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- PDB-2jkj: DraE Adhesin in complex with Chloramphenicol Succinate -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2jkj
タイトルDraE Adhesin in complex with Chloramphenicol Succinate
要素DR HEMAGGLUTININ STRUCTURAL SUBUNIT
キーワードCELL ADHESION / UPEC / DRAE / DAEC / ADHESIN / FIMBRIUM / HAEMAGGLUTININ / CELL PROJECTION / FIMBRIAL ADHESIN / CHLORAMPHENICOL SUCCINATE
機能・相同性
機能・相同性情報


Adhesin, Dr-family / Adhesin, Dr family, signal peptide / Dr-family adhesin / Dr family adhesin / Dr adhesin / Dr-adhesin superfamily / Adhesion domain superfamily / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
CHLORAMPHENICOL / THIAMPHENICOL / Dr hemagglutinin structural subunit
類似検索 - 構成要素
生物種ESCHERICHIA COLI (大腸菌)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Pettigrew, D.M. / Roversi, P. / Davies, S.G. / Russell, A.J. / Lea, S.M.
引用ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2009
タイトル: A Structural Study of the Interaction between the Dr Haemagglutinin Drae and Derivatives of Chloramphenicol
著者: Pettigrew, D.M. / Roversi, P. / Davies, S.G. / Russell, A.J. / Lea, S.M.
履歴
登録2008年8月28日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02008年12月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12012年9月12日Group: Database references / Derived calculations ...Database references / Derived calculations / Non-polymer description / Other / Refinement description / Structure summary / Version format compliance
改定 1.22017年7月5日Group: Data collection / カテゴリ: diffrn_source / Item: _diffrn_source.type
改定 1.32023年12月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
Remark 700 SHEET THE SHEET STRUCTURE OF THIS MOLECULE IS BIFURCATED. IN ORDER TO REPRESENT THIS FEATURE IN ... SHEET THE SHEET STRUCTURE OF THIS MOLECULE IS BIFURCATED. IN ORDER TO REPRESENT THIS FEATURE IN THE SHEET RECORDS BELOW, TWO SHEETS ARE DEFINED.

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構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

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集合体

登録構造単位
A: DR HEMAGGLUTININ STRUCTURAL SUBUNIT
B: DR HEMAGGLUTININ STRUCTURAL SUBUNIT
C: DR HEMAGGLUTININ STRUCTURAL SUBUNIT
D: DR HEMAGGLUTININ STRUCTURAL SUBUNIT
E: DR HEMAGGLUTININ STRUCTURAL SUBUNIT
F: DR HEMAGGLUTININ STRUCTURAL SUBUNIT
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)101,11129
ポリマ－97,0196
非ポリマー4,09223
水2,774154
1
A: DR HEMAGGLUTININ STRUCTURAL SUBUNIT
ヘテロ分子

A: DR HEMAGGLUTININ STRUCTURAL SUBUNIT
ヘテロ分子

A: DR HEMAGGLUTININ STRUCTURAL SUBUNIT
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)50,05512
ポリマ－48,5103
非ポリマー1,5469
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_655-y+1,x-y,z1
crystal symmetry operation3_665-x+y+1,-x+1,z1
Buried area4800 Å2
ΔGint-31.7 kcal/mol
Surface area23700 Å2
手法PQS
2
B: DR HEMAGGLUTININ STRUCTURAL SUBUNIT
ヘテロ分子

B: DR HEMAGGLUTININ STRUCTURAL SUBUNIT
ヘテロ分子

B: DR HEMAGGLUTININ STRUCTURAL SUBUNIT
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)51,41218
ポリマ－48,5103
非ポリマー2,90315
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_665-y+1,x-y+1,z1
crystal symmetry operation3_565-x+y,-x+1,z1
Buried area4810 Å2
ΔGint-32.5 kcal/mol
Surface area24160 Å2
手法PQS
3
C: DR HEMAGGLUTININ STRUCTURAL SUBUNIT
ヘテロ分子

C: DR HEMAGGLUTININ STRUCTURAL SUBUNIT
ヘテロ分子

C: DR HEMAGGLUTININ STRUCTURAL SUBUNIT
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)50,05512
ポリマ－48,5103
非ポリマー1,5469
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-y,x-y,z1
crystal symmetry operation3_555-x+y,-x,z1
Buried area4690 Å2
ΔGint-33.8 kcal/mol
Surface area23800 Å2
手法PQS
4
D: DR HEMAGGLUTININ STRUCTURAL SUBUNIT
ヘテロ分子

