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- PDB-2v6n: Crystal structures of the SARS-coronavirus main proteinase inacti... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2v6n
タイトルCrystal structures of the SARS-coronavirus main proteinase inactivated by benzotriazole compounds
要素REPLICASE POLYPROTEIN 1AB
キーワードVIRAL PROTEIN / THIOL PROTEASE / RNA REPLICATION / MAIN PROTEINASE / RIBOSOMAL FRAMESHIFT / SARS / PROTEASE / HYDROLASE / POLYPROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


cysteine-type deubiquitinase activity => GO:0004843 / : / : / cytoplasmic viral factory / symbiont-mediated suppression of host TRAF-mediated signal transduction => GO:0039527 / positive regulation of ubiquitin-specific protease activity / symbiont-mediated suppression of host translation / : / suppression by virus of host type I interferon production / positive stranded viral RNA replication ...cysteine-type deubiquitinase activity => GO:0004843 / : / : / cytoplasmic viral factory / symbiont-mediated suppression of host TRAF-mediated signal transduction => GO:0039527 / positive regulation of ubiquitin-specific protease activity / symbiont-mediated suppression of host translation / : / suppression by virus of host type I interferon production / positive stranded viral RNA replication / Assembly of the SARS-CoV-1 Replication-Transcription Complex (RTC) / Maturation of replicase proteins / Transcription of SARS-CoV-1 sgRNAs / protein K48-linked deubiquitination / Translation of Replicase and Assembly of the Replication Transcription Complex / protein K63-linked deubiquitination / K48-linked deubiquitinase activity / Replication of the SARS-CoV-1 genome / K63-linked deubiquitinase activity / host cell endoplasmic reticulum / RNA-templated transcription / SARS-CoV-1 modulates host translation machinery / viral transcription / protein autoprocessing / host cell membrane / 7-methylguanosine mRNA capping / DNA helicase activity / 転移酵素; 一炭素原子の基を移すもの; メチル基を移すもの / methyltransferase activity / helicase activity / membrane => GO:0016020 / SARS-CoV-1 activates/modulates innate immune responses / double-stranded RNA binding / 5'-3' RNA helicase activity / 付加脱離酵素（リアーゼ）; P-Oリアーゼ類; - / ISG15-specific peptidase activity / double membrane vesicle viral factory outer membrane / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 5'-リン酸モノエステル産生エキソリボヌクレアーゼ / SARS coronavirus main proteinase / host cell endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment / 3'-5'-RNA exonuclease activity / symbiont-mediated suppression of host NF-kappaB cascade / 5'-3' DNA helicase activity / host cell endosome / symbiont-mediated suppression of host toll-like receptor signaling pathway / symbiont-mediated degradation of host mRNA / mRNA guanylyltransferase / symbiont-mediated suppression of host ISG15-protein conjugation / G-quadruplex RNA binding / mRNA (guanine-N7)-methyltransferase / omega peptidase activity / methyltransferase cap1 / symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of IRF3 activity / host cell Golgi apparatus / symbiont-mediated perturbation of host ubiquitin-like protein modification / endonuclease activity / DNA helicase / mRNA (nucleoside-2'-O-)-methyltransferase activity / mRNA 5'-cap (guanine-N7-)-methyltransferase activity / methylation / ubiquitinyl hydrolase 1 / host cell cytoplasm / cysteine-type deubiquitinase activity / 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; システインプロテアーゼ / RNA helicase activity / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素 / host cell perinuclear region of cytoplasm / single-stranded RNA binding / protein dimerization activity / viral protein processing / lyase activity / RNA helicase / symbiont-mediated suppression of host type I interferon-mediated signaling pathway / induction by virus of host autophagy / viral translational frameshifting / RNA-directed RNA polymerase / viral RNA genome replication / cysteine-type endopeptidase activity / RNA-dependent RNA polymerase activity / virus-mediated perturbation of host defense response / DNA-templated transcription / ATP hydrolysis activity / proteolysis / zinc ion binding / ATP binding / identical protein binding / membrane
