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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2df8 | ||||||
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タイトル | Crystal Structure of the PH0510 protein from Pyrococcus horikoshii OT3 in complex with beta-D-Fructopyranose-1-phosphate | ||||||
![]() | 325aa long hypothetical protein | ||||||
![]() | STRUCTURAL GENOMICS / UNKNOWN FUNCTION / sugar binding protein / NPPSFA / National Project on Protein Structural and Functional Analyses / RIKEN Structural Genomics/Proteomics Initiative / RSGI | ||||||
機能・相同性 | ![]() glutamine-fructose-6-phosphate transaminase (isomerizing) activity / UDP-N-acetylglucosamine metabolic process / carbohydrate derivative binding / fructose 6-phosphate metabolic process / protein N-linked glycosylation 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Mizutani, H. / Kunishima, N. / RIKEN Structural Genomics/Proteomics Initiative (RSGI) | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Crystal Structure of the PH0510 protein from Pyrococcus horikoshii OT3 著者: Mizutani, H. / Kunishima, N. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 157.4 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 121.7 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 1.1 MB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 1.2 MB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 32.9 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 50.9 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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詳細 | The biological assembly is a dimmer in the asymmetric unit. |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 36855.723 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() ![]() #2: 糖 | #3: 化合物 | #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.15 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.83 % |
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結晶化 | 温度: 295 K / 手法: マイクロバッチ法 / pH: 7.8 詳細: PEG 3350, lithium acetate, pH 7.8, microbatch, temperature 295K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: RIGAKU JUPITER 210 / 検出器: CCD / 日付: 2005年12月16日 |
放射 | モノクロメーター: bending magnet / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.8 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.5→30 Å / Num. all: 99585 / Num. obs: 99585 / % possible obs: 99 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 4.2 % / Biso Wilson estimate: 13 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.143 / Rsym value: 0.134 / Net I/σ(I): 5.4 |
反射 シェル | 解像度: 1.5→1.55 Å / 冗長度: 4.3 % / Rmerge(I) obs: 0.379 / Mean I/σ(I) obs: 2.76 / Num. unique all: 9376 / Rsym value: 0.334 / % possible all: 93.6 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: PDB ENTRY 2DEC 解像度: 1.5→30 Å / Rfactor Rfree error: 0.003 / Data cutoff high absF: 1459925.2 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
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溶媒の処理 | 溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 51.965 Å2 / ksol: 0.32777 e/Å3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 13 Å2
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Refine analyze |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.5→30 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.5→1.59 Å / Rfactor Rfree error: 0.008 / Total num. of bins used: 6
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Xplor file |
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