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- PDB-2f2l: Crystal structure of tracheal cytotoxin (TCT) bound to the ectodo... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2f2l
タイトルCrystal structure of tracheal cytotoxin (TCT) bound to the ectodomain complex of peptidoglycan recognition proteins LCa (PGRP-LCa) and LCx (PGRP-LCx)
要素
  • Peptidoglycan recognition protein-LC isoform LCx
  • Peptidoglycan-recognition protein-LC isoform LCa
キーワードMEMBRANE PROTEIN / IMMUNE SYSTEM / TOXIN / Protein-peptidoglycan complex
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of melanization defense response / Peptidoglycans (PGN) bind to a peptidoglycan recognition protein receptor, PGRP-LC/LE / Peptidoglycan bound PGRP-LC/LE oligomerises / Assembly of the PGN:PGRP-LC/LE receptor 'signalling complex' / Activated IkappaB kinase (IKK) complex, Phospho IRD5:KEY dimer, phosphorylates REL in the PGN:PGRP-LC/LE receptor 'signalling complex' / REL binds to DREDD in the PGN:PGRP-LC/LE receptor 'signalling complex' / Phosphorylated REL is cleaved by and dissociates from DREDD / peptidoglycan recognition protein signaling pathway / positive regulation of biosynthetic process of antibacterial peptides active against Gram-negative bacteria / Antimicrobial peptides ...regulation of melanization defense response / Peptidoglycans (PGN) bind to a peptidoglycan recognition protein receptor, PGRP-LC/LE / Peptidoglycan bound PGRP-LC/LE oligomerises / Assembly of the PGN:PGRP-LC/LE receptor 'signalling complex' / Activated IkappaB kinase (IKK) complex, Phospho IRD5:KEY dimer, phosphorylates REL in the PGN:PGRP-LC/LE receptor 'signalling complex' / REL binds to DREDD in the PGN:PGRP-LC/LE receptor 'signalling complex' / Phosphorylated REL is cleaved by and dissociates from DREDD / peptidoglycan recognition protein signaling pathway / positive regulation of biosynthetic process of antibacterial peptides active against Gram-negative bacteria / Antimicrobial peptides / positive regulation of antibacterial peptide biosynthetic process / regulation of humoral immune response / peptidoglycan immune receptor activity / lipopolysaccharide immune receptor activity / Neutrophil degranulation / apicolateral plasma membrane / peptidoglycan binding / response to bacterium / regulation of synaptic plasticity / antibacterial humoral response / presynapse / cytoplasmic vesicle / defense response to virus / defense response to Gram-negative bacterium / defense response to Gram-positive bacterium / immune response / innate immune response / : / zinc ion binding / membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Peptidoglycan recognition protein family domain, metazoa/bacteria / Peptidoglycan recognition protein / Animal peptidoglycan recognition proteins homologous to Bacteriophage T3 lysozyme. / Lysozyme-like / Peptidoglycan recognition protein-like / N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase / N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase domain / N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase/PGRP domain superfamily / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
CITRIC ACID / 2-acetylamino-2-deoxy-alpha-L-idopyranose / Chem-MLD / : / Peptidoglycan-recognition protein LC
類似検索 - 構成要素
生物種Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.1 Å
データ登録者Chang, C.I. / Deisenhofer, J.
引用ジャーナル: Science / 年: 2006
タイトル: Structure of tracheal cytotoxin in complex with a heterodimeric pattern-recognition receptor.
著者: Chang, C.I. / Chelliah, Y. / Borek, D. / Mengin-Lecreulx, D. / Deisenhofer, J.
履歴
登録2005年11月17日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02006年4月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Non-polymer description / Version format compliance
改定 1.32011年10月5日Group: Derived calculations
改定 1.42020年7月29日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / database_PDB_caveat ...chem_comp / database_PDB_caveat / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site / struct_site_gen
Item: _chem_comp.name / _chem_comp.type ..._chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_role / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 1.52023年8月23日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.62023年11月15日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / Item: _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_2
改定 1.72024年11月20日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Peptidoglycan-recognition protein-LC isoform LCa
X: Peptidoglycan recognition protein-LC isoform LCx
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)39,5398
ポリマ－37,7902
非ポリマー1,7496
水3,513195
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3840 Å2
ΔGint-25 kcal/mol
Surface area15440 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)41.123, 79.695, 114.389
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

