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万見
- PDB-2yis: triazolopyridine inhibitors of p38 kinase. -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2yis
タイトルtriazolopyridine inhibitors of p38 kinase.
要素MITOGEN-ACTIVATED PROTEIN KINASE 14
キーワードTRANSFERASE / INHIBITOR SBDD KINASE / CELL CYCLE
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of cyclase activity / Activation of PPARGC1A (PGC-1alpha) by phosphorylation / CD163 mediating an anti-inflammatory response / regulation of synaptic membrane adhesion / stress-induced premature senescence / cell surface receptor protein serine/threonine kinase signaling pathway / 3'-UTR-mediated mRNA stabilization / stress-activated protein kinase signaling cascade / : / KSRP (KHSRP) binds and destabilizes mRNA ...positive regulation of cyclase activity / Activation of PPARGC1A (PGC-1alpha) by phosphorylation / CD163 mediating an anti-inflammatory response / regulation of synaptic membrane adhesion / stress-induced premature senescence / cell surface receptor protein serine/threonine kinase signaling pathway / 3'-UTR-mediated mRNA stabilization / stress-activated protein kinase signaling cascade / : / KSRP (KHSRP) binds and destabilizes mRNA / positive regulation of myoblast fusion / cellular response to UV-B / cartilage condensation / mitogen-activated protein kinase p38 binding / positive regulation of muscle cell differentiation / Myogenesis / Platelet sensitization by LDL / positive regulation of myotube differentiation / NFAT protein binding / Activation of the AP-1 family of transcription factors / regulation of cytokine production involved in inflammatory response / p38MAPK cascade / ERK/MAPK targets / cellular response to lipoteichoic acid / fatty acid oxidation / response to muramyl dipeptide / response to dietary excess / MAP kinase kinase activity / Regulation of MITF-M-dependent genes involved in pigmentation / MAP kinase activity / cellular response to vascular endothelial growth factor stimulus / regulation of ossification / mitogen-activated protein kinase / RHO GTPases Activate NADPH Oxidases / chondrocyte differentiation / vascular endothelial growth factor receptor signaling pathway / negative regulation of hippo signaling / positive regulation of myoblast differentiation / stress-activated MAPK cascade / skeletal muscle tissue development / positive regulation of cardiac muscle cell proliferation / signal transduction in response to DNA damage / p38MAPK events / positive regulation of brown fat cell differentiation / response to muscle stretch / striated muscle cell differentiation / positive regulation of interleukin-12 production / osteoclast differentiation / positive regulation of erythrocyte differentiation / lipopolysaccharide-mediated signaling pathway / placenta development / DNA damage checkpoint signaling / tumor necrosis factor-mediated signaling pathway / stem cell differentiation / cellular response to ionizing radiation / positive regulation of D-glucose import across plasma membrane / activated TAK1 mediates p38 MAPK activation / negative regulation of inflammatory response to antigenic stimulus / negative regulation of canonical Wnt signaling pathway / NOD1/2 Signaling Pathway / bone development / positive regulation of protein import into nucleus / cellular response to virus / platelet activation / response to insulin / VEGFA-VEGFR2 Pathway / positive regulation of reactive oxygen species metabolic process / cell morphogenesis / glucose metabolic process / chemotaxis / spindle pole / osteoblast differentiation / cellular senescence / ADP signalling through P2Y purinoceptor 1 / MAPK cascade / cellular response to lipopolysaccharide / angiogenesis / secretory granule lumen / protein phosphatase binding / Oxidative Stress Induced Senescence / Regulation of TP53 Activity through Phosphorylation / ficolin-1-rich granule lumen / transcription by RNA polymerase II / cell surface receptor signaling pathway / intracellular signal transduction / nuclear speck / protein serine kinase activity / protein serine/threonine kinase activity / apoptotic process / Neutrophil degranulation / positive regulation of gene expression / regulation of transcription by RNA polymerase II / glutamatergic synapse / enzyme binding / signal transduction / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / mitochondrion / extracellular region / nucleoplasm / ATP binding
類似検索 - 分子機能
Mitogen-activated protein kinase 14 / Mitogen-activated protein (MAP) kinase p38-like / Mitogen-activated protein (MAP) kinase, conserved site / MAP kinase signature. / : / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Transferase(Phosphotransferase) domain 1 / Transferase(Phosphotransferase); domain 1 / Protein kinase domain ...Mitogen-activated protein kinase 14 / Mitogen-activated protein (MAP) kinase p38-like / Mitogen-activated protein (MAP) kinase, conserved site / MAP kinase signature. / : / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Transferase(Phosphotransferase) domain 1 / Transferase(Phosphotransferase); domain 1 / Protein kinase domain / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-I46 / Chem-YIS / Mitogen-activated protein kinase 14
類似検索 - 構成要素
生物種HOMO SAPIENS (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / OTHER / 解像度: 2 Å
データ登録者Millan, D.S. / Anderson, M. / Bazin, R. / Bunnage, M.E. / Burrows, J.L. / Butcher, K.J. / Dodd, P.G. / Evans, T.J. / Fairman, D.A. / Hughes, S.J. ...Millan, D.S. / Anderson, M. / Bazin, R. / Bunnage, M.E. / Burrows, J.L. / Butcher, K.J. / Dodd, P.G. / Evans, T.J. / Fairman, D.A. / Hughes, S.J. / Irving, S.L. / Kilty, I.C. / Lemaitre, A. / Lewthwaite, R.A. / Mahnke, A. / Mathais, J.P. / Philip, J. / Phillips, C. / Smith, R.T. / Stefaniack, M.H. / Yeadon, M.
引用ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2011
タイトル: Design and Synthesis of Inhaled P38 Inhibitors for the Treatment of Chronic Obstructive Pulmonary Disease.
著者: Millan, D.S. / Bunnage, M.E. / Burrows, J.L. / Butcher, K.J. / Dodd, P.G. / Evans, T.J. / Fairman, D.A. / Hughes, S.J. / Kilty, I.C. / Lemaitre, A. / Lewthwaite, R.A. / Mahnke, A. / Mathias, ...著者: Millan, D.S. / Bunnage, M.E. / Burrows, J.L. / Butcher, K.J. / Dodd, P.G. / Evans, T.J. / Fairman, D.A. / Hughes, S.J. / Kilty, I.C. / Lemaitre, A. / Lewthwaite, R.A. / Mahnke, A. / Mathias, J.P. / Philip, J. / Smith, R.T. / Stefaniak, M.H. / Yeadon, M. / Phillips, C.
履歴
登録2011年5月16日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02011年11月30日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年5月8日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: MITOGEN-ACTIVATED PROTEIN KINASE 14
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)42,1703
ポリマ－41,2121
非ポリマー9582
水4,450247
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)65.450, 74.100, 77.140
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 MITOGEN-ACTIVATED PROTEIN KINASE 14 / MAP KINASE 14 / MAPK 14 / CYTOKINE SUPPRESSIVE ANTI-INFLAMMATORY DRUG-BINDING PROTEIN / CSAID- ...MAP KINASE 14 / MAPK 14 / CYTOKINE SUPPRESSIVE ANTI-INFLAMMATORY DRUG-BINDING PROTEIN / CSAID-BINDING PROTEIN / CSBP / MAP KINASE MXI2 / MAX-INTERACTING PROTEIN 2 / P38 KINASE / MITOGEN-ACTIVATED PROTEIN KINASE P38 ALPHA / MAP KINASE P38 ALPHA / SAPK2A


