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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2cst | ||||||
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タイトル | CRYSTAL STRUCTURE OF THE CLOSED FORM OF CHICKEN CYTOSOLIC ASPARTATE AMINOTRANSFERASE AT 1.9 ANGSTROMS RESOLUTION | ||||||
![]() | ASPARTATE AMINOTRANSFERASE | ||||||
![]() | TRANSFERASE(AMINOTRANSFERASE) | ||||||
機能・相同性 | ![]() Amino acid metabolism / phosphatidylserine decarboxylase activity / glutamate catabolic process to aspartate / glutamate catabolic process to 2-oxoglutarate / cysteine transaminase / L-cysteine transaminase activity / Gluconeogenesis / glycerol biosynthetic process / aspartate biosynthetic process / aspartate metabolic process ...Amino acid metabolism / phosphatidylserine decarboxylase activity / glutamate catabolic process to aspartate / glutamate catabolic process to 2-oxoglutarate / cysteine transaminase / L-cysteine transaminase activity / Gluconeogenesis / glycerol biosynthetic process / aspartate biosynthetic process / aspartate metabolic process / glutamate metabolic process / 2-oxoglutarate metabolic process / aspartate catabolic process / aspartate transaminase / L-aspartate:2-oxoglutarate aminotransferase activity / oxaloacetate metabolic process / fatty acid homeostasis / response to glucocorticoid / Notch signaling pathway / gluconeogenesis / cellular response to insulin stimulus / pyridoxal phosphate binding / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() | ||||||
![]() | Malashkevich, V.N. / Strokopytov, B.V. / Borisov, V.V. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Crystal structure of the closed form of chicken cytosolic aspartate aminotransferase at 1.9 A resolution. 著者: Malashkevich, V.N. / Strokopytov, B.V. / Borisov, V.V. / Dauter, Z. / Wilson, K.S. / Torchinsky, Y.M. #1: ![]() タイトル: Three-Dimensional Structure of the Complex of Chicken Cytosolic Aspartate Aminotransferase with 2-Oxoglutarate 著者: Harutyunyan, E.G. / Malashkevich, V.N. / Kochkina, V.M. / Torchinsky, Y.M. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 183.4 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 151.9 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 406.5 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 435.3 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 20.9 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 35.1 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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Atom site foot note | 1: CIS PROLINE - PRO A 138 / 2: CIS PROLINE - PRO A 195 / 3: CIS PROLINE - PRO B 138 / 4: CIS PROLINE - PRO B 195 5: RESIDUE PLP 258 IS A COVALENT ADDUCT (ALDIMINE) BETWEEN LYS 258 AND PLP. | ||||||||
非結晶学的対称性 (NCS) | NCS oper: (Code: given Matrix: (0.937, -0.349, -0.03), ベクター: 詳細 | THE TRANSFORMATION PRESENTED ON *MTRIX* RECORDS BELOW WILL YIELD APPROXIMATE COORDINATES FOR CHAIN B WHEN APPLIED TO CHAIN A. THE TRANSFORMATION PRESENTED ON *MTRIX* RECORDS BELOW WILL YIELD APPROXIMATE COORDINATES FOR CHAIN *B* WHEN APPLIED TO CHAIN *A*. | |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 45857.941 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() #2: 化合物 | #3: 化合物 | #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.41 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.89 % | ||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | *PLUS pH: 5.4 / 手法: 蒸気拡散法 | ||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
反射 | *PLUS 最高解像度: 1.9 Å / 最低解像度: 6 Å / Num. obs: 69643 / % possible obs: 98.5 % / Observed criterion σ(F): 1 / Num. measured all: 310873 / Rmerge(I) obs: 0.095 |
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解析
ソフトウェア | 名称: TNT / 分類: 精密化 | ||||||||||||||||||||||||||||||
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精密化 | 解像度: 1.9→6 Å / σ(F): 1 /
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.9→6 Å
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拘束条件 |
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ソフトウェア | *PLUS 名称: TNT / 分類: refinement | ||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS Rfactor obs: 0.175 | ||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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