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万見
- PDB-2ktz: Inhibitor Induced Structural Change in the HCV IRES Domain IIa RNA -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2ktz
タイトルInhibitor Induced Structural Change in the HCV IRES Domain IIa RNA
要素HCV IRES Domain IIa RNA
キーワードRNA / Hepatitis C Virus / RNA Structure / Antiviral
機能・相同性Chem-ISH / RNA / RNA (> 10)
機能・相同性情報
生物種Hepatitis C virus (ウイルス)
手法溶液NMR / molecular dynamics
Model detailslowest energy, model 7
データ登録者Paulsen, R.B. / Seth, P.P. / Swayze, E.E. / Griffey, R.H. / Skalicky, J.J. / Cheatham III, T.E. / Davis, D.R.
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2010
タイトル: Inhibitor-induced structural change in the HCV IRES domain IIa RNA.
著者: Paulsen, R.B. / Seth, P.P. / Swayze, E.E. / Griffey, R.H. / Skalicky, J.J. / Cheatham, T.E. / Davis, D.R.
履歴
登録2010年2月10日登録サイト: BMRB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02010年4月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22022年3月16日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_nmr_software ...database_2 / pdbx_nmr_software / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_nmr_software.name / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.32024年5月22日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: HCV IRES Domain IIa RNA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)12,4402
ポリマ－12,1221
非ポリマー3171
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)10 / 16structures with the lowest energy
代表モデルモデル #1lowest energy

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要素

#1: RNA鎖 HCV IRES Domain IIa RNA


分子量: 12122.175 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: T7 polymerase / 由来: (合成) Hepatitis C virus (ウイルス)
#2: 化合物 ChemComp-ISH / (7R)-7-[(dimethylamino)methyl]-1-[3-(dimethylamino)propyl]-7,8-dihydro-1H-furo[3,2-e]benzimidazol-2-amine


分子量: 317.429 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C17H27N5O

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1112D 1H-1H NOESY
3232D 1H-15N HSQC
1322D 1H-13C HSQC
1412D 1H-1H TOCSY
1542D (H)CCH COSY
1642D 1H-1H F1fF2f-NOESY
1742D 1H-1H F1fF2e-NOESY
2842D 1H-13C HSQC-IPAP
2942D (H)CCH COSY-IPAP
11052D 1H-1H F1fF2f-NOESY
11152D 1H-1H F1fF2e-NOESY
11242D 1H-13C HSQC
11352D 1H-13C HSQC
21452D 1H-13C HSQC-IPAP
21552D (H)CCH COSY-IPAP
11652D (H)CCH COSY
11722D 1H-1H F1fF2e-NOESY
31832D 1H-15N HSQC

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試料調製

詳細
Solution-ID内容溶媒系
1400 uM RNA (38-MER)-1, 150 mM sodium chloride-2, 150 mM potassium chloride-3, 10 mM sodium phosphate-4, 2 mM spermine-5, 2.8 mM ISH-6, 100% D2O100% D2O
2.4 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] RNA (38-MER)-7, 150 mM sodium chloride-8, 150 mM potassium chloride-9, 10 mM sodium phosphate-10, 2 mM spermine-11, 2.8 mM ISH-12, 100% D2O100% D2O
3.4 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] RNA (38-MER)-13, 150 mM sodium chloride-14, 150 mM potassium chloride-15, 10 mM sodium phosphate-16, 2 mM spermine-17, 2.8 mM ISH-18, 90% H2O/10% D2O90% H2O/10% D2O
4.4 mM [U-13C; U-15N]-Ura, Ade RNA (38-MER)-19, 150 mM sodium chloride-20, 150 mM potassium chloride-21, 10 mM sodium phosphate-22, 2 mM spermine-23, 2.8 mM ISH-24, 100% D2O100% D2O
5.4 mM [U-13C; U-15N]-Gua, Cyt RNA (38-MER)-25, 150 mM sodium chloride-26, 150 mM potassium chloride-27, 10 mM sodium phosphate-28, 2 mM spermine-29, 2.8 mM ISH-30, 100% D2O100% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
400 uMRNA (38-MER)-11
150 mMsodium chloride-21
150 mMpotassium chloride-31
10 mMsodium phosphate-41
2 mMspermine-51
2.8 mMISH-61
.4 mMRNA (38-MER)-7[U-100% 13C; U-100% 15N]2
150 mMsodium chloride-82
150 mMpotassium chloride-92
10 mMsodium phosphate-102
2 mMspermine-112
2.8 mMISH-122
.4 mMRNA (38-MER)-13[U-100% 13C; U-100% 15N]3
150 mMsodium chloride-143
150 mMpotassium chloride-153
10 mMsodium phosphate-163
2 mMspermine-173
2.8 mMISH-183
.4 mMRNA (38-MER)-19[U-13C; U-15N]-Ura, Ade4
150 mMsodium chloride-204
150 mMpotassium chloride-214
10 mMsodium phosphate-224
2 mMspermine-234
2.8 mMISH-244
.4 mMRNA (38-MER)-25[U-13C; U-15N]-Gua, Cyt5
150 mMsodium chloride-265
150 mMpotassium chloride-275
10 mMsodium phosphate-285
2 mMspermine-295
2.8 mMISH-305
試料状態
Conditions-IDイオン強度pH圧 (kPa)温度 (K)
10.150 NaCl 7 ambient 308 K
20.150 NaCl 7 ambient 304 K
30.150 NaCl 7 ambient 283 K

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Varian INOVAVarianINOVA5001
Varian INOVAVarianINOVA6002

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解析

NMR software名称: Amber / バージョン: 10
開発者: Case, Darden, Cheatham, III, Simmerling, Wang, Duke, Luo, ... and Kollm
分類: 精密化
精密化手法: molecular dynamics / ソフトェア番号: 1
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 16 / 登録したコンフォーマーの数: 10

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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