PDB-2jjk: FRUCTOSE-1,6-BISPHOSPHATASE(D-FRUCTOSE-1,6-BISPHOSPHATE -1- PHOSP...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2jjk

タイトル

FRUCTOSE-1,6-BISPHOSPHATASE(D-FRUCTOSE-1,6-BISPHOSPHATE -1- PHOSPHOHYDROLASE) (E.C.3.1.3.11) COMPLEXED WITH A DUAL BINDING AMP SITE INHIBITOR

要素

FRUCTOSE-1,6-BISPHOSPHATASE 1

キーワード

HYDROLASE / HYDROLASE (PHOSPHORIC MONOESTER) / DISEASE MUTATION / ALLOSTERIC ENZYME / ZINC / POLYMORPHISM / GLUCONEOGENESIS / CARBOHYDRATE METABOLISM

機能・相同性

機能・相同性情報

cellular response to raffinose / sucrose biosynthetic process / cellular hypotonic salinity response / cellular response to phorbol 13-acetate 12-myristate / fructose-bisphosphatase / fructose 1,6-bisphosphate 1-phosphatase activity / cellular response to magnesium ion / Gluconeogenesis / negative regulation of Ras protein signal transduction / fructose 6-phosphate metabolic process ...
類似検索 - 分子機能

生物種

HOMO SAPIENS (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2 Å

データ登録者

Ruf, A. / Joseph, C. / Benz, J. / Fol, B. / Tetaz, T. / Hebeisen, P.

引用

ジャーナル: Bioorg.Med.Chem.Lett. / 年: 2008
タイトル: Allosteric Fbpase Inhibitors Gain 10(5) Times in Potency When Simultaneously Binding Two Neighboring AMP Sites.
著者: Hebeisen, P. / Kuhn, B. / Kohler, P. / Gubler, M. / Huber, W. / Kitas, E. / Schott, B. / Benz, J. / Joseph, C. / Ruf, A.

履歴

登録	2008年4月9日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2008年7月22日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年5月7日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.3	2024年5月8日	Group: Data collection / Database references / Other カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2jjk.cif.gz	271.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2jjk.ent.gz	219.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2jjk.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	2jjk_validation.pdf.gz	1.3 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	2jjk_full_validation.pdf.gz	1.4 MB	表示
XML形式データ	2jjk_validation.xml.gz	58.8 KB	表示
CIF形式データ	2jjk_validation.cif.gz	85.9 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/jj/2jjk ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/jj/2jjk	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	2vt5C 1fta 2fhy 2fie 2fix C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	2y5k-d 5q09-1 5pzy-1 5zwk-d 3a29-d 3kc1-d 1fj9-1 5q06-d 5pzz-2 5q0a-d 2fhy-d 2vt5-1 5q01-2 5q05-1 2wbd-1 1fpl-1 5q07-2 5q08-1 5q08-2 5pzq-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#50 - 2004年2月解糖系酵素 (Glycolytic Enzymes) 類似性 (1)

登録構造単位

A: FRUCTOSE-1,6-BISPHOSPHATASE 1

B: FRUCTOSE-1,6-BISPHOSPHATASE 1

C: FRUCTOSE-1,6-BISPHOSPHATASE 1

D: FRUCTOSE-1,6-BISPHOSPHATASE 1

ヘテロ分子

149 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	67.176, 83.012, 277.234
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	B
3	1	C
4	1	D
1	2	A
2	2	D

NCSドメイン領域:

Dom-ID	Component-ID	Ens-ID	Refine code	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	1	1	5	A	1 - 500
2	1	1	5	B	1 - 500
3	1	1	5	C	1 - 500
4	1	1	5	D	1 - 500
1	1	2	4	A	1336
2	1	2	4	D	1336

NCSアンサンブル:

ID
1
2

#1: タンパク質	FRUCTOSE-1,6-BISPHOSPHATASE 1 / D-FRUCTOSE-1 / 6- BISPHOSPHATE 1-PHOSPHOHYDROLASE 1 / FBPASE 1 分子量: 36859.418 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) / 組織: LIVER / プラスミド: PET / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P09467, fructose-bisphosphatase
#2: 化合物	ChemComp-R15 / N,N'-(heptane-1,7-diyldicarbamoyl)bis(3-chlorobenzenesulfonamide) 分子量: 565.490 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₁H₂₆Cl₂N₄O₆S₂
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 1082 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
非ポリマーの詳細	R15: BISULFONYLUREA

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.53 Å³/Da / 溶媒含有率: 51.08 % / 解説: NONE
結晶化	詳細: RESERVOIR = 0.1M HEPES PH7.0, 0.1M AMMONIUM ACETATE, 12% PEG 3350

-
データ収集

回折	平均測定温度: 120 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X10SA / 波長: 1
検出器	タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2006年7月14日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2→30 Å / Num. obs: 95035 / % possible obs: 88.5 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 5.1 % / R_merge(I) obs: 0.14 / Net I/σ(I): 8.6
反射シェル	解像度: 2→2.11 Å / 冗長度: 3.9 % / R_merge(I) obs: 0.36 / Mean I/σ(I) obs: 4.5 / % possible all: 83.8

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.4.0067	精密化
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2→28.88 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.929 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.889 / SU B: 5.385 / SU ML: 0.15 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.217 / ESU R Free: 0.195 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS.

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.266	4767	5 %	RANDOM
R_work	0.213	-	-	-
obs	0.216	90267	89.9 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 24.32 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.71 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-0.56 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.15 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2→28.88 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	9729	0	70	1082	10881

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.013	0.022	9989
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.391	1.999	13488
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.948	5	1263
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	37.823	24.375	384
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	16.147	15	1777
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	17.056	15	48
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.093	0.2	1532
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.006	0.021	7388
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.75	1.5	6307
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.314	2	10153
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.175	3	3682
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	3.363	4.5	3335
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
1	1	A	1268	medium positional	0.3	0.5
1	2	B	1268	medium positional	0.36	0.5
1	3	C	1268	medium positional	0.33	0.5
1	4	D	1268	medium positional	0.35	0.5
2	1	A	42	medium positional	0.09	0.5
2	2	D	42	medium positional	0.09	0.5
1	1	A	1158	loose positional	0.59	5
1	2	B	1158	loose positional	0.71	5
1	3	C	1158	loose positional	0.71	5
1	4	D	1158	loose positional	0.71	5
1	1	A	1268	medium thermal	2.76	2
1	2	B	1268	medium thermal	1.61	2
1	3	C	1268	medium thermal	1.59	2
1	4	D	1268	medium thermal	2.3	2
2	1	A	42	medium thermal	0.73	2
2	2	D	42	medium thermal	0.73	2
1	1	A	1158	loose thermal	3.15	10
1	2	B	1158	loose thermal	2.25	10
1	3	C	1158	loose thermal	2.39	10
1	4	D	1158	loose thermal	2.9	10

LS精密化シェル

解像度: 2→2.05 Å / Total num. of bins used: 20 /

	R_factor	反射数
R_free	0.336	354
R_work	0.268	6720

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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