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- PDB-2wei: Crystal structure of the kinase domain of Cryptosporidium parvum ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2wei
タイトルCrystal structure of the kinase domain of Cryptosporidium parvum calcium dependent protein kinase in complex with 3-MB-PP1
要素CALMODULIN-DOMAIN PROTEIN KINASE 1, PUTATIVE
キーワードTRANSFERASE / NUCLEOTIDE-BINDING / SERINE/THREONINE-PROTEIN KINASE / KINASE / ATP-BINDING
機能・相同性
機能・相同性情報


calcium-dependent protein serine/threonine kinase activity / calcium/calmodulin-dependent protein kinase activity / calmodulin binding / intracellular signal transduction / phosphorylation / calcium ion binding / ATP binding / membrane / nucleus / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
EF-hand domain pair / EF-hand, calcium binding motif / EF-Hand 1, calcium-binding site / EF-hand calcium-binding domain. / EF-hand calcium-binding domain profile. / EF-hand domain / EF-hand domain pair / Transferase(Phosphotransferase) domain 1 / Transferase(Phosphotransferase); domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 ...EF-hand domain pair / EF-hand, calcium binding motif / EF-Hand 1, calcium-binding site / EF-hand calcium-binding domain. / EF-hand calcium-binding domain profile. / EF-hand domain / EF-hand domain pair / Transferase(Phosphotransferase) domain 1 / Transferase(Phosphotransferase); domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / Protein kinase domain / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-VGG / Calmodulin-domain protein kinase 1, putative
類似検索 - 構成要素
生物種CRYPTOSPORIDIUM PARVUM IOWA II (小形クリプトスポリジウム)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.65 Å
データ登録者Roos, A.K. / King, O. / Chaikuad, A. / Zhang, C. / Shokat, K.M. / Wernimont, A.K. / Artz, J.D. / Lin, L. / MacKenzie, F.I. / Finerty, P.J. ...Roos, A.K. / King, O. / Chaikuad, A. / Zhang, C. / Shokat, K.M. / Wernimont, A.K. / Artz, J.D. / Lin, L. / MacKenzie, F.I. / Finerty, P.J. / Vedadi, M. / Schapira, M. / Indarte, M. / Kozieradzki, I. / Pike, A.C.W. / Fedorov, O. / Doyle, D. / Muniz, J. / Arrowsmith, C.H. / Weigelt, J. / Edwards, A. / Bountra, C. / von Delft, F. / Heightman, T. / Hui, R.
引用ジャーナル: Bmc Genomics / 年: 2011
タイトル: The Cryptosporidium Parvum Kinome.
著者: Artz, J.D. / Wernimont, A.K. / Allali-Hassani, A. / Zhao, Y. / Amani, M. / Lin, Y.H. / Senisterra, G. / Wasney, G.A. / Fedorov, O. / King, O. / Roos, A.K. / Lunin, V.V. / Qiu, W. / Finerty, P. ...著者: Artz, J.D. / Wernimont, A.K. / Allali-Hassani, A. / Zhao, Y. / Amani, M. / Lin, Y.H. / Senisterra, G. / Wasney, G.A. / Fedorov, O. / King, O. / Roos, A.K. / Lunin, V.V. / Qiu, W. / Finerty, P.J. / Hutchinson, A. / Chau, I. / von Delft, F. / MacKenzie, F.I. / Lew, J. / Kozieradzki, I. / Vedadi, M. / Schapira, M. / Zhang, C. / Shokat, K.M. / Heightman, T. / Hui, R.
履歴
登録2009年3月31日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02009年4月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.22011年10月12日Group: Database references / Derived calculations / Refinement description
改定 1.32012年12月5日Group: Database references / Structure summary
改定 1.42018年1月24日Group: Database references / Structure summary / カテゴリ: audit_author / citation_author / Item: _audit_author.name / _citation_author.name
改定 1.52023年12月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: CALMODULIN-DOMAIN PROTEIN KINASE 1, PUTATIVE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)33,7412
ポリマ－33,4451
非ポリマー2951
水3,585199
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)68.900, 68.900, 130.460
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number96
Space group name H-MP43212

