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- PDB-2f2g: X-Ray Structure of Gene Product From Arabidopsis Thaliana AT3G16990 -
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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 2f2g | |||||||||
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Title | X-Ray Structure of Gene Product From Arabidopsis Thaliana AT3G16990 | |||||||||
![]() | SEED MATURATION PROTEIN PM36 HOMOLOG | |||||||||
![]() | ![]() ![]() ![]() | |||||||||
Function / homology | ![]() ![]() ![]() ![]() Similarity search - Function | |||||||||
Biological species | ![]() ![]() ![]() | |||||||||
Method | ![]() ![]() ![]() ![]() | |||||||||
![]() | Wesenberg, G.W. / Smith, D.W. / Phillips Jr., G.N. / Johnson, K.A. / Bitto, E. / Bingman, C.A. / Center for Eukaryotic Structural Genomics (CESG) | |||||||||
![]() | ![]() Title: Crystal structure of gene locus At3g16990 from Arabidopsis thaliana Authors: Blommel, P.G. / Smith, D.W. / Bingman, C.A. / Dyer, D.H. / Rayment, I. / Holden, H.M. / Fox, B.G. / Phillips Jr., G.N. | |||||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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Download
PDBx/mmCIF format | ![]() | 106.6 KB | Display | ![]() |
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PDB format | ![]() | 86.3 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Similar structure data | |
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Other databases |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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Unit cell |
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Noncrystallographic symmetry (NCS) | NCS domain:
NCS domain segments: Ens-ID: 1 / Refine code: 4
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Components
#1: Protein | Mass: 25332.719 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() #2: Chemical | ChemComp-SO4 / ![]() #3: Chemical | ![]() #4: Water | ChemComp-HOH / | ![]() |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.78 Å3/Da / Density % sol: 55.5 % |
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Crystal grow![]() | Temperature: 277 K / Method: vapor diffusion, hanging drop Details: Protein solution (15 mg/ml protein, 0.025 M sodium chloride, 0.10 M Tris pH 7.5) mixed in a 1:1 ratio with the well solution (0.055 M sodium acetate pH 4.5, 1.05 M ammonium sulfate), ...Details: Protein solution (15 mg/ml protein, 0.025 M sodium chloride, 0.10 M Tris pH 7.5) mixed in a 1:1 ratio with the well solution (0.055 M sodium acetate pH 4.5, 1.05 M ammonium sulfate), temperature 277 K, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 90 K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: MARRESEARCH / Detector: CCD / Date: Jun 26, 2003 / Details: Bent cylindrical Si-mirror (Rh coating) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Monochromator: Diamond (111) double-crystal monochromator / Protocol: MAD / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 2.08→43.81 Å / Num. obs: 30515 / % possible obs: 84.9 % / Redundancy: 9.5 % / Rmerge(I) obs: 0.065 / Net I/σ(I): 22.303 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell |
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-Phasing
Phasing![]() | Method: ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Phasing MAD | D res high: 2.5 Å / D res low: 25 Å / FOM : 0.47 / Reflection: 20370 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Phasing MAD set site |
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Phasing MAD shell |
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Phasing dm | FOM : 0.69 / FOM acentric: 0.73 / FOM centric: 0.5 / Reflection: 20370 / Reflection acentric: 16709 / Reflection centric: 3661 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Phasing dm shell |
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-
Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure![]() ![]() Details: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS, SELENIUM C COEFFICIENT FOR STRUCTURE FACTOR CALCULATION SET TO -9.00, MOLPROBITY USED TO ASSIST IN FINAL MODEL BUILDING.
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Solvent computation | Ion probe radii: 0.8 Å / Shrinkage radii: 0.8 Å / VDW probe radii: 1.2 Å / Solvent model: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 31.599 Å2
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Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.1→43.81 Å
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Refine LS restraints |
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Refine LS restraints NCS | Dom-ID: 1 / Auth asym-ID: A / Ens-ID: 1 / Number: 1452 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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LS refinement shell | Resolution: 2.101→2.156 Å / Total num. of bins used: 20
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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