソフトウェア名称: BUSTER / バージョン: 2.9.6 / 分類: 精密化
精密化構造決定の手法: OTHER
開始モデル: NONE

解像度: 1.93→13.03 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.9083 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.8857 / SU R Cruickshank DPI: 0.182 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.181 / SU Rfree Blow DPI: 0.16 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.162
詳細: IDEAL-DIST CONTACT TERM CONTACT SETUP. ALL ATOMS HAVE CCP4 ATOM TYPE FROM LIBRARY.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2602 1944 5.04 %RANDOM
Rwork0.2246 ---
obs0.2264 38555 96.87 %-
原子変位パラメータBiso mean: 35.27 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--3.642 Å20 Å20 Å2
2---3.642 Å20 Å2
3---7.284 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.299 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.93→13.03 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3714 0 40 206 3960
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.013824HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg1.155168HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d1300SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes118HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes536HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it3824HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion2.43
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion20.28
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion486SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact4611SEMIHARMONIC4
LS精密化 シェル解像度: 1.93→1.98 Å / Total num. of bins used: 19
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3115 122 4.98 %
Rwork0.269 2326 -
all0.2711 2448 -
obs--96.87 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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