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- PDB-2h8p: Structure of a K channel with an amide to ester substitution in t... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2h8p
タイトルStructure of a K channel with an amide to ester substitution in the selectivity filter
要素
  • FAB heavy chain
  • FAB light chain
  • KcsA Channel
キーワードMEMBRANE PROTEIN / Channel / Semi-synthetic / Ester
機能・相同性
機能・相同性情報


voltage-gated potassium channel activity / B cell differentiation / extracellular region / identical protein binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces - #110 / Helix Hairpins - #70 / Potassium channel domain / Ion channel / : / Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces / Immunoglobulin V-Type / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin V-set domain / : ...Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces - #110 / Helix Hairpins - #70 / Potassium channel domain / Ion channel / : / Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces / Immunoglobulin V-Type / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin V-set domain / : / Helix Hairpins / Immunoglobulin subtype / Immunoglobulin / Immunoglobulin/major histocompatibility complex, conserved site / Immunoglobulins and major histocompatibility complex proteins signature. / Immunoglobulin C-Type / Immunoglobulin C1-set / Immunoglobulin C1-set domain / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like fold / Up-down Bundle / Immunoglobulin-like / Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Beta / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
(2S)-2-(BUTYRYLOXY)-3-HYDROXYPROPYL NONANOATE / : / Immunoglobulin kappa constant / pH-gated potassium channel KcsA / Ighg protein
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.25 Å
データ登録者Valiyaveetil, F.I. / MacKinnon, R. / Muir, T.W.
引用ジャーナル: J.Am.Chem.Soc. / 年: 2006
タイトル: Structural and Functional Consequences of an Amide-to-Ester Substitution in the Selectivity Filter of a Potassium Channel.
著者: Valiyaveetil, F.I. / Sekedat, M. / Mackinnon, R. / Muir, T.W.
履歴
登録2006年6月7日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02006年9月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Derived calculations / Version format compliance
改定 1.32011年11月16日Group: Atomic model
改定 2.02023年11月15日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: atom_site / chem_comp_atom ...atom_site / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id ..._atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr1_symmetry / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 3.02024年3月27日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations / Polymer sequence / Source and taxonomy / Structure summary
カテゴリ: atom_site / entity ...atom_site / entity / entity_poly / entity_poly_seq / entity_src_gen / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_entity_src_syn / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_poly_seq_scheme / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_assembly_prop / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_struct_special_symmetry / pdbx_validate_close_contact / pdbx_validate_symm_contact / struct_asym / struct_biol / struct_conf / struct_conn / struct_ref / struct_ref_seq / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.group_PDB / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.label_seq_id / _atom_site.occupancy / _atom_site.type_symbol / _entity_src_gen.pdbx_beg_seq_num / _entity_src_gen.pdbx_end_seq_num / _entity_src_gen.pdbx_seq_type / _pdbx_struct_assembly.method_details / _pdbx_struct_assembly.oligomeric_count / _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_struct_assembly_prop.value / _pdbx_struct_special_symmetry.auth_asym_id / _pdbx_struct_special_symmetry.auth_seq_id / _pdbx_struct_special_symmetry.label_asym_id / _struct_conf.beg_auth_asym_id / _struct_conf.beg_label_asym_id / _struct_conf.beg_label_seq_id / _struct_conf.end_auth_asym_id / _struct_conf.end_label_asym_id / _struct_conf.end_label_seq_id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr1_symmetry / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry / _struct_site.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id / _struct_site_gen.auth_asym_id / _struct_site_gen.auth_seq_id / _struct_site_gen.label_asym_id / _struct_site_gen.label_seq_id
Remark 400COMPOUND CHAINS C AND D ARE LINKED AND FORM A CONTINUOUS SYNTHETIC POLYPEPTIDE. THERE IS AN ESTER ...COMPOUND CHAINS C AND D ARE LINKED AND FORM A CONTINUOUS SYNTHETIC POLYPEPTIDE. THERE IS AN ESTER BOND BETWEEN RESIDUES TYR 78 AND GOA 79 OF CHAIN C.
Remark 999SEQUENCE AT THE TIME OF PROCESSING, THERE WERE NO UNP REFERENCE SEQUENCES AVAILABLE FOR THE PROTEINS.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: FAB heavy chain
B: FAB light chain
C: KcsA Channel
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)58,16710
ポリマ－57,6303
非ポリマー5377
水1,62190
1
A: FAB heavy chain
B: FAB light chain
C: KcsA Channel
ヘテロ分子