類似検索 - 分子機能
Non-structural protein 3, SUD-N macrodomain, SARS-CoV / main proteinase (3clpro) structure, domain 3 / main proteinase (3clpro) structure, domain 3 / Viral (Superfamily 1) RNA helicase / RNA-dependent RNA polymerase, SARS-CoV-like / Nonstructural protein 14, betacoronavirus / NSP15, NendoU domain, coronavirus / Nonstructural protein 15, middle domain, alpha/betacoronavirus / Nonstructural protein 15, N-terminal domain, alpha/beta-coronavirus / : ...Non-structural protein 3, SUD-N macrodomain, SARS-CoV / main proteinase (3clpro) structure, domain 3 / main proteinase (3clpro) structure, domain 3 / Viral (Superfamily 1) RNA helicase / RNA-dependent RNA polymerase, SARS-CoV-like / Nonstructural protein 14, betacoronavirus / NSP15, NendoU domain, coronavirus / Nonstructural protein 15, middle domain, alpha/betacoronavirus / Nonstructural protein 15, N-terminal domain, alpha/beta-coronavirus / : / : / : / Coronavirus Nonstructural protein 13, 1B domain / Coronavirus Non-structural protein 13, zinc-binding domain / Coronavirus Nonstructural protein 13, stalk domain / Coronavirus Nsp12 Interface domain profile. / NSP14, guanine-N7-methyltransferase domain, coronavirus / Coronavirus (CoV) guanine-N7-methyltransferase (N7-MTase) domain profile. / Coronavirus (CoV) Nsp15 N-terminal oligomerization domain profile. / NSP12 RNA-dependent RNA polymerase, coronavirus / Coronavirus Nsp12 RNA-dependent RNA polymerase (RdRp) domain profile. / Nidovirus 2-O-methyltransferase / Nidovirus 2'-O-methyltransferase (2'-O-MTase) domain profile. / Nidovirus 3'-5' exoribonuclease domain / Nidovirus 3'-5' exoribonuclease (ExoN) domain profile. / Non-structural protein NSP15, N-terminal domain superfamily, coronavirus / Non-structural protein NSP15, middle domain superfamily / Coronavirus replicase NSP15, N-terminal oligomerization / Nonstructural protein 15, middle domain, coronavirus / Nonstructural protein 13, 1B domain, coronavirus / Coronavirus replicase NSP15, middle domain / Coronavirus replicase NSP15, N-terminal oligomerisation / Non-structural protein NSP16, coronavirus-like / Non-structural protein 14, coronavirus / RNA polymerase, N-terminal, coronavirus / Coronavirus 2'-O-methyltransferase / Coronavirus proofreading exoribonuclease / Coronavirus RNA-dependent RNA polymerase, N-terminal / Nonstructural protein 13, zinc-binding domain, coronavirus-like / Arterivirus Nsp11 N-terminal/Coronavirus NSP15 middle domain / Coronaviridae zinc-binding (CV ZBD) domain profile. / Arterivirus Nsp11 N-terminal/coronavirus NSP15 middle (AV-Nsp11N/CoV-Nsp15M) domain profile. / Nidoviral uridylate-specific endoribonuclease (NendoU) domain profile. / Nidovirus RdRp-associated nucleotidyl transferase (NiRAN) domain / Nidovirus RdRp-associated nucleotidyl transferase (NiRAN) domain profile. / Endoribonuclease EndoU-like / NendoU domain, nidovirus / Coronavirus replicase NSP15, uridylate-specific endoribonuclease / : / DNA2/NAM7 helicase-like, C-terminal / AAA domain / Non-structural protein NSP3, SUD-N (Mac2) domain, betacoronavirus / Sarbecovirus Nsp3c-N domain profile. / Non-structural protein