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万見
- PDB-2bq2: Solution Structure of the DNA Duplex ACGCGU-NA with a 2' Amido-Li... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2bq2
タイトルSolution Structure of the DNA Duplex ACGCGU-NA with a 2' Amido-Linked Nalidixic Acid Residue at the 3' Terminal Nucleotide
要素5'-D(*AP*CP*GP*CP*GP*2AU)-3'
キーワードDNA / NUCLEIC ACID / DEOXYRIBONUCLEIC ACID / DISRUPTED TERMINAL BASEPAIRS / QUINOLONE / SYNTHETIC HYBRID / DNA COMPLEX
機能・相同性NALIDIXIC ACID / DNA
機能・相同性情報
手法溶液NMR / simulated annealing
データ登録者Siegmund, K. / Maheshwary, S. / Narayanan, S. / Connors, W. / Richert, M.
引用ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2005
タイトル: Molecular details of quinolone-DNA interactions: solution structure of an unusually stable DNA duplex with covalently linked nalidixic acid residues and non-covalent complexes derived from it.
著者: Siegmund, K. / Maheshwary, S. / Narayanan, S. / Connors, W. / Riedrich, M. / Printz, M. / Richert, C.
履歴
登録2005年4月26日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02006年8月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年5月1日Group: Atomic model / Derived calculations ...Atomic model / Derived calculations / Non-polymer description / Other / Refinement description / Structure summary / Version format compliance
改定 2.02018年5月9日Group: Atomic model / Data collection / Database references
カテゴリ: atom_site / citation ...atom_site / citation / citation_author / pdbx_nmr_spectrometer
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.type_symbol / _citation.journal_id_ISSN / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.title / _citation_author.name / _pdbx_nmr_spectrometer.model
改定 2.12024年5月15日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_nmr_spectrometer / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_nmr_spectrometer.model / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 5'-D(*AP*CP*GP*CP*GP*2AU)-3'
B: 5'-D(*AP*CP*GP*CP*GP*2AU)-3'
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)4,0854
ポリマ－3,6202
非ポリマー4642
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)2 / 80LOWEST CALCULATED ENERGIES
代表モデル

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要素

#1: DNA鎖 5'-D(*AP*CP*GP*CP*GP*2AU)-3'


分子量: 1810.206 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成
詳細: NALIDIXIC ACID APPENDED TO THE AMINO FUNCTION OF 2'-AMINOURIDINE VIA AN AMIDE BOND
#2: 化合物 ChemComp-NIX / NALIDIXIC ACID / ナリジクス酸


分子量: 232.235 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C12H12N2O3 / コメント: 抗生剤*YM

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
111NOESY
121COSY
131TOCSY
141HSQC
NMR実験の詳細Text: NONE

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試料調製

詳細内容: D2O AND 90% WATER/ 10%D2O
試料状態イオン強度: 160 mM / pH: 7 / 圧: 1.0 atm / 温度: 283.0 K

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NMR測定

NMRスペクトロメータータイプ: Bruker AVANCE / 製造業者: Bruker / モデル: AVANCE / 磁場強度: 800 MHz

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解析

NMR software
名称開発者分類
CNSBRUNGER,ADAMS,CLORE,DELANO,GROS,GROSSE- KUNSTLEVE,JIANG,KUSZEWSKI,NILGES,PANNU,READ, RICE,SIMONSON,WARREN精密化
CNS構造決定
精密化手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 1 / 詳細: SEE PRIMARY CITATION FOR DETAILS
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: LOWEST CALCULATED ENERGIES
計算したコンフォーマーの数: 80 / 登録したコンフォーマーの数: 2

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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