A: FAB heavy chain
B: FAB light chain
C: KcsA Channel
ヘテロ分子

A: FAB heavy chain
B: FAB light chain
C: KcsA Channel
ヘテロ分子

A: FAB heavy chain
B: FAB light chain
C: KcsA Channel
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)232,66640
ポリマ－230,51812
非ポリマー2,14828
水21612
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_775-x+2,-y+2,z1
crystal symmetry operation3_755-y+2,x,z1
crystal symmetry operation4_575y,-x+2,z1
Buried area35060 Å2
ΔGint-206 kcal/mol
Surface area88100 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)155.884, 155.884, 75.524
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number79
Space group name H-MI4
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11C-201-

K

21C-202-

K

31C-203-

K

41C-204-

K

51C-205-

K

61C-206-

K

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 C

#3: タンパク質 KcsA Channel


分子量: 10782.549 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
詳細: The peptide was synthesized by the expressed protein ligation reaction between a recombinant peptide thioester and a synthetic peptide consisting of a N-terminal cysteine.
由来: (合成) synthetic construct (人工物) / 参照: UniProt: P0A334*PLUS

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抗体 , 2種, 2分子 AB

#1: 抗体 FAB heavy chain


分子量: 23411.242 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q569B4*PLUS
#2: 抗体 FAB light chain


分子量: 23435.738 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P01837*PLUS

-
非ポリマー , 3種, 97分子

#4: 化合物
ChemComp-K / POTASSIUM ION / カリウムカチオン


分子量: 39.098 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: K / 参照: UniProt: P0A334*PLUS
#5: 化合物 ChemComp-B3H / (2S)-2-(BUTYRYLOXY)-3-HYDROXYPROPYL NONANOATE


分子量: 302.406 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C16H30O5
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 90 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.98 Å3/Da / 溶媒含有率: 69.11 %
結晶化温度: 293 K / pH: 6.5
詳細: 20-25% PEG 400, 50 mM Magnesium Acetate, 0.3 M KCl, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K, pH 6.50

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データ収集

放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X25 / 波長: 1.1
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.25→60 Å / Num. obs: 42808 / % possible obs: 98.1 % / 冗長度: 3.8 % / Biso Wilson estimate: 35.3 Å2 / Rsym value: 0.073 / Net I/σ(I): 17.5
反射 シェル解像度: 2.25→2.39 Å / 冗長度: 3.2 % / Mean I/σ(I) obs: 2.2 / Rsym value: 0.51 / % possible all: 96.3

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
CNS1.1精密化
PDB_EXTRACT2データ抽出
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.25→49.3 Å / Rfactor Rfree error: 0.005 / Data cutoff high absF: 2392142.75 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.242 2146 5 %RANDOM
Rwork0.233 ---
obs0.233 42808 99.3 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 53.36 Å2 / ksol: 0.4 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 58.9 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-4.16 Å20 Å20 Å2
2--4.16 Å20 Å2
3----8.31 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.35 Å0.32 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.31 Å0.31 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.25→49.3 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4056 0 31 90 4177
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.013
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.6
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it1.5
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it2
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it2
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it2.5
LS精密化 シェル解像度: 2.25→2.39 Å / Rfactor Rfree error: 0.015 / Total num. of bins used: 42
Rfactor反射数%反射
Rfree0.28 351 5 %
Rwork0.305 911 -
obs--97.6 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PROTEIN_REP.PARAMPROTEIN_MOD.TOP
X-RAY DIFFRACTION2LIPID2.PARAMLIPID_MOD.TOP
X-RAY DIFFRACTION3WATER_REP.PARAMWATER.TOP
X-RAY DIFFRACTION4ION.PARAMION.TOP

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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