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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2euu | ||||||
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タイトル | Cytochrome c peroxidase (CCP) in complex with 1H-imidazol-2-ylmethanol | ||||||
![]() | cytochrome c peroxidase | ||||||
![]() | OXIDOREDUCTASE / engineered ligand binding site | ||||||
機能・相同性 | ![]() cytochrome-c peroxidase / cytochrome-c peroxidase activity / response to reactive oxygen species / hydrogen peroxide catabolic process / mitochondrial intermembrane space / peroxidase activity / cellular response to oxidative stress / mitochondrial matrix / heme binding / mitochondrion / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Brenk, R. / Vetter, S.W. / Boyce, S.E. / Goodin, D.B. / Shoichet, B.K. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Probing molecular docking in a charged model binding site. 著者: Brenk, R. / Vetter, S.W. / Boyce, S.E. / Goodin, D.B. / Shoichet, B.K. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 141.5 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 109.5 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 805.9 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 806.7 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 15.9 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 24.5 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 2anzC ![]() 2aqdC ![]() 2as1C ![]() 2as2C ![]() 2as3C ![]() 2as4C ![]() 2as6C ![]() 2eunC ![]() 2euoC ![]() 2eupC ![]() 2euqC ![]() 2eurC ![]() 2eusC ![]() 2eutC ![]() 1aeeS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 ( |
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類似構造データ |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 33458.258 Da / 分子数: 1 / 変異: W191G / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() プラスミド: pT7 CCP / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: ![]() ![]() |
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#2: 化合物 | ChemComp-HEM / |
#3: 化合物 | ChemComp-BVG / |
#4: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.51 Å3/Da / 溶媒含有率: 51 % |
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結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6 詳細: 50 mM KPi 20% MPD, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2005年3月9日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.45→50 Å / Num. all: 59787 / Num. obs: 59787 / % possible obs: 98.5 % / 冗長度: 4.5 % / Rmerge(I) obs: 0.059 / Net I/σ(I): 9.4 |
反射 シェル | 解像度: 1.45→1.5 Å / 冗長度: 4.1 % / Rmerge(I) obs: 0.456 / % possible all: 87.9 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: PDB Entry: 1AEE 解像度: 1.45→50 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.974 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.972 / SU B: 0.905 / SU ML: 0.034 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.063 / ESU R Free: 0.052 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 13.795 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.45→50 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.45→1.488 Å / Total num. of bins used: 20 /
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