NSP3, N-terminal, betacoronavirus / Polyprotein cleavage domain PL2pro superfamily, betacoronavirus / Non-structural protein NSP3, SUD-N (Mac2) domain superfamily, betacoronavirus / Betacoronavirus SUD-C domain / Betacoronavirus replicase NSP3, N-terminal / NSP1 globular domain superfamily, betacoronavirus / Non-structural protein 2, SARS-CoV-like / (+) RNA virus helicase core domain / (+)RNA virus helicase core domain profile. / Trypsin-like serine proteases / Betacoronavirus Nsp3c-M domain profile. / NSP1, globular domain, betacoronavirus / Non-structural protein NSP3, SUD-M domain, betacoronavirus / Non-structural protein NSP3, SUD-M domain superfamily, betacoronavirus / Betacoronavirus replicase NSP1 / Betacoronavirus single-stranded poly(A) binding domain / NSP1, C-terminal domain, betacoronavirus / : / Betacoronavirus (BetaCoV) Nsp1 C-terminal domain profile. / Betacoronavirus Nsp3e group 2-specific marker (G2M) domain profile. / Betacoronavirus Nsp3c-C domain profile. / Betacoronavirus Nsp3e nucleic acid-binding (NAB) domain profile. / DPUP/SUD, C-terminal, betacoronavirus / Non-structural protein NSP3, nucleic acid-binding domain superfamily, betacoronavirus / Non-structural protein NSP3, nucleic acid-binding domain, betacoronavirus / Non-structural protein NSP3A domain-like superfamily / Non-structural protein 6, betacoronavirus / Betacoronavirus nucleic acid-binding (NAB) / Papain-like protease, N-terminal domain superfamily, coronavirus / Papain-like viral protease, palm and finger domains, coronavirus / : / Coronavirus (CoV) Nsp2 middle domain profile. / NSP1, globular domain, alpha/betacoronavirus / Coronavirus replicase NSP2, N-terminal / Coronavirus (CoV) Nsp2 N-terminal domain profile. / Coronavirus (CoV) Nsp2 C-terminal domain profile. / Coronavirus (CoV) Nsp1 globular domain profile. / Coronavirus replicase NSP2, C-terminal / : / Coronavirus 3Ecto domain profile. / Nonstructural protein 2, N-terminal domain, coronavirus / Non-structural protein 2, C-terminal domain, coronavirus / : / Coronavirus (CoV) Nsp3 Y domain profile. / Coronavirus Nsp3a Ubl domain profile. / Coronavirus Nsp3d Ubl domain profile. / Coronavirus RNA-dependent RNA polymerase (RdRp) Nsp7 cofactor domain profile.
類似検索 - ドメイン・相同性
4-(DIMETHYLAMINO)BENZOIC ACID / Replicase polyprotein 1ab / Replicase polyprotein 1ab
類似検索 - 構成要素
生物種HUMAN SARS CORONAVIRUS (ウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.98 Å
データ登録者Verschueren, K.H.G. / Pumpor, K. / Anemueller, S. / Mesters, J.R. / Hilgenfeld, R.
引用ジャーナル: Chem.Biol. / 年: 2008
タイトル: A Structural View of the Inactivation of the Sars Coronavirus Main Proteinase by Benzotriazole Esters.
著者: Verschueren, K.H.G. / Pumpor, K. / Anemueller, S. / Chen, S. / Mesters, J.R. / Hilgenfeld, R.
履歴
登録2007年7月19日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02008年7月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.22019年7月24日Group: Data collection / Derived calculations / カテゴリ: diffrn_source / struct_conn
Item: _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag
改定 1.32023年12月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf
改定 1.42024年10月16日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification
Remark 700 SHEET THE SHEET STRUCTURE OF THIS MOLECULE IS BIFURCATED. IN ORDER TO REPRESENT THIS FEATURE IN ... SHEET THE SHEET STRUCTURE OF THIS MOLECULE IS BIFURCATED. IN ORDER TO REPRESENT THIS FEATURE IN THE SHEET RECORDS BELOW, TWO SHEETS ARE DEFINED.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: REPLICASE POLYPROTEIN 1AB
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,3334
ポリマ－33,8771
非ポリマー4563
水6,503361
1
A: REPLICASE POLYPROTEIN 1AB
ヘテロ分子

