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万見
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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2bow
タイトルMULTIDRUG-BINDING DOMAIN OF TRANSCRIPTION ACTIVATOR BMRR IN COMPLEX WITH A LIGAND, TETRAPHENYLPHOSPHONIUM
要素MULTIDRUG-EFFLUX TRANSPORTER 1 REGULATOR BMRR
キーワードTRANSCRIPTION ACTIVATOR / MULTIDRUG BINDING
機能・相同性
機能・相同性情報


DNA-binding transcription factor activity / DNA binding
類似検索 - 分子機能
GyrI-like small molecule binding domain / Multidrug-efflux Transporter 1 Regulator Bmrr; Chain A / Regulatory factor, effector binding domain / GyrI-like small molecule binding domain / Regulatory factor, effector binding domain superfamily / MerR-type HTH domain signature. / : / MerR HTH family regulatory protein / MerR-type HTH domain profile. / helix_turn_helix, mercury resistance ...GyrI-like small molecule binding domain / Multidrug-efflux Transporter 1 Regulator Bmrr; Chain A / Regulatory factor, effector binding domain / GyrI-like small molecule binding domain / Regulatory factor, effector binding domain superfamily / MerR-type HTH domain signature. / : / MerR HTH family regulatory protein / MerR-type HTH domain profile. / helix_turn_helix, mercury resistance / MerR-type HTH domain / Putative DNA-binding domain superfamily / Alpha-Beta Barrel / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
: / TETRAPHENYLPHOSPHONIUM / Multidrug-efflux transporter 1 regulator
類似検索 - 構成要素
生物種Bacillus subtilis (枯草菌)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.8 Å
データ登録者Zheleznova, E.E. / Markham, P.N. / Neyfakh, A.A. / Brennan, R.G.
引用ジャーナル: Cell(Cambridge,Mass.) / 年: 1999
タイトル: Structural basis of multidrug recognition by BmrR, a transcription activator of a multidrug transporter.
著者: Zheleznova, E.E. / Markham, P.N. / Neyfakh, A.A. / Brennan, R.G.
履歴
登録1998年8月6日処理サイト: BNL
改定 1.01999年8月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月24日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Derived calculations / Version format compliance
改定 1.32023年8月9日Group: Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: database_2 / pdbx_initial_refinement_model ...database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_struct_special_symmetry / software / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.value / _software.name / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr1_symmetry / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42024年5月22日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: MULTIDRUG-EFFLUX TRANSPORTER 1 REGULATOR BMRR
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)18,9824
ポリマ－18,4921
非ポリマー4903
水19811
1
A: MULTIDRUG-EFFLUX TRANSPORTER 1 REGULATOR BMRR
ヘテロ分子

A: MULTIDRUG-EFFLUX TRANSPORTER 1 REGULATOR BMRR
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)37,9658
ポリマ－36,9842
非ポリマー9816
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation10_665-y+1,-x+1,-z+2/31
Buried area3510 Å2
ΔGint-22 kcal/mol
Surface area13930 Å2
手法PISA, PQS
2
A: MULTIDRUG-EFFLUX TRANSPORTER 1 REGULATOR BMRR
ヘテロ分子

A: MULTIDRUG-EFFLUX TRANSPORTER 1 REGULATOR BMRR
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)37,9658
ポリマ－36,9842
非ポリマー9816
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation12_565x,x-y+1,-z+1/31
Buried area2420 Å2
ΔGint-43 kcal/mol
Surface area15130 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)82.600, 82.600, 104.200
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number180
Space group name H-MP6222
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-160-

MN

21A-161-

SO4

31A-165-

HOH

-
要素

#1: タンパク質 MULTIDRUG-EFFLUX TRANSPORTER 1 REGULATOR BMRR / BRC


分子量: 18492.049 Da / 分子数: 1 / 断片: MULTIDRUG-BINDING DOMAIN / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bacillus subtilis (枯草菌) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P39075
#2: 化合物 ChemComp-MN / MANGANESE (II) ION


分子量: 54.938 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mn
#3: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 化合物 ChemComp-P4P / TETRAPHENYLPHOSPHONIUM / テトラフェニルホスホニウム


分子量: 339.389 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C24H20P
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 11 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.77 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.65 %
結晶化pH: 6.5 / 詳細: pH 6.5
結晶化
*PLUS
pH: 6.5 / 手法: unknown
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細
110 mMTPP11
21.5 Mammonium sulfate11
30.1 Msodium cacodylate11pH6.5
45 %MPD11

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データ収集

回折平均測定温度: 293 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RUH3R / 波長: 1.5418
検出器タイプ: RIGAKU / 検出器: IMAGE PLATE / 詳細: MIRRORS
放射単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.8→42.2 Å / Num. obs: 5322 / % possible obs: 95 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 4.6 % / Rsym value: 0.083 / Net I/σ(I): 14.7
反射 シェル解像度: 2.8→2.9 Å / Mean I/σ(I) obs: 3.8 / % possible all: 90
反射
*PLUS
Num. measured all: 24335 / Rmerge(I) obs: 0.083
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 90 %

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
EPMR位相決定
TNT5D精密化
bioteXデータ削減
bioteXデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1BOW

1bow


解像度: 2.8→16 Å / Isotropic thermal model: TNT BCORREL / 交差検証法: RFREE / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: TNT CSDX_PROTGEO
Rfactor反射数%反射
Rfree0.32 -10 %
all0.235 --
obs0.235 5285 95 %
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.8→16 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1045 0 31 11 1087
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.014
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg1.72
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONt_incorr_chiral_ct0
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes
X-RAY DIFFRACTIONt_it4.03
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd
ソフトウェア
*PLUS
名称: TNT / バージョン: 5D / 分類: refinement
精密化
*PLUS
Rfactor Rfree: 0.326
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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