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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2ybu | ||||||
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タイトル | Crystal structure of human acidic chitinase in complex with bisdionin F | ||||||
![]() | ACIDIC MAMMALIAN CHITINASE | ||||||
![]() | HYDROLASE | ||||||
機能・相同性 | ![]() chitin metabolic process / production of molecular mediator involved in inflammatory response / polysaccharide digestion / Digestion of dietary carbohydrate / chitinase / chitinase activity / chitin catabolic process / immune system process / chitin binding / polysaccharide catabolic process ...chitin metabolic process / production of molecular mediator involved in inflammatory response / polysaccharide digestion / Digestion of dietary carbohydrate / chitinase / chitinase activity / chitin catabolic process / immune system process / chitin binding / polysaccharide catabolic process / positive regulation of chemokine production / kinase binding / apoptotic process / extracellular space / extracellular region / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Sutherland, T.E. / Andersen, O.A. / Betou, M. / Eggleston, I.M. / Maizels, R.M. / van Aalten, D. / Allen, J.E. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Analyzing airway inflammation with chemical biology: dissection of acidic mammalian chitinase function with a selective drug-like inhibitor. 著者: Sutherland, T.E. / Andersen, O.A. / Betou, M. / Eggleston, I.M. / Maizels, R.M. / van Aalten, D. / Allen, J.E. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 473 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 389.7 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 42626.621 Da / 分子数: 6 / 断片: CATALYTIC DOMAIN, RESIDUES 21-398 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() #2: 化合物 | ChemComp-GOL / #3: 化合物 | ChemComp-CX9 / #4: 水 | ChemComp-HOH / | 配列の詳細 | ACIDIC MAMMALIAN CHITINASE ISOFORM ASP45 ASN47 MET61 | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.2 Å3/Da / 溶媒含有率: 62 % / 解説: NONE |
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結晶化 | pH: 7.4 / 詳細: 75% SATURATED NACL, 0.1 M HEPES PH 7.4 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD / 日付: 2006年2月18日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.934 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.25→20 Å / Num. obs: 154470 / % possible obs: 99.6 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 4.1 % / Biso Wilson estimate: 31.9 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.1 / Net I/σ(I): 14.8 |
反射 シェル | 解像度: 2.25→2.33 Å / 冗長度: 4.1 % / Rmerge(I) obs: 0.58 / Mean I/σ(I) obs: 2.7 / % possible all: 99.8 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: PDB ENTRY 1LG2 解像度: 2.25→19.97 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.955 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.932 / SU B: 4.931 / SU ML: 0.122 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.198 / ESU R Free: 0.176 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. U VALUES REFINED INDIVIDUALLY.
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 28.703 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.25→19.97 Å
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拘束条件 |
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