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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2gwc | |||||||||
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タイトル | Crystal structure of plant glutamate cysteine ligase in complex with a transition state analogue | |||||||||
要素 | Glutamate cysteine ligase | |||||||||
キーワード | LIGASE / disulfide bridges / glutathione biosynthesis / beta-hairpin / redox regulation | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 oxoacid metabolic process / glutamate-cysteine ligase / glutamate-cysteine ligase activity / glutathione biosynthetic process / chloroplast / ATP binding 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Brassica juncea (カラシナ) | |||||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 2.18 Å | |||||||||
データ登録者 | Hothorn, M. / Wachter, A. / Gromes, R. / Stuwe, T. / Rausch, T. / Scheffzek, K. | |||||||||
引用 | ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2006 タイトル: Structural basis for the redox control of plant glutamate cysteine ligase. 著者: Hothorn, M. / Wachter, A. / Gromes, R. / Stuwe, T. / Rausch, T. / Scheffzek, K. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 2gwc.cif.gz | 694.4 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb2gwc.ent.gz | 598.2 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 2gwc.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 2gwc_validation.pdf.gz | 514.8 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 2gwc_full_validation.pdf.gz | 548.1 KB | 表示 | |
XML形式データ | 2gwc_validation.xml.gz | 123.7 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 2gwc_validation.cif.gz | 175.2 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gw/2gwc ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gw/2gwc | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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非結晶学的対称性 (NCS) | NCSドメイン:
NCSドメイン領域: Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg label comp-ID: PRO / End label comp-ID: TYR / Refine code: 2 / Auth seq-ID: 80 - 514 / Label seq-ID: 15 - 449
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詳細 | The oxidized state of the enzyme is associated with a dimeric configuration. The asymmetric unit contains four dimers (A-B, C-D, E-F, G-H) |
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 51818.281 Da / 分子数: 8 / 断片: glutamate cysteine ligase / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Brassica juncea (カラシナ) / 遺伝子: GSH1 / プラスミド: pETM20 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Rosetta gami (DE3) / 参照: UniProt: O23736, glutamate-cysteine ligase #2: 化合物 | ChemComp-MG / #3: 化合物 | ChemComp-BSC / ( #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.39 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.6 % |
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結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8 詳細: 15% PEG 3350, 0.2 M magnesium acetate tetrahydrate, 0.1 M tricine, 0.01 M L-buthionine(S,R)sulfoximine, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K | |||||||||||||||
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-4 / 波長: 0.9797, 0.9778, 0,.9737 | |||||||||||||||
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2005年7月18日 | |||||||||||||||
放射 | モノクロメーター: transparent diamond monochromators プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | |||||||||||||||
放射波長 |
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反射 | 解像度: 2.18→99.5 Å / Num. obs: 197271 / % possible obs: 95.5 % / Observed criterion σ(F): -3 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 4.1 % / Rsym value: 0.104 / Net I/σ(I): 13.6 | |||||||||||||||
反射 シェル | 解像度: 2.18→2.27 Å / 冗長度: 2 % / Mean I/σ(I) obs: 2.3 / Num. unique all: 40871 / Rsym value: 0.457 / % possible all: 89.9 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 2.18→99.5 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.944 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.915 / SU B: 12.676 / SU ML: 0.162 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): -3 / ESU R: 0.283 / ESU R Free: 0.211 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 22.442 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.18→99.5 Å
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拘束条件 |
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Refine LS restraints NCS | Ens-ID: 1 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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