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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2tpl | ||||||
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タイトル | TYROSINE PHENOL-LYASE FROM CITROBACTER INTERMEDIUS COMPLEX WITH 3-(4'-HYDROXYPHENYL)PROPIONIC ACID, PYRIDOXAL-5'-PHOSPHATE AND CS+ ION | ||||||
![]() | TYROSINE PHENOL-LYASE | ||||||
![]() | LYASE / PLP-DEPENDENT ENZYME / PYRIDOXAL PHOSPHATE | ||||||
機能・相同性 | ![]() | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Antson, A.A. / Demidkina, T.V. / Wilson, K.S. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: The crystal structure of Citrobacter freundii tyrosine phenol-lyase complexed with 3-(4'-hydroxyphenyl)propionic acid, together with site-directed mutagenesis and kinetic analysis, ...タイトル: The crystal structure of Citrobacter freundii tyrosine phenol-lyase complexed with 3-(4'-hydroxyphenyl)propionic acid, together with site-directed mutagenesis and kinetic analysis, demonstrates that arginine 381 is required for substrate specificity. 著者: Sundararaju, B. / Antson, A.A. / Phillips, R.S. / Demidkina, T.V. / Barbolina, M.V. / Gollnick, P. / Dodson, G.G. / Wilson, K.S. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 194.7 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 154.1 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 463.8 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 487.6 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 38.9 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 53.6 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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単位格子 |
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非結晶学的対称性 (NCS) | NCS oper: (Code: given Matrix: (0.978, -0.208, -0.004), ベクター: |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 51736.871 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() #2: 化合物 | #3: 化合物 | ChemComp-HPP / | #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.8 Å3/Da / 溶媒含有率: 56 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | pH: 8 詳細: 30-45% PEG 5000 MONOMETHYL ETHER, 0.4 M CSCL, 50 MM TRIETHANOLAMINE BUFFER PH 8.0, 1 MM DTT, 0.2 MM PLP, 50 MM HPPA | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法詳細: drop solution is half diluted with a reservoir solution | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 293 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1994年3月1日 / 詳細: PT-COATED TOROIDAL MIRROR |
放射 | モノクロメーター: SI(111) / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9177 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.5→15 Å / Num. obs: 33108 / % possible obs: 81 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 2.7 % / Rmerge(I) obs: 0.139 / Net I/σ(I): 4.7 |
反射 シェル | 解像度: 2.5→2.6 Å / 冗長度: 1.7 % / Rmerge(I) obs: 0.361 / Mean I/σ(I) obs: 1.9 / % possible all: 50 |
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 50.3 % |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: TYROSINE PHENOL-LYASE HOLOENZYME 解像度: 2.5→15 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.5→15 Å
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ソフトウェア | *PLUS 名称: REFMAC / 分類: refinement | ||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS Num. reflection Rfree: 957 | ||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS Biso mean: 29.4 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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