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- PDB-2roy: TRANSTHYRETIN (ALSO CALLED PREALBUMIN) COMPLEX WITH 3',5'-DINITRO... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2roy
タイトルTRANSTHYRETIN (ALSO CALLED PREALBUMIN) COMPLEX WITH 3',5'-DINITRO-N-ACETYL-L-THYRONINE
要素TRANSTHYRETIN
キーワードTRANSPORT / ALBUMIN / RETINOL-BINDING / VITAMIN A / AMYLOID / THYROID HORMONE / LIVER / PLASMA / CEREBROSPINAL FLUID / POLYNEUROPATHY / DISEASE MUTATION / THYROXINE / PREALBUMIN
機能・相同性
機能・相同性情報


Retinoid cycle disease events / The canonical retinoid cycle in rods (twilight vision) / thyroid hormone binding / purine nucleobase metabolic process / Non-integrin membrane-ECM interactions / Retinoid metabolism and transport / hormone activity / azurophil granule lumen / Amyloid fiber formation / Neutrophil degranulation ...Retinoid cycle disease events / The canonical retinoid cycle in rods (twilight vision) / thyroid hormone binding / purine nucleobase metabolic process / Non-integrin membrane-ECM interactions / Retinoid metabolism and transport / hormone activity / azurophil granule lumen / Amyloid fiber formation / Neutrophil degranulation / extracellular space / extracellular exosome / extracellular region / identical protein binding
類似検索 - 分子機能
Transthyretin/hydroxyisourate hydrolase domain / Transthyretin, conserved site / Transthyretin signature 2. / Transthyretin, thyroxine binding site / Transthyretin signature 1. / Transthyretin / Transthyretin/hydroxyisourate hydrolase / Transthyretin/hydroxyisourate hydrolase domain / Transthyretin/hydroxyisourate hydrolase domain superfamily / HIUase/Transthyretin family ...Transthyretin/hydroxyisourate hydrolase domain / Transthyretin, conserved site / Transthyretin signature 2. / Transthyretin, thyroxine binding site / Transthyretin signature 1. / Transthyretin / Transthyretin/hydroxyisourate hydrolase / Transthyretin/hydroxyisourate hydrolase domain / Transthyretin/hydroxyisourate hydrolase domain superfamily / HIUase/Transthyretin family / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
3',5'-DINITRO-N-ACETYL-L-THYRONINE / Transthyretin
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / 解像度: 2.2 Å
データ登録者Wojtczak, A. / Cody, V. / Luft, J.R. / Pangborn, W.
引用
ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 1996
タイトル: Structures of human transthyretin complexed with thyroxine at 2.0 A resolution and 3',5'-dinitro-N-acetyl-L-thyronine at 2.2 A resolution.
著者: Wojtczak, A. / Cody, V. / Luft, J.R. / Pangborn, W.
#1: ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 1993
タイトル: Structural Aspects of Inotropic Bipyridine Binding. Crystal Structure Determination to 1.9 A of the Human Serum Transthyretin-Milrinone Complex
著者: Wojtczak, A. / Luft, J.R. / Cody, V.
#2: ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 1992
タイトル: Mechanism of Molecular Recognition. Structural Aspects of 3,3'-Diiodo-L-Thyronine Binding to Human Serum Transthyretin
著者: Wojtczak, A. / Luft, J. / Cody, V.
#3: ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 1992
タイトル: Crystal Structure Determination at 2.3-A Resolution of Human Transthyretin-3',5'-Dibromo-2',4,4',6-Tetrahydroxyaurone Complex
著者: Ciszak, E. / Cody, V. / Luft, J.R.
#4: ジャーナル: Nature / 年: 1977
タイトル: Protein-DNA and Protein-Hormone Interactions in Prealbumin: A Model of the Thyroid Hormone Nuclear Receptor?
著者: Blake, C.C. / Oatley, S.J.
#7: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1974
タイトル: Structure of Human Plasma Prealbumin at 2.5 A Resolution. A Preliminary Report on the Polypeptide Chain Conformation, Quaternary Structure and Thyroxine Binding
著者: Blake, C.C.F. / Geisow, M.J. / Swan, I.D. / Rerat, C. / Rerat, B.
#8: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1971
タイトル: An X-Ray Study of the Subunit Structure of Prealbumin
著者: Blake, C.C. / Swan, I.D. / Rerat, C. / Berthou, J. / Laurent, A. / Rerat, B.
#5: ジャーナル: Atlas of Macromolecular Structure on Microfiche
年: 1976
#6: ジャーナル: Atlas of Protein Sequence and Structure (Data Section)
年: 1976
履歴
登録1996年10月23日処理サイト: BNL
置き換え1997年4月21日ID: 1ROY
改定 1.01997年4月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月25日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Derived calculations / Version format compliance
改定 1.32017年11月29日Group: Derived calculations / Other
カテゴリ: pdbx_database_status / struct_conf / struct_conf_type
Item: _pdbx_database_status.process_site
改定 1.42024年2月21日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: TRANSTHYRETIN
B: TRANSTHYRETIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,3654
ポリマ－27,5552
非ポリマー8112
水1,47782
1
A: TRANSTHYRETIN
B: TRANSTHYRETIN
ヘテロ分子

