PDB-2qmp: Crystal Structure of HIV-1 protease complexed with PL-100

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2qmp

タイトル

Crystal Structure of HIV-1 protease complexed with PL-100

要素

Pol polyprotein

キーワード

HYDROLASE / HIV-1 protease / Aspartyl protease / Multifunctional enzyme / Nucleotidyltransferase / RNA-directed DNA polymerase / Transferase

機能・相同性

機能・相同性情報

viral genome integration into host DNA / establishment of integrated proviral latency / RNA stem-loop binding / RNA-directed DNA polymerase activity / endonuclease activity / aspartic-type endopeptidase activity / proteolysis / DNA binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス)

手法

X線回折 / 解像度: 1.8 Å

データ登録者

Allison, T.J.

引用

ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal Structure of HIV-1 protease complexed with PL-100
著者: Coburn, C.A. / Allison, T.J. / Holloway, M.K. / Wu, J.J. / Wainberg, M.A. / Vacca, J.P.

履歴

登録	2007年7月16日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2008年7月22日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2024年2月21日	Group: Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2qmp.cif.gz	57.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2qmp.ent.gz	41.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2qmp.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	2qmp_validation.pdf.gz	1 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	2qmp_full_validation.pdf.gz	1 MB	表示
XML形式データ	2qmp_validation.xml.gz	13.8 KB	表示
CIF形式データ	2qmp_validation.cif.gz	19 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qm/2qmp ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qm/2qmp	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	2uy0-d 3kfp-1 5yok-d 3bva-d 3pwm-d 2o4n-d 3m9f-d 3nwx-d 4qj6-1 2cen-d 4cp7-d 6bra-d 4fl8-d 1g35-d 3i2l-d 1sdv-d 2cej-d 4qgi-d 2o4l-d 1tcx-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#6 - 2000年6月 HIV-1タンパク質分解酵素 (HIV-1 Protease) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Pol polyprotein

B: Pol polyprotein

ヘテロ分子

22.9 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	57.790, 85.980, 46.190
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	18
Space group name H-M	P2₁2₁2

#1: タンパク質	Pol polyprotein 分子量: 10830.781 Da / 分子数: 2 / 断片: protease domain / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス) 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9WFL7, HIV-1 retropepsin
#2: 化合物	ChemComp-A00 / N-[(5S)-5-{[(4-aminophenyl)sulfonyl](isobutyl)amino}-6-hydroxyhexyl]-Nalpha-(methoxycarbonyl)-beta-phenyl-L-phenylalaninamide 分子量: 624.791 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃₃H₄₄N₄O₆S
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 244 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.65 Å³/Da / 溶媒含有率: 53.56 %
結晶化	温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5 詳細: 1:1 protein:reservoir, 6 mg/mL protein, 0.6 mM PL-100, protein buffer: 10 mM MES, 1 mM DTT, 1 mM EDTA, 3 mM NaN3, reservoir: 0.6 M NaCl, 100 mM NaOAc, pH 5.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K

-
データ収集

回折

平均測定温度: 93 K

放射光源

由来:

回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 / 波長: 1.5418 Å

検出器

タイプ: RIGAKU RAXIS HTC / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2006年7月11日 / 詳細: Osmic VariMax HR

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 1.5418 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.8→47.96 Å / Num. obs: 21909 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 4.38 % / R_merge(I) obs: 0.073 / Net I/σ(I): 10.6

反射シェル

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	% possible all
1.8-1.86	4.3	0.323	3.5	100
1.86-1.94	4.31	0.255	4.3	100
1.94-2.03	4.35	0.188	5.6	99.9
2.03-2.13	4.38	0.167	6.2	99.7
2.13-2.27	4.41	0.135	7.8	99.1
2.27-2.44	4.46	0.114	8.6	99.2
2.44-2.69	4.46	0.09	10.7	99.5
2.69-3.08	4.46	0.067	13.9	99.8
3.08-3.88	4.43	0.048	19.4	99.7
3.88-47.96	4.28	0.042	24.5	99.3

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
d*TREK	9.4SSI	データスケーリング
REFMAC		精密化
PDB_EXTRACT	3	データ抽出
CrystalClear		データ収集
d*TREK		データ削減
MOLREP		位相決定

精密化

解像度: 1.8→47.96 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.945 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.908 / SU B: 2.955 / SU ML: 0.095 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.14 / ESU R Free: 0.136 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.24783	1125	5.1 %	RANDOM
R_work	0.20502	-	-	-
obs	0.20729	20770	99.55 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 17.741 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.19 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-0.54 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.35 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.8→47.96 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1518	0	88	244	1850

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.008	0.022	1636
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.183	2.042	2216
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.436	5	196
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	41.94	25	56
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	10.972	15	284
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	11.721	15	8
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.068	0.2	260
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.004	0.02	1172
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.193	0.2	754
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.302	0.2	1127
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.116	0.2	184
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.179	0.2	48
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.082	0.2	13
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.592	1.5	1028
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	0.897	2	1602
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.462	3	701
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	2.327	4.5	614
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 1.8→1.847 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.377	90	-
R_work	0.314	1506	-
obs	-	-	100 %

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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