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- PDB-2wie: High-resolution structure of the rotor ring from a proton depende... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2wie
タイトルHigh-resolution structure of the rotor ring from a proton dependent ATP synthase
要素ATP SYNTHASE C CHAIN
キーワードHYDROLASE / F1FO ATP SYNTHASE ROTOR / ION PROTON-TRANSLOCATION / ION TRANSPORT / TRANSMEMBRANE / C-RING STRUCTURE / SPIRULINA PLATENSIS / HYDROGEN ION TRANSPORT / MEMBRANE PROTEIN COMPLEX / CF(0) / MEMBRANE / LIPID-BINDING
機能・相同性
機能・相同性情報


thylakoid membrane / proton-transporting ATP synthase complex, coupling factor F(o) / proton-transporting ATP synthase activity, rotational mechanism / membrane => GO:0016020 / lipid binding
類似検索 - 分子機能
F1F0 ATP synthase subunit C / F1FO ATP Synthase / ATP synthase, F0 complex, subunit C, bacterial/chloroplast / ATP synthase, F0 complex, subunit C / F1F0 ATP synthase subunit C superfamily / ATP synthase, F0 complex, subunit C, DCCD-binding site / ATP synthase c subunit signature. / V-ATPase proteolipid subunit C-like domain / F/V-ATP synthase subunit C superfamily / ATP synthase subunit C ...F1F0 ATP synthase subunit C / F1FO ATP Synthase / ATP synthase, F0 complex, subunit C, bacterial/chloroplast / ATP synthase, F0 complex, subunit C / F1F0 ATP synthase subunit C superfamily / ATP synthase, F0 complex, subunit C, DCCD-binding site / ATP synthase c subunit signature. / V-ATPase proteolipid subunit C-like domain / F/V-ATP synthase subunit C superfamily / ATP synthase subunit C / Up-down Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
CYMAL-4 / ATP synthase subunit c
類似検索 - 構成要素
生物種ARTHROSPIRA PLATENSIS (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.13 Å
データ登録者Pogoryelov, D. / Yildiz, O. / Faraldo-Gomez, J.D. / Meier, T.
引用ジャーナル: Nat.Struct.Mol.Biol. / 年: 2009
タイトル: High-Resolution Structure of the Rotor Ring of a Proton-Dependent ATP Synthase.
著者: Pogoryelov, D. / Yildiz, O. / Faraldo-Gomez, J.D. / Meier, T.
履歴
登録2009年5月11日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02009年9月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年5月8日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32023年12月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: ATP SYNTHASE C CHAIN
B: ATP SYNTHASE C CHAIN
C: ATP SYNTHASE C CHAIN
D: ATP SYNTHASE C CHAIN
E: ATP SYNTHASE C CHAIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)60,27945
ポリマ－41,0585
非ポリマー19,22240
水2,270126
1
A: ATP SYNTHASE C CHAIN
B: ATP SYNTHASE C CHAIN
C: ATP SYNTHASE C CHAIN
D: ATP SYNTHASE C CHAIN
E: ATP SYNTHASE C CHAIN
ヘテロ分子

A: ATP SYNTHASE C CHAIN
B: ATP SYNTHASE C CHAIN
C: ATP SYNTHASE C CHAIN
D: ATP SYNTHASE C CHAIN
E: ATP SYNTHASE C CHAIN
ヘテロ分子

A: ATP SYNTHASE C CHAIN
B: ATP SYNTHASE C CHAIN
C: ATP SYNTHASE C CHAIN
D: ATP SYNTHASE C CHAIN
E: ATP SYNTHASE C CHAIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)180,838135
ポリマ－123,17315
非ポリマー57,666120
水27015
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_565-y,x-y+1,z1
crystal symmetry operation3_455-x+y-1,-x,z1
Buried area63580 Å2
ΔGint-595.5 kcal/mol
Surface area36400 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)93.360, 93.360, 257.400
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number182
Space group name H-MP6322
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11D-2001-

