+
データを開く
-
基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2yio | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | Crystal Structure of Parasite Sarcocystis muris Microneme Protein SML- 2 in complex with 1-Thio-beta-D-Galactose (SPACEGROUP C2221) | ||||||
![]() | MICRONEME ANTIGEN L2 | ||||||
![]() | SUGAR BINDING PROTEIN / APPLE-DOMAIN TANDEM REPEAT / PAN_AP / PAN_1 / GALACTOSE-BINDING LECTIN / CELLULAR ADHESION / MICRONEMAL PROTEIN | ||||||
機能・相同性 | ![]() microneme / cytoplasmic vesicle / carbohydrate binding / cell adhesion / proteolysis / extracellular region 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() | ||||||
![]() | Mueller, J.J. / Heinemann, U. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Pan-Modular Structure of Microneme Protein Sml-2 from Parasite Sarcocystis Muris at 1.95 A Resolution and its Complex with 1-Thio-Beta-D-Galactose. 著者: Mueller, J.J. / Weiss, M.S. / Heinemann, U. | ||||||
履歴 |
|
-
構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
---|
-
ダウンロードとリンク
-
ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 65.6 KB | 表示 | ![]() |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | ![]() | 48.6 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 475.3 KB | 表示 | ![]() |
---|---|---|---|---|
文書・詳細版 | ![]() | 476.8 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 13.5 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 18 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-
リンク
-
集合体
登録構造単位 | ![]()
| ||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 | ![]()
| ||||||||||||||||||
2 | ![]()
| ||||||||||||||||||
単位格子 |
| ||||||||||||||||||
非結晶学的対称性 (NCS) | NCSドメイン:
NCSドメイン領域: Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: VAL / Beg label comp-ID: VAL / End auth comp-ID: TYR / End label comp-ID: TYR / Refine code: 5 / Auth seq-ID: 7 - 130 / Label seq-ID: 7 - 130
|
-
要素
-タンパク質 / 糖 , 2種, 4分子 AB![](data/chem/img/YIO.gif)
![](data/chem/img/YIO.gif)
#1: タンパク質 | 分子量: 15094.004 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 詳細: CYST MEROZOITES OF SARCOCYSTIS MURIS FROM SKELETAL MOUSE MUSCLES. 由来: (天然) ![]() 参照: UniProt: P81860 #5: 糖 | |
---|
-非ポリマー , 4種, 104分子 ![](data/chem/img/CL.gif)
![](data/chem/img/SO4.gif)
![](data/chem/img/GOL.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/SO4.gif)
![](data/chem/img/GOL.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#2: 化合物 | ChemComp-CL / #3: 化合物 | #4: 化合物 | #6: 水 | ChemComp-HOH / | |
---|
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
---|
-
試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.34 Å3/Da / 溶媒含有率: 63.2 % / 解説: NONE |
---|---|
結晶化 | 温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.9 詳細: VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP. PH 7.9, TEMPERATURE 291K. PROTEIN SOLUTION:50 MM TRIS-HCL, 150 MM NACL, PH 8.3, 12 MG/ML SML-2. RESERVOIR: 0.1 M HEPES, PH 7.5, 0.1 M NACL, 1.7 M AMMONIUM ...詳細: VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP. PH 7.9, TEMPERATURE 291K. PROTEIN SOLUTION:50 MM TRIS-HCL, 150 MM NACL, PH 8.3, 12 MG/ML SML-2. RESERVOIR: 0.1 M HEPES, PH 7.5, 0.1 M NACL, 1.7 M AMMONIUM SULFATE, 15% GLYCEROL. DROPLET: 1 MICROLITER PROTEIN SOLUTION: 1 MICROLITER RESERVOIR SOLUTION. PROTEIN:1-THIO-BETA-D-GALACTOSE, MOLAR RATIO 1:100. |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 110 K |
---|---|
放射光源 | 由来: ![]() |
検出器 | タイプ: MARRESEARCH MAR30 / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2000年5月5日 / 詳細: GOEBEL MIRROR |
放射 | モノクロメーター: MAXFLUX MIRROR OSMIC / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.542 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.43→23.9 Å / Num. obs: 15317 / % possible obs: 99.1 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 5 % / Biso Wilson estimate: 30.2 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.04 / Net I/σ(I): 29.1 |
反射 シェル | 解像度: 2.43→2.5 Å / 冗長度: 3.9 % / Rmerge(I) obs: 0.15 / Mean I/σ(I) obs: 8.44 / % possible all: 92.6 |
-
解析
ソフトウェア |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: PDB ENTRY 2YIL 解像度: 2.43→23.83 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.944 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.919 / SU B: 5.768 / SU ML: 0.138 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.25 / ESU R Free: 0.202 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. U VALUES REFINED INDIVIDUALLY.
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 36.229 Å2
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.43→23.83 Å
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
|