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万見
- PDB-2w0j: Crystal structure of Chk2 in complex with NSC 109555, a specific ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2w0j
タイトルCrystal structure of Chk2 in complex with NSC 109555, a specific inhibitor
要素SERINE/THREONINE-PROTEIN KINASE CHK2
キーワードTRANSFERASE / CHK2 INHIBITOR / ONCOLOGY / KINASE / STRUCTURE-ASSISTED DRUG DESIGN / NUCLEOTIDE-BINDING / LI-FRAUMENI SYNDROME / SERINE/THREONINE-PROTEIN KINASE
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of anoikis / mitotic DNA damage checkpoint signaling / cellular response to bisphenol A / regulation of autophagosome assembly / mitotic intra-S DNA damage checkpoint signaling / response to glycoside / thymocyte apoptotic process / cellular response to stress / regulation of protein catabolic process / negative regulation of DNA damage checkpoint ...positive regulation of anoikis / mitotic DNA damage checkpoint signaling / cellular response to bisphenol A / regulation of autophagosome assembly / mitotic intra-S DNA damage checkpoint signaling / response to glycoside / thymocyte apoptotic process / cellular response to stress / regulation of protein catabolic process / negative regulation of DNA damage checkpoint / replicative senescence / signal transduction in response to DNA damage / mitotic spindle assembly / intrinsic apoptotic signaling pathway in response to DNA damage by p53 class mediator / Chk1/Chk2(Cds1) mediated inactivation of Cyclin B:Cdk1 complex / DNA damage checkpoint signaling / regulation of signal transduction by p53 class mediator / DNA damage response, signal transduction by p53 class mediator / Ubiquitin-Mediated Degradation of Phosphorylated Cdc25A / protein catabolic process / Stabilization of p53 / cellular response to gamma radiation / G2/M DNA damage checkpoint / PML body / Regulation of TP53 Activity through Methylation / G2/M transition of mitotic cell cycle / cellular response to xenobiotic stimulus / intrinsic apoptotic signaling pathway in response to DNA damage / Regulation of TP53 Degradation / double-strand break repair / Recruitment and ATM-mediated phosphorylation of repair and signaling proteins at DNA double strand breaks / protein autophosphorylation / Regulation of TP53 Activity through Phosphorylation / protein phosphorylation / non-specific serine/threonine protein kinase / protein stabilization / cell division / protein serine kinase activity / protein serine/threonine kinase activity / DNA damage response / ubiquitin protein ligase binding / regulation of DNA-templated transcription / protein kinase binding / positive regulation of DNA-templated transcription / Golgi apparatus / protein homodimerization activity / nucleoplasm / ATP binding / metal ion binding / identical protein binding / nucleus / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Forkhead associated domain / Forkhead-associated (FHA) domain profile. / FHA domain / Forkhead-associated (FHA) domain / SMAD/FHA domain superfamily / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Transferase(Phosphotransferase) domain 1 / Transferase(Phosphotransferase); domain 1 / Serine/threonine-protein kinase, active site ...Forkhead associated domain / Forkhead-associated (FHA) domain profile. / FHA domain / Forkhead-associated (FHA) domain / SMAD/FHA domain superfamily / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Transferase(Phosphotransferase) domain 1 / Transferase(Phosphotransferase); domain 1 / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / Protein kinase domain / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
NITRATE ION / 4,4'-DIACETYLDIPHENYLUREA-BIS(GUANYLHYDRAZONE) / Serine/threonine-protein kinase Chk2
類似検索 - 構成要素
生物種HOMO SAPIENS (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.05 Å
データ登録者Lountos, G.T. / Tropea, J.E. / Zhang, D. / Jobson, A.G. / Pommier, Y. / Shoemaker, R.H. / Waugh, D.S.
引用
ジャーナル: Protein Sci. / 年: 2009
タイトル: Crystal Structure of Checkpoint Kinase 2 in Complex with Nsc 109555, a Potent and Selective Inhibitor
著者: Lountos, G.T. / Tropea, J.E. / Zhang, D. / Jobson, A.G. / Pommier, Y. / Shoemaker, R.H. / Waugh, D.S.
#1: ジャーナル: Mol.Pharmacol. / 年: 2007
タイトル: Identification of a Bis-Guanylhydrazone, 4,4'-Diacetyldiphenylurea-Bis(Guanylhydrazone) Nsc 109555, as a Novel Chemotype for Inhibition of Chk2 Kinase
著者: Jobson, A.G. / Cardellina, J.H. / Scudiero, D. / Kondapaka, S. / Zhang, H. / Kim, H. / Shoemaker, R. / Pommier, Y.
履歴
登録2008年8月18日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02009年2月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年5月8日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32023年12月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: SERINE/THREONINE-PROTEIN KINASE CHK2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)37,0333
ポリマ－36,5621
非ポリマー4702
水2,396133
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)90.847, 90.847, 93.526
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number154
Space group name H-MP3221

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要素

#1: タンパク質 SERINE/THREONINE-PROTEIN KINASE CHK2 / CHECKPOINT KINASE 2 / CDS1


分子量: 36562.238 Da / 分子数: 1 / 断片: CATALYTIC DOMAIN, RESIDUES 210-531 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) / プラスミド: PDZ1927 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21-CODONPLUS (DE3)RIL
参照: UniProt: O96017, non-specific serine/threonine protein kinase
#2: 化合物 ChemComp-ZAT / 4,4'-DIACETYLDIPHENYLUREA-BIS(GUANYLHYDRAZONE) / 1,3-ビス[p-[1-(2-アミジノヒドラゾノ)エチル]フェニル]尿素


分子量: 408.460 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C19H24N10O
#3: 化合物 ChemComp-NO3 / NITRATE ION


分子量: 62.005 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: NO3
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 133 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.1 Å3/Da / 溶媒含有率: 59.7 % / 解説: NONE
結晶化pH: 7.8
詳細: 0.1 M HEPES PH 7.8, 0.2 M MAGNESIUM NITRATE, 14% W/V PEG3350, 16% V/V ETHYLENE GLYCOL. PROTEIN WAS INCUBATED WITH 1MM INHIBITOR PRIOR TO CRYSTALLIZATION

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 1
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2007年6月10日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.05→50 Å / Num. obs: 28962 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 7.4 % / Rmerge(I) obs: 0.06 / Net I/σ(I): 25.9
反射 シェル解像度: 2.05→2.12 Å / 冗長度: 7.3 % / Rmerge(I) obs: 0.54 / Mean I/σ(I) obs: 4.1 / % possible all: 99.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.4.0057精密化
HKL-3000データ削減
SCALEPACKデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2CN5

2cn5


解像度: 2.05→50 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.951 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.943 / SU B: 4.323 / SU ML: 0.118 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.168 / ESU R Free: 0.154 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.246 1432 5 %RANDOM
Rwork0.215 ---
obs0.217 26962 99.9 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 34.99 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.32 Å20.16 Å20 Å2
2--0.32 Å20 Å2
3----0.49 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.05→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2252 0 34 133 2419
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0160.0222326
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0030.021609
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.561.9993133
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.9373.0023931
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.5775275
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg37.75924.79698
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg16.42715441
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg19.221510
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0930.2356
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.0212487
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02442
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.041.51396
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.89822259
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.4683930
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it4.074.5874
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.05→2.1 Å / Total num. of bins used: 20 /
Rfactor反射数
Rfree0.295 104
Rwork0.241 1998

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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