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タンパク質 , 2種, 2分子 AX

#1: タンパク質 Peptidoglycan-recognition protein-LC isoform LCa / Immune response deficient 7 protein


分子量: 18717.281 Da / 分子数: 1 / 断片: Extracellular domain (residues 355-520) / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
細胞株 (発現宿主): Hi-5 insect cells
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: Q9GNK5
#2: タンパク質 Peptidoglycan recognition protein-LC isoform LCx


分子量: 19072.721 Da / 分子数: 1 / 断片: Extracellular domain (residues 335-500) / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
細胞株 (発現宿主): Hi-5 insect cells
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: GenBank: 20271150, UniProt: Q9GNK5*PLUS

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糖 , 2種, 2分子

#3: 糖 ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
#4: 糖 ChemComp-HSQ / 2-acetylamino-2-deoxy-alpha-L-idopyranose / N-acetyl-alpha-L-idosamine / 2-acetylamino-2-deoxy-alpha-L-idose / 2-acetylamino-2-deoxy-L-idose / 2-acetylamino-2-deoxy-idose / 2-(acetylamino)-2-deoxy-alpha-L-idopyranose


タイプ: L-saccharide, alpha linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
LIdopNAcaCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-a-L-idopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
a-L-IdopNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
IdoNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

-
非ポリマー , 4種, 199分子

#5: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION


分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#6: 化合物 ChemComp-MLD / GLCNAC(BETA1-4)-MURNAC(1,6-ANHYDRO)-L-ALA-GAMMA-D-GLU-MESO-A2PM-D-ALA / 2-ACETAMIDO-2-DEOXY-BETA-D-GLUCOPYRANOSE(BETA1-4)-2-ACETAMIDO-1,6-ANHYDRO-3-O-[(R)-1-CARBOXYETHYL]-2-DEOXY-BETA-D-GLUCOPYRANOSE-L-ALANYL-GAMMA-D-GLUTAMYL-MESO-DIAMINOPIMELYL-D-ALANINE


分子量: 921.899 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C37H59N7O20
#7: 化合物 ChemComp-CIT / CITRIC ACID


分子量: 192.124 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H8O7
#8: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 195 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.48 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.39 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸発脱水法 / pH: 4.2
詳細: 20% polyethylene glycol 1500, 5% ethylene glycol, and 100 mM phosphate-citrate, pH 4.2, EVAPORATION, temperature 298.0K

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データ収集

回折平均測定温度: 110 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.9795 Å
検出器タイプ: CUSTOM-MADE / 検出器: CCD / 日付: 2005年10月22日
放射モノクロメーター: Rosenbaum-Rock monochromator / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.05→50 Å / Num. all: 24185 / Num. obs: 23701 / % possible obs: 98 % / Observed criterion σ(F): -3 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 5.9 % / Rmerge(I) obs: 0.088
反射 シェル解像度: 2.05→2.09 Å / Rmerge(I) obs: 0.497 / Mean I/σ(I) obs: 2 / % possible all: 90.2

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0005精密化
HKL-2000データ削減
SCALEPACKデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: pdb entries 1S2J and 1Z6I

1s2j

1z6i


解像度: 2.1→30 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.96 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.934 / SU B: 8.604 / SU ML: 0.12 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.203 / ESU R Free: 0.172 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.21378 1148 5.1 %RANDOM
Rwork0.1663 ---
all0.16872 22645 --
obs0.16872 21203 98.55 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 19.17 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.01 Å20 Å20 Å2
2---2.05 Å20 Å2
3---1.04 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.1→30 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2653 0 115 195 2963
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.010.0222867
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.022537
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3291.9873893
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.7983.0045827
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.9175336
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg38.92823.333129
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.69415467
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.8631521
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0790.2419
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.023139
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02592
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.1930.2499
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.1810.22504
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.1770.21382
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.0840.21614
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.160.2164
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1770.210
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.2510.234
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1720.28
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.5241.52155
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.1111.5695
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it0.67422692
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.41731424
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it2.2264.51201
LS精密化 シェル解像度: 2.1→2.154 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.251 89 -
Rwork0.185 1431 -
obs--92.57 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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