D: DR HEMAGGLUTININ STRUCTURAL SUBUNIT
ヘテロ分子

D: DR HEMAGGLUTININ STRUCTURAL SUBUNIT
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)51,41218
ポリマ－48,5103
非ポリマー2,90315
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation3_665-x+y+1,-x+1,z1
crystal symmetry operation2_655-y+1,x-y,z1
Buried area4850 Å2
ΔGint-31.8 kcal/mol
Surface area24400 Å2
手法PQS
5
E: DR HEMAGGLUTININ STRUCTURAL SUBUNIT
ヘテロ分子

E: DR HEMAGGLUTININ STRUCTURAL SUBUNIT
ヘテロ分子

E: DR HEMAGGLUTININ STRUCTURAL SUBUNIT
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)50,05512
ポリマ－48,5103
非ポリマー1,5469
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation3_765-x+y+2,-x+1,z1
crystal symmetry operation2_645-y+1,x-y-1,z1
Buried area4750 Å2
ΔGint-34.6 kcal/mol
Surface area23540 Å2
手法PQS
6
F: DR HEMAGGLUTININ STRUCTURAL SUBUNIT
ヘテロ分子

F: DR HEMAGGLUTININ STRUCTURAL SUBUNIT
ヘテロ分子

F: DR HEMAGGLUTININ STRUCTURAL SUBUNIT
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)50,34315
ポリマ－48,5103
非ポリマー1,83412
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_755-y+2,x-y,z1
crystal symmetry operation3_775-x+y+2,-x+2,z1
Buried area4710 Å2
ΔGint-27.6 kcal/mol
Surface area24390 Å2
手法PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)119.600, 119.600, 57.700
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number143
Space group name H-MP3
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(-0.48979, -0.87184, 0.00166), (0.87182, -0.48976, 0.00878), (-0.00684, 0.00575, 0.99996)59.33665, 33.84259, 3.20031
2given(-0.40844, 0.91266, -0.01534), (-0.91262, -0.40863, -0.01246), (-0.01764, 0.00891, 0.9998)-7.14714, 68.60696, 1.57366
3given(-0.999, 0.054), (0.054, 0.999, 0.005), (0.005, -1)117.56602, -3.03136, 30.08757
4given(0.5561, -0.83111, 0.00285), (-0.83111, -0.5561, -0.00266), (0.0038, -0.00089, -0.99999)114.95987, 68.82652, 31.15117
5given(0.54413, 0.83899, 0.00501), (0.83896, -0.54404, -0.01259), (-0.00784, 0.01105, -0.99991)58.06283, 37.49632, 33.26504

-
要素

#1: タンパク質
DR HEMAGGLUTININ STRUCTURAL SUBUNIT / DRAE HAEMAGGLUTININ


分子量: 16169.844 Da / 分子数: 6 / 断片: ADHESIN SUBUNIT, RESIDUES 23-160 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株: IH11128 / 細胞株: M15 / Variant: O75\:K5\:H / プラスミド: PQE-30 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 参照: UniProt: P24093
#2: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 15 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 化合物
ChemComp-CLM / CHLORAMPHENICOL


分子量: 323.129 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C11H12Cl2N2O5 / コメント: 抗生剤*YM
#4: 化合物 ChemComp-TH8 / THIAMPHENICOL / チアンフェニコ-ル


分子量: 356.222 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C12H15Cl2NO5S / コメント: 抗生剤*YM
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 154 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.56 Å3/Da / 溶媒含有率: 52 % / 解説: NONE
結晶化詳細: 2M AMMONIUM SULPHATE, 0.1-20 MM CHLORAMPHENICOL SUCCINATE, 0.1 M HEPES PH 7.0 SOAKED IN SATURATED THIAMPHENICOL SOLUTION

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: BRUKER AXS MICROSTAR / 波長: 1.5418
検出器タイプ: BRUKER / 日付: 2004年12月14日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.3→25 Å / Num. obs: 43763 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 4.3 % / Rmerge(I) obs: 0.1 / Net I/σ(I): 8.9
反射 シェル解像度: 2.3→2.4 Å / 冗長度: 4.3 % / Rmerge(I) obs: 0.33 / Mean I/σ(I) obs: 2.2 / % possible all: 99.9

-
解析

ソフトウェア
名称分類
BUSTER-TNT精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1USQ

1usq


解像度: 2.3→25 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.278 1641 5 %RANDOM
Rwork0.249 ---
obs0.25 43763 100 %-
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.3→25 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6279 0 237 154 6670

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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