A: TRANSTHYRETIN
B: TRANSTHYRETIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)56,7318
ポリマ－55,1094
非ポリマー1,6214
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_665-x+1,-y+1,z1
Buried area9310 Å2
ΔGint-56 kcal/mol
Surface area20030 Å2
手法PISA, PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)43.621, 86.041, 64.953
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP21212
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11B-128-

P28

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要素

#1: タンパク質 TRANSTHYRETIN / PREALBUMIN


分子量: 13777.360 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 器官: PLASMA / 組織: PLASMA / 参照: UniProt: P02766
#2: 化合物 ChemComp-P28 / 3',5'-DINITRO-N-ACETYL-L-THYRONINE


分子量: 405.316 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C17H15N3O9
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 82 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.21 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.36 %
結晶化
*PLUS
pH: 6.9 / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID
110 mMphosphate1drop
255 %ammonium sulfate1reservoir
30.1 Mphosphate1reservoir

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データ収集

放射散乱光タイプ: x-ray
放射波長相対比: 1
反射
*PLUS
最高解像度: 2.2 Å / Num. obs: 12450 / % possible obs: 96.2 % / Observed criterion σ(I): 2 / Num. measured all: 70011 / Rmerge(I) obs: 0.069

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解析

ソフトウェア名称: PROLSQ / 分類: 精密化
精密化解像度: 2.2→8 Å
詳細: THE MODEL CONTAINS THE 3', 5'-DINITRO-N-ACETYL-THYRONINE MOLECULE IN BOTH BINDING SITES. THE OCCUPANCY OF 50% REFLECTS THE PRESENCE OF CRYSTALLOGRAPHIC TWO-FOLD AXIS CAUSING STATISTICAL ...詳細: THE MODEL CONTAINS THE 3', 5'-DINITRO-N-ACETYL-THYRONINE MOLECULE IN BOTH BINDING SITES. THE OCCUPANCY OF 50% REFLECTS THE PRESENCE OF CRYSTALLOGRAPHIC TWO-FOLD AXIS CAUSING STATISTICAL DISORDER OF THE LIGAND, AND CORRESPONDS TO SATURATION OF THE BINDING SITES.
Rfactor反射数
Rwork0.184 -
obs-9664
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.2→8 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1858 0 58 82 1998
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONp_bond_d0.020.02
X-RAY DIFFRACTIONp_angle_d0.060.04
X-RAY DIFFRACTIONp_angle_deg
X-RAY DIFFRACTIONp_planar_d0.070.05
X-RAY DIFFRACTIONp_hb_or_metal_coord
X-RAY DIFFRACTIONp_mcbond_it1.721.75
X-RAY DIFFRACTIONp_mcangle_it2.662.5
X-RAY DIFFRACTIONp_scbond_it2.031.75
X-RAY DIFFRACTIONp_scangle_it3.12.5
X-RAY DIFFRACTIONp_plane_restr0.020.02
X-RAY DIFFRACTIONp_chiral_restr0.20.15
X-RAY DIFFRACTIONp_singtor_nbd0.230.5
X-RAY DIFFRACTIONp_multtor_nbd0.30.5
X-RAY DIFFRACTIONp_xhyhbond_nbd
X-RAY DIFFRACTIONp_xyhbond_nbd0.330.5
X-RAY DIFFRACTIONp_planar_tor3.25
X-RAY DIFFRACTIONp_staggered_tor21.215
X-RAY DIFFRACTIONp_orthonormal_tor
X-RAY DIFFRACTIONp_transverse_tor18.615
X-RAY DIFFRACTIONp_special_tor
精密化
*PLUS
Rfactor obs: 0.184
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
Biso mean: 20.63 Å2

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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