登録情報 | データベース: PDB / ID: 2d1s |
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タイトル | Crystal structure of the thermostable Japanese Firefly Luciferase complexed with High-energy intermediate analogue |
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要素 | Luciferin 4-monooxygenase |
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キーワード | OXIDOREDUCTASE / ALPHA/BETA / BETA BARREL / ALPHA+BETA / RIKEN Structural Genomics/Proteomics Initiative / RSGI / Structural Genomics |
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機能・相同性 | 機能・相同性情報
Photinus-luciferin 4-monooxygenase (ATP-hydrolyzing) activity / firefly luciferase / long-chain fatty acid-CoA ligase activity / fatty-acyl-CoA biosynthetic process / bioluminescence / peroxisome / ATP binding / metal ion binding類似検索 - 分子機能 Rossmann fold - #980 / Luciferase; domain 3 / Luciferase; Domain 3 / ANL, C-terminal domain / AMP-binding enzyme, C-terminal domain / AMP-binding enzyme C-terminal domain / AMP-binding, conserved site / Putative AMP-binding domain signature. / GMP Synthetase; Chain A, domain 3 / AMP-dependent synthetase/ligase ...Rossmann fold - #980 / Luciferase; domain 3 / Luciferase; Domain 3 / ANL, C-terminal domain / AMP-binding enzyme, C-terminal domain / AMP-binding enzyme C-terminal domain / AMP-binding, conserved site / Putative AMP-binding domain signature. / GMP Synthetase; Chain A, domain 3 / AMP-dependent synthetase/ligase / AMP-binding enzyme, C-terminal domain superfamily / AMP-binding enzyme / Roll / Rossmann fold / 2-Layer Sandwich / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta類似検索 - ドメイン・相同性 5'-O-[N-(DEHYDROLUCIFERYL)-SULFAMOYL] ADENOSINE / Luciferin 4-monooxygenase類似検索 - 構成要素 |
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生物種 | Luciola cruciata (ホタル) |
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手法 | X線回折 / シンクロトロン / フーリエ合成 / 解像度: 1.3 Å |
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データ登録者 | Nakatsu, T. / Ichiyama, S. / Hiratake, J. / Saldanha, A. / Kobashi, N. / Sakata, K. / Kato, H. / RIKEN Structural Genomics/Proteomics Initiative (RSGI) |
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引用 | ジャーナル: Nature / 年: 2006 タイトル: Structural basis for the spectral difference in luciferase bioluminescence. 著者: Nakatsu, T. / Ichiyama, S. / Hiratake, J. / Saldanha, A. / Kobashi, N. / Sakata, K. / Kato, H. |
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履歴 | 登録 | 2005年8月31日 | 登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ |
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改定 1.0 | 2006年3月21日 | Provider: repository / タイプ: Initial release |
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改定 1.1 | 2008年4月30日 | Group: Version format compliance |
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改定 1.2 | 2011年7月13日 | Group: Version format compliance |
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改定 1.3 | 2021年11月10日 | Group: Database references / Derived calculations カテゴリ: database_2 / struct_conn ...database_2 / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id |
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改定 1.4 | 2023年10月25日 | Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model |
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改定 1.5 | 2023年11月15日 | Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / Item: _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_2 |
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