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- PDB-2bzi: CRYSTAL STRUCTURE OF THE HUMAN PIM1 IN COMPLEX WITH A RUTHENIUM O... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2bzi
タイトルCRYSTAL STRUCTURE OF THE HUMAN PIM1 IN COMPLEX WITH A RUTHENIUM ORGANOMETALLIC LIGAND RU2
要素PROTO-ONCOGENE SERINE THREONINE PROTEIN KINASE PIM1
キーワードTRANSFERASE / PIM1 / KINASE / CANCER / LEUKEMIA / NUCLEAR PROTEIN / NUCLEOTIDE-BINDING
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of cardioblast proliferation / regulation of hematopoietic stem cell proliferation / vitamin D receptor signaling pathway / cellular detoxification / positive regulation of cyclin-dependent protein serine/threonine kinase activity / STAT5 activation downstream of FLT3 ITD mutants / transcription factor binding / ribosomal small subunit binding / positive regulation of cardiac muscle cell proliferation / Signaling by FLT3 fusion proteins ...positive regulation of cardioblast proliferation / regulation of hematopoietic stem cell proliferation / vitamin D receptor signaling pathway / cellular detoxification / positive regulation of cyclin-dependent protein serine/threonine kinase activity / STAT5 activation downstream of FLT3 ITD mutants / transcription factor binding / ribosomal small subunit binding / positive regulation of cardiac muscle cell proliferation / Signaling by FLT3 fusion proteins / positive regulation of TORC1 signaling / negative regulation of innate immune response / positive regulation of brown fat cell differentiation / protein serine/threonine kinase activator activity / regulation of transmembrane transporter activity / positive regulation of protein serine/threonine kinase activity / negative regulation of DNA-binding transcription factor activity / cellular response to type II interferon / manganese ion binding / Interleukin-4 and Interleukin-13 signaling / protein autophosphorylation / protein stabilization / non-specific serine/threonine protein kinase / protein phosphorylation / protein serine kinase activity / protein serine/threonine kinase activity / positive regulation of DNA-templated transcription / negative regulation of apoptotic process / nucleolus / apoptotic process / nucleoplasm / ATP binding / nucleus / plasma membrane / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
Serine/threonine-protein kinase pim-1/2/3 / : / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / Transferase(Phosphotransferase) domain 1 / Transferase(Phosphotransferase); domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase domain ...Serine/threonine-protein kinase pim-1/2/3 / : / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / Transferase(Phosphotransferase) domain 1 / Transferase(Phosphotransferase); domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase domain / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
RU-PYRIDOCARBAZOLE-2 / Serine/threonine-protein kinase pim-1
類似検索 - 構成要素
生物種HOMO SAPIENS (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.9 Å
データ登録者Debreczeni, J.E. / Bullock, A. / Knapp, S. / von Delft, F. / Sundstrom, M. / Arrowsmith, C. / Weigelt, J. / Edwards, A.
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal Structure of the Human Pim1 in Complex with Ruthenium Organometallic Ligands
著者: Debreczeni, J.E. / Bullock, A. / Knapp, S. / von Delft, F. / Sundstrom, M. / Arrowsmith, C. / Weigelt, J. / Edwards, A.
履歴
登録2005年8月18日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02005年12月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.22018年1月24日Group: Database references / Structure summary / カテゴリ: audit_author / citation_author / Item: _audit_author.name / _citation_author.name
改定 1.32019年5月8日Group: Data collection / Derived calculations / Experimental preparation
カテゴリ: exptl_crystal_grow / struct_conn
Item: _exptl_crystal_grow.method / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag
改定 1.42023年12月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
B: PROTO-ONCOGENE SERINE THREONINE PROTEIN KINASE PIM1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)36,2092
ポリマ－35,7131
非ポリマー4961
水4,828268
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)98.241, 98.241, 80.891
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number170
Space group name H-MP65

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要素

#1: タンパク質 PROTO-ONCOGENE SERINE THREONINE PROTEIN KINASE PIM1


分子量: 35712.578 Da / 分子数: 1 / 変異: YES / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: ISOFORM MUTATION R250G / 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) / プラスミド: P11-TORONTO / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: P11309, EC: 2.7.1.37
#2: 化合物 ChemComp-DW2 / RU-PYRIDOCARBAZOLE-2


分子量: 496.437 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C23H13N3O4Ru
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 268 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
構成要素の詳細ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN B, ARG 250 TO GLY MAY PLAY A ROLE IN SIGNAL TRANSDUCTION IN BLOOD CELLS.
配列の詳細ISOFORM MUTATION R250G

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.15 Å3/Da / 溶媒含有率: 60.65 %
結晶化手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 0.1 M SUCCINATE PHOSPHATE GLYCINE BUFFER PH 6, 30% PEG1K, 0.5% DMSO, SITTING DROP

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: BESSY / ビームライン: 14.2 / 波長: 0.981
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2005年3月4日 / 詳細: MIRRORS
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.981 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.9→50 Å / Num. obs: 34129 / % possible obs: 97.1 % / Observed criterion σ(I): 3 / 冗長度: 5.1 % / Rmerge(I) obs: 0.04 / Net I/σ(I): 15.7
反射 シェル解像度: 1.9→2 Å / 冗長度: 2.9 % / Rmerge(I) obs: 0.24 / Mean I/σ(I) obs: 3.4 / % possible all: 97

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0005精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1XWS

1xws


解像度: 1.9→40 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.944 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.92 / SU B: 9.881 / SU ML: 0.132 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.146 / ESU R Free: 0.148 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.265 1709 5.1 %RANDOM
Rwork0.216 ---
obs0.218 31653 95.1 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 22.54 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.42 Å20.21 Å20 Å2
2--0.42 Å20 Å2
3----0.63 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.9→40 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2214 0 31 268 2513
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0090.0212363
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.022111
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.1061.9793251
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.7734888
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.4895282
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.33123.115122
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.00515.039388
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg15.2121522
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.070.2337
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.022625
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02517
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.1960.2439
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.1720.22227
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.1780.21127
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.0810.21307
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1610.2194
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2720.29
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.2640.250
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1750.218
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.2731405
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.13252233
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.23381232
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it5.08111989
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.9→1.95 Å / Total num. of bins used: 20 /
Rfactor反射数
Rfree0.694 114
Rwork0.626 1799
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.02150.0587-0.17491.9644-0.22571.40170.0368-0.06750.0824-0.09230.03030.043-0.1250.0651-0.067-0.11390.02180.0081-0.1167-0.0373-0.1353-39.492-12.8004-0.8124
210.185212.4891-3.199141.31526.90075.5102-0.2468-0.1321.38560.96460.054-0.8054-0.4033-0.17060.19280.03470.03680.0314-0.05690.03980.0308-41.3451-2.23591.3106
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1B33 - 305
2X-RAY DIFFRACTION2B1306

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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