[日本語] English
万見
- PDB-2f4u: Asite RNA + designer antibiotic -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2f4u
タイトルAsite RNA + designer antibiotic
要素5'-R(*GP*CP*GP*UP*CP*AP*CP*AP*CP*CP*GP*GP*UP*GP*AP*AP*GP*UP*CP*GP*C)-3'
キーワードRNA / Asite RNA / designer antibiotic
機能・相同性Chem-AB6 / RNA / RNA (> 10)
機能・相同性情報
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.6 Å
データ登録者Murray, J.B. / Meroueh, S.O. / Russell, R.J. / Lentzen, G. / Haddad, J. / Mobashery, S.
引用ジャーナル: Chem.Biol. / 年: 2006
タイトル: Interactions of designer antibiotics and the bacterial ribosomal aminoacyl-tRNA site
著者: Murray, J.B. / Meroueh, S.O. / Russell, R.J. / Lentzen, G. / Haddad, J. / Mobashery, S.
履歴
登録2005年11月24日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02006年5月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32024年2月14日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: 5'-R(*GP*CP*GP*UP*CP*AP*CP*AP*CP*CP*GP*GP*UP*GP*AP*AP*GP*UP*CP*GP*C)-3'
B: 5'-R(*GP*CP*GP*UP*CP*AP*CP*AP*CP*CP*GP*GP*UP*GP*AP*AP*GP*UP*CP*GP*C)-3'
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)14,0113
ポリマ－13,4862
非ポリマー5251
水57632
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)33.100, 46.460, 89.500
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

-
要素

#1: RNA鎖 5'-R(*GP*CP*GP*UP*CP*AP*CP*AP*CP*CP*GP*GP*UP*GP*AP*AP*GP*UP*CP*GP*C)-3'


分子量: 6743.077 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: A-site RNA
#2: 化合物 ChemComp-AB6 / (2R)-4-AMINO-N-((1R,2S,3R,4R,5S)-5-AMINO-4-[(2-AMINO-2-DEOXY-ALPHA-D-GLUCOPYRANOSYL)OXY]-2-{2-[(3-AMINOPROPYL)AMINO]ETHOXY}-3-HYDROXYCYCLOHEXYL)-2-HYDROXYBUTANAMIDE


分子量: 524.609 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H44N6O9
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 32 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.55 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.79 %

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RU300 / 波長: 1.54 Å
検出器日付: 2002年6月1日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.54 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.6→23.23 Å / Num. all: 4451 / Num. obs: 4451 / % possible obs: 97.6 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / Rmerge(I) obs: 0.092 / Net I/σ(I): 5.8 / Scaling rejects: 300
反射 シェル
解像度 (Å)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. unique all% possible all
2.6-2.690.4231.62799.8
2.69-2.83099.8
2.8-2.931899.5
2.93-3.082498.3
3.08-3.282697.3
3.28-3.532796.5
3.53-3.883698.7
3.88-4.443498.5
4.44-5.584295.8
5.58-23.234993.2

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
d*TREK7.1SSIdata processing
CNS精密化
PDB_EXTRACT1.701データ抽出
d*TREKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.6→23.23 Å / σ(F): 161 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.299 445 9.7 %Random
Rwork0.25 ---
all0.25 4451 --
obs0.299 4290 93.8 %-
溶媒の処理Bsol: 95.919 Å2
原子変位パラメータBiso mean: 56.636 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-7.806 Å20 Å20 Å2
2--11.806 Å20 Å2
3----19.611 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.6→23.23 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数0 892 36 32 960
Xplor file
Refine-IDSerial noParam file
X-RAY DIFFRACTION1CNS_TOPPAR:protein_rep.param
X-RAY DIFFRACTION2dna-rna-multi-endo.param
X-RAY DIFFRACTION3893.par
X-RAY DIFFRACTION4CNS_TOPPAR:water.param

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る