分子量: 41212.000 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 参照: UniProt: Q16539, mitogen-activated protein kinase
#2: 化合物 ChemComp-YIS / 1-[3-tert-butyl-1-(3-chloro-4-hydroxyphenyl)-1H-pyrazol-5-yl]-3-{2-[(3-{2-[(2-hydroxyethyl)sulfanyl]phenyl}[1,2,4]triazolo[4,3-a]pyridin-6-yl)sulfanyl]benzyl}urea


分子量: 700.273 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C35H34ClN7O3S2
#3: 化合物 ChemComp-I46 / 2-fluoro-4-[4-(4-fluorophenyl)-1H-pyrazol-3-yl]pyridine


分子量: 257.238 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C14H9F2N3
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 247 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.27 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.8 % / 解説: NONE

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / タイプ: ESRF / 波長: 1
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→23.5 Å / Num. obs: 25518 / % possible obs: 98 % / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 3.7 % / Biso Wilson estimate: 33.45 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.06 / Net I/σ(I): 15

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解析

ソフトウェア名称: BUSTER / バージョン: 2.9.6 / 分類: 精密化
精密化構造決定の手法: OTHER
開始モデル: NONE

解像度: 2→23.43 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.9272 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.9077 / SU R Cruickshank DPI: 0.199 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.212 / SU Rfree Blow DPI: 0.178 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.174
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2549 1290 5.06 %RANDOM
Rwork0.2143 ---
obs0.2163 25518 98.26 %-
原子変位パラメータBiso mean: 35.28 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-4.0714 Å20 Å20 Å2
2--7.907 Å20 Å2
3----11.9784 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.268 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→23.43 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2635 0 67 247 2949
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.012770HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg1.113765HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d934SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes89HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes397HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it2770HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion3.05
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion19.11
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion350SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact3336SEMIHARMONIC4
LS精密化 シェル解像度: 2→2.08 Å / Total num. of bins used: 13
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2829 142 5.56 %
Rwork0.2392 2414 -
all0.2416 2556 -
obs--98.26 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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