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万見
- PDB-2fac: Crystal structure of E. coli hexanoyl-ACP -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2fac
タイトルCrystal structure of E. coli hexanoyl-ACP
要素Acyl carrier protein
キーワードBIOSYNTHETIC PROTEIN / acyl carrier protein / acyl chain binding / fatty acid biosynthesis
機能・相同性
機能・相同性情報


lipid biosynthetic process / lipid A biosynthetic process / phosphopantetheine binding / acyl binding / acyl carrier activity / fatty acid biosynthetic process / response to xenobiotic stimulus / lipid binding / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
ACP-like / Non-ribosomal Peptide Synthetase Peptidyl Carrier Protein; Chain A / Acyl carrier protein (ACP) / Phosphopantetheine attachment site / Phosphopantetheine attachment site. / Phosphopantetheine attachment site / ACP-like superfamily / Carrier protein (CP) domain profile. / Phosphopantetheine binding ACP domain / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-PM4 / Acyl carrier protein
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.76 Å
データ登録者Roujeinikova, A.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2007
タイトル: Structural Studies of Fatty Acyl-(Acyl Carrier Protein) Thioesters Reveal a Hydrophobic Binding Cavity that Can Expand to Fit Longer Substrates.
著者: Roujeinikova, A. / Simon, W.J. / Gilroy, J. / Rice, D.W. / Rafferty, J.B. / Slabas, A.R.
履歴
登録2005年12月7日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02006年9月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32023年8月30日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr1_symmetry / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Acyl carrier protein
B: Acyl carrier protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)18,62915
ポリマ－17,0292
非ポリマー1,60013
水4,035224
1
A: Acyl carrier protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)9,4139
ポリマ－8,5141
非ポリマー8988
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Acyl carrier protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)9,2166
ポリマ－8,5141
非ポリマー7025
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
3
A: Acyl carrier protein
B: Acyl carrier protein
ヘテロ分子

A: Acyl carrier protein
B: Acyl carrier protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)37,25830
ポリマ－34,0574
非ポリマー3,20126
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_665-x+1,-y+1,z1
Buried area7990 Å2
ΔGint-509 kcal/mol
Surface area16420 Å2
手法PISA
4
A: Acyl carrier protein
ヘテロ分子

A: Acyl carrier protein
ヘテロ分子

B: Acyl carrier protein
ヘテロ分子

B: Acyl carrier protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)37,25830
ポリマ－34,0574
非ポリマー3,20126
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_665-x+1,-y+1,z1
crystal symmetry operation1_556x,y,z+11
crystal symmetry operation2_666-x+1,-y+1,z+11
Buried area7090 Å2
ΔGint-520 kcal/mol
Surface area17310 Å2
手法PISA
5
A: Acyl carrier protein
ヘテロ分子

A: Acyl carrier protein
ヘテロ分子

B: Acyl carrier protein
ヘテロ分子

B: Acyl carrier protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)37,25830
ポリマ－34,0574
非ポリマー3,20126
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_565-x,-y+1,z1
crystal symmetry operation1_455x-1,y,z1
crystal symmetry operation2_665-x+1,-y+1,z1
Buried area6440 Å2
ΔGint-443 kcal/mol
Surface area17870 Å2
手法PISA
6
A: Acyl carrier protein
ヘテロ分子

B: Acyl carrier protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)18,62915
ポリマ－17,0292
非ポリマー1,60013
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation1_556x,y,z+11
Buried area2880 Å2
ΔGint-234 kcal/mol
Surface area9270 Å2
手法PISA
7


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3190 Å2
ΔGint-219 kcal/mol
Surface area8960 Å2
手法PISA
8
A: Acyl carrier protein
ヘテロ分子

B: Acyl carrier protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)18,62915
ポリマ－17,0292
非ポリマー1,60013
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_665-x+1,-y+1,z1
Buried area3010 Å2
ΔGint-214 kcal/mol
Surface area9140 Å2
手法PISA
9
A: Acyl carrier protein
ヘテロ分子

A: Acyl carrier protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)18,82518
ポリマ－17,0292
非ポリマー1,79716
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_665-x+1,-y+1,z1
Buried area3160 Å2
ΔGint-286 kcal/mol
Surface area9440 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)48.414, 105.045, 27.927
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP21212
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-408-

ZN

21A-458-

HOH

31A-459-

HOH

41A-502-

HOH

51B-438-

HOH

-
要素

#1: タンパク質 Acyl carrier protein / ACP / Cytosolic-activating factor / CAF / Fatty acid synthase acyl carrier protein


分子量: 8514.264 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: acpP / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P0A6A8
#2: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 11 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物 ChemComp-PM4 / S-(2-{[N-(2-HYDROXY-4-{[HYDROXY(OXIDO)PHOSPHINO]OXY}-3,3-DIMETHYLBUTANOYL)-BETA-ALANYL]AMINO}ETHYL) HEXANETHIOATE


分子量: 440.492 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C17H33N2O7PS
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 224 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.08 Å3/Da / 溶媒含有率: 41 %
結晶化温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6
詳細: 16-20% PEG 1500, 20 mM zinc acetate, 50 mM sodium cocadylate, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 290K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-2 / 波長: 0.933 Å
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.933 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.76→30 Å / Num. obs: 13699 / % possible obs: 92 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 4.2 % / Rmerge(I) obs: 0.091
反射 シェル解像度: 1.76→1.82 Å / Rmerge(I) obs: 0.202 / % possible all: 95

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
CNS精密化
PDB_EXTRACT1.701データ抽出
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
CNS位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB 1L0I

1l0i


解像度: 1.76→10 Å / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.241 676 4.6 %5% omitted at random
Rwork0.184 ---
obs-13451 91.6 %-
溶媒の処理Bsol: 50.524 Å2
原子変位パラメータBiso mean: 26.177 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--11.569 Å20 Å20 Å2
2--6.109 Å20 Å2
3---5.459 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.76→10 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1194 0 67 224 1485
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.8
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.01
Xplor file
Refine-IDSerial noParam file
X-RAY DIFFRACTION1protein_rep.param
X-RAY DIFFRACTION2CNS_TOPPAR:water_rep.param
X-RAY DIFFRACTION3CNS_TOPPAR:ion.param

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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