A: REPLICASE POLYPROTEIN 1AB
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)68,6668
ポリマ－67,7532
非ポリマー9136
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_554-x,y,-z-11
Buried area2710 Å2
ΔGint-11.3 kcal/mol
Surface area32690 Å2
手法PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)108.265, 81.974, 53.418
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 104.30, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-1006-

HOH

21A-1131-

HOH

31A-1158-

HOH

41A-1329-

HOH

-
要素

#1: タンパク質 REPLICASE POLYPROTEIN 1AB / PP1AB / ORF1AB POLYPROTEIN


分子量: 33876.637 Da / 分子数: 1 / 断片: SARS-COV MAIN PROTEINASE, RESIDUES 3241-3546 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) HUMAN SARS CORONAVIRUS (ウイルス)
発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
参照: UniProt: Q6WGN0, UniProt: P0C6X7*PLUS, 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; その他のペプチターゼ
#2: 化合物 ChemComp-XP1 / 4-(DIMETHYLAMINO)BENZOIC ACID / 4-(ジメチルアミノ)安息香酸


分子量: 165.189 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C9H11NO2
#3: 化合物 ChemComp-MES / 2-(N-MORPHOLINO)-ETHANESULFONIC ACID / 2-モルホリノエタンスルホン酸


分子量: 195.237 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H13NO4S / コメント: pH緩衝剤*YM
#4: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 361 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY
非ポリマーの詳細UPON BINDING TO THE MAIN PROTEINASE, THE NUCLEOPHILE CYS145 ATTACKS THE INHIBITOR 1-(4- ...UPON BINDING TO THE MAIN PROTEINASE, THE NUCLEOPHILE CYS145 ATTACKS THE INHIBITOR 1-(4-DIMETHYLAMINOBENZOYLOXY)-BENZOTRIAZOLE (XP-59), RESULTING IN THE 4-(DIMETHYLAMINO)BENZOYL MOIETY (XP1) COVALENTLY BOUND TO THE ENZYME.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.4 Å3/Da / 溶媒含有率: 64 % / 解説: NONE
結晶化pH: 6 / 詳細: 6-8% PEG6000, 0.1 M MES PH 6.0, 3% MPD

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: EMBL/DESY, HAMBURG / ビームライン: X13 / 波長: 0.808
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2006年8月26日 / 詳細: BENT MIRROR
放射モノクロメーター: TRIANGULAR / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.808 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.95→65 Å / Num. obs: 30270 / % possible obs: 97.4 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 3.4 % / Biso Wilson estimate: 27.95 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.12 / Net I/σ(I): 12.8
反射 シェル解像度: 1.95→2.02 Å / 冗長度: 3.4 % / Rmerge(I) obs: 0.44 / Mean I/σ(I) obs: 2.4 / % possible all: 96.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0019精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1UJ1 CHAIN A

1uj1


解像度: 1.98→64.55 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.965 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.944 / SU B: 6.248 / SU ML: 0.095 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.237 / ESU R Free: 0.134 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.211 1528 5 %RANDOM
Rwork0.164 ---
obs0.166 28753 95.6 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 33.05 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.51 Å20 Å21.45 Å2
2--1.18 Å20 Å2
3---0.05 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.98→64.55 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2371 0 28 361 2760
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0160.0222489
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.6441.963389
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.7485317
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg38.36224.464112
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.38515404
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg23.2571512
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1680.2380
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.021902
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.1940.21079
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3080.21690
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1610.2281
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1750.254
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1340.229
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.4031.51582
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.12422489
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.40631046
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it4.7054.5894
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.98→2.03 Å / Total num. of bins used: 20 /
Rfactor反射数
Rfree0.267 84
Rwork0.197 1571
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
14.94110.8577-0.77811.50590.49340.41360.2236-0.20630.13420.0421-0.08020.1202-0.10810.2862-0.1434-0.0073-0.013-0.00570.0083-0.0297-0.036213.2287-36.3857-22.8553
21.36480.2294-0.49090.4532-0.03560.2596-0.00730.0157-0.0838-0.0004-0.00380.01140.0588-0.03350.011-0.0272-0.0251-0.0117-0.0183-0.0083-0.0212-14.0576-56.5051-18.609
30.37960.1494-0.19210.52450.23610.42080.0282-0.0254-0.02950.0235-0.0361-0.01780.0089-0.02340.0079-0.0292-0.0132-0.0194-0.00570.0038-0.025-4.3312-43.3456-16.3976
47.26943.20232.04553.01740.83470.5783-0.1691-0.15770.3526-0.07510.01240.3084-0.1241-0.01220.1566-0.02190.0054-0.01170.00450.0044-0.0423-10.9556-29.5488-13.6446
50.71510.0398-0.0670.6702-0.04350.24860.037-0.07340.01580.0686-0.0233-0.0298-0.04240.0384-0.0137-0.0291-0.0284-0.011-0.0004-0.014-0.029113.7984-23.1929-7.3496
61.07440.26-0.1150.9330.2120.08910.06190.00140.0153-0.0494-0.0442-0.01520.00350.0558-0.0177-0.0269-0.0157-0.00580.00410.0015-0.050314.6469-27.044-16.9729
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A1 - 7
2X-RAY DIFFRACTION2A8 - 98
3X-RAY DIFFRACTION3A99 - 188
4X-RAY DIFFRACTION4A189 - 200
5X-RAY DIFFRACTION5A201 - 269
6X-RAY DIFFRACTION6A270 - 306

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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