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- PDB-2ydw: Crystal Structure of the First Bromodomain of Human Brd2 with the... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2ydw
タイトルCrystal Structure of the First Bromodomain of Human Brd2 with the inhibitor GW841819X
要素BROMODOMAIN-CONTAINING PROTEIN 2
キーワードNUCLEAR PROTEIN / HISTONE / EPIGENETIC READER
機能・相同性
機能・相同性情報


acetylation-dependent protein binding / chromatin looping / RUNX3 regulates p14-ARF / positive regulation of T-helper 17 cell lineage commitment / protein localization to chromatin / neural tube closure / lysine-acetylated histone binding / nucleosome assembly / spermatogenesis / nuclear speck ...acetylation-dependent protein binding / chromatin looping / RUNX3 regulates p14-ARF / positive regulation of T-helper 17 cell lineage commitment / protein localization to chromatin / neural tube closure / lysine-acetylated histone binding / nucleosome assembly / spermatogenesis / nuclear speck / protein phosphorylation / protein serine/threonine kinase activity / chromatin binding / chromatin / regulation of transcription by RNA polymerase II / nucleoplasm / nucleus / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
NET domain superfamily / NET domain profile. / Brdt, bromodomain, repeat II / Brdt, bromodomain, repeat I / NET domain / Bromodomain extra-terminal - transcription regulation / Bromodomain-like / Histone Acetyltransferase; Chain A / Bromodomain, conserved site / Bromodomain signature. ...NET domain superfamily / NET domain profile. / Brdt, bromodomain, repeat II / Brdt, bromodomain, repeat I / NET domain / Bromodomain extra-terminal - transcription regulation / Bromodomain-like / Histone Acetyltransferase; Chain A / Bromodomain, conserved site / Bromodomain signature. / Bromodomain / Bromodomain profile. / bromo domain / Bromodomain / Bromodomain-like superfamily / Up-down Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-WSH / Bromodomain-containing protein 2
類似検索 - 構成要素
生物種HOMO SAPIENS (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多重同系置換 / 解像度: 1.9 Å
データ登録者Chung, C. / Delves, C. / Woodward, R. / Mirguet, O. / Nicodeme, E.
引用ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2011
タイトル: Discovery and Characterization of Small Molecule Inhibitors of the Bet Family Bromodomains.
著者: Chung, C.W. / Coste, H. / White, J.H. / Mirguet, O. / Wilde, J. / Gosmini, R.L. / Delves, C. / Magny, S.M. / Woodward, R. / Hughes, S.A. / Boursier, E.V. / Flynn, H. / Bouillot, A.M. / ...著者: Chung, C.W. / Coste, H. / White, J.H. / Mirguet, O. / Wilde, J. / Gosmini, R.L. / Delves, C. / Magny, S.M. / Woodward, R. / Hughes, S.A. / Boursier, E.V. / Flynn, H. / Bouillot, A.M. / Bamborough, P. / Brusq, J.M. / Gellibert, F.J. / Jones, E.J. / Riou, A.M. / Homes, P. / Martin, S.L. / Uings, I.J. / Toum, J. / Clement, C.A. / Boullay, A.B. / Grimley, R.L. / Blandel, F.M. / Prinjha, R.K. / Lee, K. / Kirilovsky, J. / Nicodeme, E.
履歴
登録2011年3月24日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02011年6月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12012年11月21日Group: Database references / Other / Version format compliance
改定 1.22023年12月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: BROMODOMAIN-CONTAINING PROTEIN 2
B: BROMODOMAIN-CONTAINING PROTEIN 2
C: BROMODOMAIN-CONTAINING PROTEIN 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)54,7057
ポリマ－53,3393
非ポリマー1,3664
水5,513306
1
B: BROMODOMAIN-CONTAINING PROTEIN 2
ヘテロ分子

B: BROMODOMAIN-CONTAINING PROTEIN 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)36,5986
ポリマ－35,5592
非ポリマー1,0394
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_556-x,y,-z+11
Buried area2100 Å2
ΔGint-40.1 kcal/mol
Surface area11330 Å2
手法PISA
2
A: BROMODOMAIN-CONTAINING PROTEIN 2
C: BROMODOMAIN-CONTAINING PROTEIN 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)36,4064
ポリマ－35,5592
非ポリマー8472
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1920 Å2
ΔGint-12.3 kcal/mol
Surface area11360 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)117.372, 56.013, 67.425
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 93.98, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11B-2076-

HOH

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要素

#1: タンパク質 BROMODOMAIN-CONTAINING PROTEIN 2 / O27.1.1 / REALLY INTERESTING NEW GENE 3 PROTEIN / HUMAN BRD2


分子量: 17779.547 Da / 分子数: 3 / 断片: N-TERMINAL BROMODOMAIN, RESIDUES 67-200 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 参照: UniProt: P25440
#2: 化合物 ChemComp-WSH / BENZYL [(4R)-1-METHYL-6-PHENYL-4H-[1,2,4]TRIAZOLO[4,3-A][1,4]BENZODIAZEPIN-4-YL]CARBAMATE


分子量: 423.467 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C25H21N5O2
#3: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 306 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.07 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.2 % / 解説: NONE
結晶化pH: 5.5
詳細: 17.5% PEG 3350, 0.2 M (NH4)2SO4, 0.1 M BIS TRIS PH 5.5.

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / タイプ: ESRF / 波長: 0.939
検出器日付: 1996年6月1日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.939 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.9→67.26 Å / Num. obs: 34166 / % possible obs: 98.8 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 3.9 % / Biso Wilson estimate: 23 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.09 / Net I/σ(I): 11.5
反射 シェル解像度: 1.9→2 Å / 冗長度: 3.5 % / Rmerge(I) obs: 0.44 / Mean I/σ(I) obs: 3.3 / % possible all: 94.6

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.5.0109精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 多重同系置換
開始モデル: PDB ENTRY 1E6I

1e6i


解像度: 1.9→67.27 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.944 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.918 / SU B: 8.3 / SU ML: 0.114 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.151 / ESU R Free: 0.149 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.24959 1730 5.1 %RANDOM
Rwork0.19995 ---
obs0.20247 32436 100 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 37.229 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.67 Å20 Å2-0.04 Å2
2---0.51 Å20 Å2
3----0.17 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.9→67.27 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2666 0 101 306 3073
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0070.0222861
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.021936
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.1011.963878
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.79534718
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg4.45318
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.27624.692130
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.64315504
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg21.436159
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0520.2398
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0030.0213226
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02630
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.66621610
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.1022625
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.27942622
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.62141251
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it2.59261256
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.9→1.949 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.285 111 -
Rwork0.249 2172 -
obs--100 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.8495-0.4020.00881.0620.23851.1807-0.0159-0.0034-0.02090.0363-0.04190.16960.0494-0.04810.05780.02-0.00440.02970.0263-0.00750.062717.3736.41931.1001
20.8094-0.34681.24063.5151-0.05882.5318-0.06070.0767-0.0696-0.48310.2709-0.0398-0.08890.1543-0.21030.0886-0.05280.00810.1190.0020.0325-1.868418.37623.2296
31.0246-0.4677-0.13231.3049-0.07680.96870.0146-0.0292-0.00960.1833-0.0193-0.1171-0.10380.04730.00470.0683-0.0181-0.01560.0147-0.00140.037736.03777.773110.3291
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A76 - 182
2X-RAY DIFFRACTION2B77 - 181
3X-RAY DIFFRACTION3C76 - 182

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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