HOH

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要素

#1: タンパク質
ATP SYNTHASE C CHAIN / C15_RING


分子量: 8211.530 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ARTHROSPIRA PLATENSIS (バクテリア) / 参照: UniProt: A5HEI4, H+-transporting two-sector ATPase
#2: 化合物...
ChemComp-CVM / CYMAL-4 / 4-CYCLOHEXYLBUTYL 4-O-ALPHA-D-GLUCOPYRANOSYL-BETA-D-GLUCOPYRANOSIDE / 4-シクロヘキシルブチルβ-マルトシド


分子量: 480.546 Da / 分子数: 40 / 由来タイプ: 合成 / 式: C22H40O11
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 126 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.41 Å3/Da / 溶媒含有率: 68 % / 解説: NONE

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X10SA / 波長: 0.9202
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2008年12月1日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9202 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.13→20 Å / Num. obs: 37848 / % possible obs: 99.2 % / Observed criterion σ(I): 1.74 / 冗長度: 4.7 % / Biso Wilson estimate: 26.49 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.15 / Net I/σ(I): 9.6
反射 シェル解像度: 2.13→20 Å / 冗長度: 4.3 % / Rmerge(I) obs: 0.99 / Mean I/σ(I) obs: 1.7 / % possible all: 96.7

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(PHENIX.REFINE)精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1YCE

1yce


解像度: 2.13→45.931 Å / SU ML: 0 / σ(F): 1.99 / 位相誤差: 22.02 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2349 1892 5 %
Rwork0.1965 --
obs0.1984 37792 99.09 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 103.494 Å2 / ksol: 0.35 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.485 Å20 Å2-0 Å2
2--1.485 Å20 Å2
3----13.9754 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.13→45.931 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2885 0 375 126 3386
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0063307
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.9444421
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d20.7241299
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.053557
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005510
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.13-2.18320.351240.29912349X-RAY DIFFRACTION94
2.1832-2.24220.291320.26172517X-RAY DIFFRACTION99
2.2422-2.30820.30871320.23562504X-RAY DIFFRACTION100
2.3082-2.38270.25181330.21652532X-RAY DIFFRACTION100
2.3827-2.46790.26041340.20012543X-RAY DIFFRACTION100
2.4679-2.56670.22111330.17242530X-RAY DIFFRACTION100
2.5667-2.68350.22971350.16622548X-RAY DIFFRACTION100
2.6835-2.82490.21131340.16472553X-RAY DIFFRACTION100
2.8249-3.00190.17521350.16552570X-RAY DIFFRACTION100
3.0019-3.23360.20161360.15972574X-RAY DIFFRACTION100
3.2336-3.55890.16481360.16072580X-RAY DIFFRACTION100
3.5589-4.07360.20471380.15572636X-RAY DIFFRACTION100
4.0736-5.13130.21261390.17972655X-RAY DIFFRACTION99
5.1313-45.94150.31341510.27152809X-RAY DIFFRACTION98
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.5013-0.11170.00390.5320.13060.49960.10410.0217-0.1023-0.02650.01770.06280.2141-0.0838-0.07720.2254-0.041-0.02060.1822-0.02410.2296-63.1059.915432.0774
20.5869-0.0754-0.22150.10280.03610.93670.0481-0.0515-0.1102-0.0291-0.05430.08930.2989-0.15960.01650.2791-0.0441-0.00770.1124-0.020.1866-54.72444.758531.7332
30.5065-0.04310.13120.2426-0.47280.46170.0453-0.0172-0.1046-0.02930.02080.07190.48810.1125-0.03010.33210.00590.0160.1414-0.01670.206-44.99753.384431.7024
40.46370.2237-0.02380.56350.04870.08910.0403-0.039-0.1119-0.0330.0935-0.04560.19560.0385-0.07880.26240.04310.0270.1345-0.01140.1995-35.56046.148531.7579
50.69780.15760.03170.939-0.40020.20080-0.0504-0.0912-0.04520.036-0.08320.25190.0814-0.01370.17730.03950.04160.195-0.0030.2184-28.058512.448931.7342
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1CHAIN A
2X-RAY DIFFRACTION2CHAIN B
3X-RAY DIFFRACTION3CHAIN C
4X-RAY DIFFRACTION4CHAIN D
5X-RAY DIFFRACTION5CHAIN E

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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