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要素

#1: タンパク質 CALMODULIN-DOMAIN PROTEIN KINASE 1, PUTATIVE / KINASE DOMAIN OF CALCIUM DEPENDENT PROTEIN KINASE 4


分子量: 33445.398 Da / 分子数: 1 / 断片: RESIDUES 70-338 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) CRYPTOSPORIDIUM PARVUM IOWA II (小形クリプトスポリジウム)
遺伝子: CGD3_920 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / Variant (発現宿主): R3PACYC-LIC LAMP-PHOSPHATASE / 参照: UniProt: A3FQ16, xylulokinase
#2: 化合物 ChemComp-VGG / 1-tert-butyl-3-(3-methylbenzyl)-1H-pyrazolo[3,4-d]pyrimidin-4-amine / 3-MB-PP1


分子量: 295.382 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C17H21N5
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 199 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.33 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.18 % / 解説: NONE
結晶化pH: 5.5 / 詳細: 25% PEG 3350, 0.1M BIS-TRIS PH 5.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X10SA / 波長: 0.99989
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2009年3月1日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.99989 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.65→32.62 Å / Num. obs: 38607 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(I): 2.3 / 冗長度: 8.3 % / Biso Wilson estimate: 22.1 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.11 / Net I/σ(I): 10.2
反射 シェル解像度: 1.65→1.74 Å / 冗長度: 7 % / Rmerge(I) obs: 0.7 / Mean I/σ(I) obs: 2.3 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.5.0089精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 3DFA

3dfa


解像度: 1.65→33.5 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.955 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.945 / SU B: 4.197 / SU ML: 0.066 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.1 / ESU R Free: 0.1 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. U VALUES RESIDUAL ONLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.22876 1837 4.8 %RANDOM
Rwork0.19557 ---
obs0.19716 36676 99.8 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 9.927 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.01 Å20 Å20 Å2
2--0.01 Å20 Å2
3----0.02 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.65→33.5 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2246 0 22 199 2467
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0140.0222335
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.021627
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.411.9753146
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.6243.0013951
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.6085276
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.29323.611108
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.97215437
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg12.6881516
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0850.2342
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.022537
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02484
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.94831380
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.6063563
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it3.08252236
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it4.8188955
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it7.02511910
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.65→1.693 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.41 134 -
Rwork0.366 2629 -
obs--99.82 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
14.45551.0877-1.15640.5126-0.90512.0284-0.10220.43470.04760.02720.0904-0.0429-0.2348-0.06110.01180.26020.01330.0030.1944-0.00810.133630.2217-20.1247-21.7875
23.5661-0.1016-0.54191.1618-0.07252.2956-0.03040.16-0.1807-0.0866-0.0608-0.13790.0009-0.01120.09120.07720.0172-0.00080.0701-0.01280.052528.1037-28.4014-11.1294
35.9102-0.9736-6.25494.58410.558710.82260.12150.28810.0744-0.3719-0.04380.27-0.2985-0.2197-0.07770.14490.0543-0.06620.14220.00390.14447.3141-13.85430.5576
42.8174-0.5452-0.97282.2796-0.34132.56540.04260.1956-0.036-0.1532-0.0890.0616-0.0571-0.15520.04640.04590.0092-0.01190.0702-0.0330.039514.8253-26.8312-1.2306
53.827-0.131-0.10993.03460.15261.8687-0.013-0.06940.02830.059-0.00620.087-0.0579-0.08480.01920.00790.01520.00190.0420.00030.003114.7722-22.890813.2247
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A-8 - 100
2X-RAY DIFFRACTION2A101 - 158
3X-RAY DIFFRACTION3A159 - 169
4X-RAY DIFFRACTION4A170 - 228
5X-RAY DIFFRACTION5A229 - 337

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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