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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2y5y | ||||||
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タイトル | Crystal structure of LacY in complex with an affinity inactivator | ||||||
要素 | LACTOSE PERMEASE | ||||||
キーワード | TRANSPORT PROTEIN / AFFINITY INACTIVATION | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 lactose:proton symporter activity / lactose transport / carbohydrate:proton symporter activity / lactose binding / carbohydrate transport / membrane / plasma membrane 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ESCHERICHIA COLI (大腸菌) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.38 Å | ||||||
データ登録者 | Chaptal, V. / Kwon, S. / Sawaya, M.R. / Guan, L. / Kaback, H.R. / Abramson, J. | ||||||
引用 | ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2011 タイトル: Crystal Structure of Lactose Permease in Complex with an Affinity Inactivator Yields Unique Insight Into Sugar Recognition. 著者: Chaptal, V. / Kwon, S. / Sawaya, M.R. / Guan, L. / Kaback, H.R. / Abramson, J. #1: ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2003 タイトル: Probing the Mechanism of a Membrane Transport Protein with Affinity Inactivators. 著者: Guan, L. / Sahin-Toth, M. / Kalai, T. / Hideg, K. / Kaback, H.R. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 2y5y.cif.gz | 317.1 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb2y5y.ent.gz | 265.4 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 2y5y.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 2y5y_validation.pdf.gz | 442.1 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 2y5y_full_validation.pdf.gz | 454 KB | 表示 | |
XML形式データ | 2y5y_validation.xml.gz | 17.9 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 2y5y_validation.cif.gz | 26.2 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/y5/2y5y ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/y5/2y5y | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 1pv7S S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 47271.484 Da / 分子数: 2 / 変異: YES / 由来タイプ: 組換発現 詳細: METHANE-THIO-SULFONIDE-GALACTOSIDE LINKED BY S-S BOND TO C122. 由来: (組換発現) ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株: K-12 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): K-12 / 参照: UniProt: P02920 #2: 化合物 | #3: 糖 | 構成要素の詳細 | ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN A, CYS 117 TO SER ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN A, ALA 122 TO CYS ...ENGINEERED | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 3 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 7.16 Å3/Da / 溶媒含有率: 82.69 % 解説: THE DATA DISPLAYED STRONG ANISOTROPY. THE NON- CORRECTED DATA WAS DEPOSITED IN THE PDB, WHILE THE CORRECTED DATA WAS INITIALLY USED TO SOLVE THE STRUCTURE, WITH BETTER DATA STATISTICS IN THE ...解説: THE DATA DISPLAYED STRONG ANISOTROPY. THE NON- CORRECTED DATA WAS DEPOSITED IN THE PDB, WHILE THE CORRECTED DATA WAS INITIALLY USED TO SOLVE THE STRUCTURE, WITH BETTER DATA STATISTICS IN THE HIGH RESOLUTION SHELLS. |
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結晶化 | pH: 6 / 詳細: PH 6 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 5.0.2 / 波長: 1 |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2010年4月22日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 3.4→28.28 Å / Num. obs: 35055 / % possible obs: 97.7 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 3.4 % / Biso Wilson estimate: 45.31 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.19 / Net I/σ(I): 4.8 |
反射 シェル | 解像度: 3.4→3.5 Å / 冗長度: 2.6 % / Rmerge(I) obs: 0.74 / Mean I/σ(I) obs: 1.3 / % possible all: 94.3 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB ENTRY 1PV7 解像度: 3.38→28.28 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.8747 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.8565 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
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原子変位パラメータ | Biso mean: 163.55 Å2
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Refine analyze | Luzzati coordinate error obs: 1.298 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 3.38→28.28 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 3.38→3.48 Å / Total num. of bins used: 18
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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