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- PDB-2h6b: Crystal structure of oxidized CprK in complex with o-chlorophenol... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2h6b
タイトルCrystal structure of oxidized CprK in complex with o-chlorophenolacetic acid
要素ChloroPhenol Reduction gene K
キーワードDNA BINDING PROTEIN / halorespiration / DNA binding / chlorinated ligand / chlorophenol / CprK / helix-turn-helix
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of DNA-templated transcription / DNA binding
類似検索 - 分子機能
Crp-like helix-turn-helix domain / Crp-type HTH domain profile. / Crp-type HTH domain / Cyclic nucleotide-binding domain / cAMP/cGMP binding motif profile. / Cyclic nucleotide-binding domain / Cyclic nucleotide-binding domain superfamily / Jelly Rolls / RmlC-like jelly roll fold / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily/Winged helix DNA-binding domain ...Crp-like helix-turn-helix domain / Crp-type HTH domain profile. / Crp-type HTH domain / Cyclic nucleotide-binding domain / cAMP/cGMP binding motif profile. / Cyclic nucleotide-binding domain / Cyclic nucleotide-binding domain superfamily / Jelly Rolls / RmlC-like jelly roll fold / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily/Winged helix DNA-binding domain / Arc Repressor Mutant, subunit A / Winged helix DNA-binding domain superfamily / Jelly Rolls / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily / Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Beta / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
(3-CHLORO-4-HYDROXYPHENYL)ACETIC ACID / : / Putative transcription regulatory protein
類似検索 - 構成要素
生物種Desulfitobacterium hafniense (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多重同系置換 / 解像度: 2.2 Å
データ登録者Joyce, M.G. / Levy, C. / Leys, D.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2006
タイトル: CprK Crystal Structures Reveal Mechanism for Transcriptional Control of Halorespiration.
著者: Joyce, M.G. / Levy, C. / Pop, S.M. / Biehl, B.D. / Doukov, T.I. / Ryter, J.M. / Mazon, H. / Smidt, H. / van den Heuvel, R.H. / Ragsdale, S.W. / van der Oost, J. / Leys, D.
履歴
登録2006年5月31日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02006年7月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Derived calculations / Version format compliance
改定 1.32024年11月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / diffrn_source / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
Remark 999SEQUENCE THE SEQUENCE OF THE PROTEIN WAS NOT AVAILABLE IN ANY UNIPROT REFERENCE SEQUENCE DATABASE ...SEQUENCE THE SEQUENCE OF THE PROTEIN WAS NOT AVAILABLE IN ANY UNIPROT REFERENCE SEQUENCE DATABASE AT THE TIME OF PROCESSING.

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構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: ChloroPhenol Reduction gene K
B: ChloroPhenol Reduction gene K
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)57,3576
ポリマ－56,7912
非ポリマー5654
水4,107228
1
A: ChloroPhenol Reduction gene K
B: ChloroPhenol Reduction gene K
ヘテロ分子

A: ChloroPhenol Reduction gene K
B: ChloroPhenol Reduction gene K
ヘテロ分子

A: ChloroPhenol Reduction gene K
B: ChloroPhenol Reduction gene K
ヘテロ分子

A: ChloroPhenol Reduction gene K
B: ChloroPhenol Reduction gene K
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)229,42724
ポリマ－227,1658
非ポリマー2,26116
水1448
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_675-x+1,-y+2,z1
crystal symmetry operation3_655-x+1,y,-z1
crystal symmetry operation4_575x,-y+2,-z1
Buried area43480 Å2
ΔGint-431 kcal/mol
Surface area75940 Å2
手法PISA
2
A: ChloroPhenol Reduction gene K
B: ChloroPhenol Reduction gene K
ヘテロ分子

A: ChloroPhenol Reduction gene K
B: ChloroPhenol Reduction gene K
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)114,71312
ポリマ－113,5834
非ポリマー1,1318
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_675-x+1,-y+2,z1
手法PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)104.437, 112.185, 119.495
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number23
Space group name H-MI222
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11B-391-

HOH

詳細The second part of the biological assembly is generated by the two fold axis: -x,-y,z

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要素

#1: タンパク質 ChloroPhenol Reduction gene K / CprK


分子量: 28395.684 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Desulfitobacterium hafniense (バクテリア)
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q18R04, UniProt: Q8RPJ2*PLUS
#2: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION


分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 化合物 ChemComp-3C4 / (3-CHLORO-4-HYDROXYPHENYL)ACETIC ACID


分子量: 186.592 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H7ClO3
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 228 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3.08 Å3/Da / 溶媒含有率: 60.07 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 1.8 M Ammonium sulphate, 1mM orthochlorophenol, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: EMBL/DESY, HAMBURG / ビームライン: X11 / 波長: 0.9 Å
検出器タイプ: MAR CCD 165 mm / 検出器: CCD / 日付: 2004年3月1日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.2→20 Å / Num. obs: 35512 / % possible obs: 99.2 % / Biso Wilson estimate: 40 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.102 / Net I/σ(I): 16.6
反射 シェル解像度: 2.2→2.25 Å / Rmerge(I) obs: 0.573 / Mean I/σ(I) obs: 2.5 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0005精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
MLPHARE位相決定
精密化構造決定の手法: 多重同系置換 / 解像度: 2.2→19.92 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.962 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.946 / SU B: 6.111 / SU ML: 0.147 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.2 / ESU R Free: 0.179 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.22945 1760 5 %RANDOM
Rwork0.18346 ---
all0.18579 33350 --
obs0.18579 33350 100 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 39.915 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.04 Å20 Å20 Å2
2---0.09 Å20 Å2
3---0.04 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.2→19.92 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3772 0 34 228 4034
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0240.0223905
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.023584
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.9891.9815276
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.9738346
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.4295471
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg37.23524.035171
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg18.35815716
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg16.5841522
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1120.2595
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0080.024252
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02796
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2170.2798
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.1960.23447
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.1860.21866
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.0930.22225
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1590.2218
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other0.0970.21
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1950.211
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.2610.270
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.0720.212
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.241.52618
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.2751.5969
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.80523829
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.69931723
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it4.0394.51443
LS精密化 シェル解像度: 2.2→2.258 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.536 93 -
Rwork0.415 2043 -
obs--100 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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