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- PDB-2wdz: Crystal structure of the short chain dehydrogenase Galactitol- De... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2wdz
タイトルCrystal structure of the short chain dehydrogenase Galactitol- Dehydrogenase (GatDH) of Rhodobacter sphaeroides in complex with NAD+ and 1,2-Pentandiol
要素SHORT-CHAIN DEHYDROGENASE/REDUCTASE
キーワードOXIDOREDUCTASE / ROSSMANN FOLD
機能・相同性
機能・相同性情報


galactitol 2-dehydrogenase (L-tagatose-forming) / oxidoreductase activity, acting on the CH-OH group of donors, NAD or NADP as acceptor / nucleotide binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Enoyl-(Acyl carrier protein) reductase / Short-chain dehydrogenase/reductase SDR / NAD(P)-binding Rossmann-like Domain / NAD(P)-binding domain superfamily / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
(2S)-pentane-1,2-diol / NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE / Galactitol 2-dehydrogenase (L-tagatose-forming) / Short-chain dehydrogenase/reductase
類似検索 - 構成要素
生物種RHODOBACTER SPHAEROIDES (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.95 Å
データ登録者Carius, Y. / Christian, H. / Faust, A. / Kornberger, P. / Kohring, G.W. / Giffhorn, F. / Scheidig, A.J.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2010
タイトル: Structural Insight Into Substrate Differentiation of the Sugar-Metabolizing Enzyme Galactitol Dehydrogenase from Rhodobacter Sphaeroides D.
著者: Carius, Y. / Christian, H. / Faust, A. / Zander, U. / Klink, B.U. / Kornberger, P. / Kohring, G.W. / Giffhorn, F. / Scheidig, A.J.
履歴
登録2009年3月27日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02010年3月31日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年5月8日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32024年5月1日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr1_symmetry / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: SHORT-CHAIN DEHYDROGENASE/REDUCTASE
B: SHORT-CHAIN DEHYDROGENASE/REDUCTASE
C: SHORT-CHAIN DEHYDROGENASE/REDUCTASE
D: SHORT-CHAIN DEHYDROGENASE/REDUCTASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)108,90417
ポリマ－105,6334
非ポリマー3,27213
水8,917495
1
A: SHORT-CHAIN DEHYDROGENASE/REDUCTASE
B: SHORT-CHAIN DEHYDROGENASE/REDUCTASE
ヘテロ分子

A: SHORT-CHAIN DEHYDROGENASE/REDUCTASE
B: SHORT-CHAIN DEHYDROGENASE/REDUCTASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)109,00818
ポリマ－105,6334
非ポリマー3,37614
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation4_555x,-y,-z1
Buried area20450 Å2
ΔGint-140.8 kcal/mol
Surface area28530 Å2
手法PISA
2
C: SHORT-CHAIN DEHYDROGENASE/REDUCTASE
D: SHORT-CHAIN DEHYDROGENASE/REDUCTASE
ヘテロ分子

C: SHORT-CHAIN DEHYDROGENASE/REDUCTASE
D: SHORT-CHAIN DEHYDROGENASE/REDUCTASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)108,80016
ポリマ－105,6334
非ポリマー3,16812
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation3_555-x,y,-z+1/21
Buried area22190 Å2
ΔGint-141.4 kcal/mol
Surface area28420 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)60.720, 113.620, 256.925
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number20
Space group name H-MC2221
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-255-

MG

21B-255-

MG

31A-2145-

HOH

41A-2146-

HOH

51B-2114-

HOH

61B-2116-

HOH

非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(-1, 0.0043, 0.003), (0.0049, 0.9746, 0.2237), (0.003, 0.2237, -0.9746)12.7067, -0.0631, 0.0209
2given(-0.9144, 0.0008, -0.4048), (-0.0019, -1, 0.0024), (-0.4048, 0.0029, 0.9144)25.934, 99.4586, 5.3809

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要素

#1: タンパク質
SHORT-CHAIN DEHYDROGENASE/REDUCTASE / GALACTITOL 2-DEHYDROGENASE


分子量: 26408.148 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) RHODOBACTER SPHAEROIDES (バクテリア)
株: D / プラスミド: PET24 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
参照: UniProt: Q3J3W2, UniProt: C0KTJ6*PLUS, galactitol 2-dehydrogenase
#2: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION


分子量: 24.305 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 化合物
ChemComp-NAD / NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE


分子量: 663.425 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H27N7O14P2 / コメント: NAD*YM
#4: 化合物
ChemComp-1SP / (2S)-pentane-1,2-diol


分子量: 104.148 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C5H12O2
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 495 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
配列の詳細THE SEQUENCE OF THE PROTEIN FROM THE RHODOBACTER SPAEROIDES STRAIN D DIFFERS FROM THAT OF STRAIN 2. ...THE SEQUENCE OF THE PROTEIN FROM THE RHODOBACTER SPAEROIDES STRAIN D DIFFERS FROM THAT OF STRAIN 2.4.1 IN THE UNIPROT DATA BASE IN FIVE POSITIONS IN THE SEQUENCE: G54A, E53Q, S61A, A79E, G208E.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.1 Å3/Da / 溶媒含有率: 41 % / 解説: NONE
結晶化pH: 5.5
詳細: 100MM MES PH 5.5, 200MM MAGNESIUM CHLORIDE, 12.5%(W/V)MPEG5000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: BESSY / ビームライン: 14.2 / 波長: 0.92
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 詳細: MIRRORS
放射モノクロメーター: SILICON 111 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.92 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.95→20 Å / Num. obs: 64019 / % possible obs: 98.5 % / Observed criterion σ(I): 1.8 / 冗長度: 8.9 % / Biso Wilson estimate: 23.51 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.127 / Net I/σ(I): 15.1
反射 シェル解像度: 1.95→2.06 Å / 冗長度: 4.8 % / Rmerge(I) obs: 0.691 / Mean I/σ(I) obs: 1.8 / % possible all: 94.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0019精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: SWISS PROT MODEL

解像度: 1.95→19.86 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.948 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.919 / SU B: 4.232 / SU ML: 0.12 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.2 / ESU R Free: 0.175 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.24 3240 5.1 %RANDOM
Rwork0.187 ---
obs0.189 60703 98.38 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 27.368 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.01 Å2--
2--0.01 Å2-
3----0.02 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.95→19.86 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7386 0 215 495 8096
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0170.0227755
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.025042
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.691.97910569
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.1993.00312013
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.14151018
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg38.15622.068295
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.447151127
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg19.7921579
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1040.21231
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0080.0215847
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.021645
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2050.21631
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.210.25531
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.170.23716
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.0920.24081
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1680.2373
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2040.266
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.2820.2151
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.7790.235
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.951→2.001 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.332 235 -
Rwork0.268 4154 -
obs--93.78 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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