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万見
- PDB-2bf9: Anisotropic refinement of avian (turkey) pancreatic polypeptide a... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2bf9
タイトルAnisotropic refinement of avian (turkey) pancreatic polypeptide at 0. 99 Angstroms resolution.
要素PANCREATIC HORMONE
キーワードHORMONE / PANCREATIC HORMONE / TURKEY / PANCREAS / POLYPEPTIDE / ATOMIC RESOLUTION / ANISOTROPIC REFINEMENT
機能・相同性
機能・相同性情報


neuropeptide Y receptor binding / neuropeptide hormone activity / feeding behavior / neuropeptide signaling pathway / extracellular space
類似検索 - 分子機能
Pancreatic hormone-like / Pancreatic hormone-like, conserved site / Pancreatic hormone peptide / Pancreatic hormone family signature. / Pancreatic hormone family profile. / Pancreatic hormones / neuropeptide F / peptide YY family
類似検索 - ドメイン・相同性
Pancreatic polypeptide
類似検索 - 構成要素
生物種MELEAGRIS GALLOPAVO (シチメンチョウ)
手法X線回折 / 単一同系置換・異常分散 / 解像度: 0.99 Å
データ登録者Tickle, I. / Glover, I. / Pitts, J. / Wood, S. / Blundell, T.L.
引用
ジャーナル: Biopolymers / 年: 1983
タイトル: Conformational Flexibility in a Small Globular Hormone. X-Ray Analysis of Avian Pancreatic Polypeptide at 0.98 Angstroms Resolution
著者: Glover, I. / Haneef, I. / Pitts, J. / Wood, S. / Moss, D. / Tickle, I. / Blundell, T.L.
#1: ジャーナル: Kristallografiya / 年: 1982
タイトル: Crystal Structure Analysis of Avian Pancreatic Polypeptide at 1.37 Angstroms Resolution
著者: Pitts, J.E. / Tickle, I.J. / Wood, S.P. / Blundell, T.L.
#2: ジャーナル: Sov.Phys.Crystallogr.(Engl. Transl.) / 年: 1982
タイトル: Crystal Structure Analysis of Avian Pancreatic Polypeptide at 1.37 Angstroms Resolution
著者: Pitts, J.E. / Tickle, I.J. / Wood, S.P. / Blundell, T.L.
#3: ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 1981
タイトル: X-Ray Analysis (1.4-Angstroms Resolution) of Avian Pancreatic Polypeptide. Small Globular Protein Hormone
著者: Blundell, T.L. / Pitts, J.E. / Tickle, I.J. / Wood, S.P. / Wu, C.-W.
#4: ジャーナル: Eur.J.Biochem. / 年: 1977
タイトル: Purification, Crystallisation and Preliminary X-Ray Studies on Avian Pancreatic Polypeptide
著者: Wood, S.P. / Pitts, J.E. / Blundell, T.L. / Tickle, I.J. / Jenkins, J.A.
#5: ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 1975
タイトル: Isolation and Characterization of a New Pancreatic Polypeptide Hormone
著者: Kimmel, J.R. / Hayden, L.J. / Pollock, H.G.
履歴
登録2004年12月6日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02004年12月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年5月8日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32019年5月22日Group: Data collection / Derived calculations ...Data collection / Derived calculations / Other / Refinement description
カテゴリ: pdbx_database_proc / pdbx_database_status ...pdbx_database_proc / pdbx_database_status / refine / struct_conn
Item: _pdbx_database_status.recvd_author_approval / _refine.pdbx_ls_cross_valid_method / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag
改定 2.02025年4月9日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Polymer sequence / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / entity_poly / pdbx_database_status / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.type ..._chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.type / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code_can / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr1_symmetry / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: PANCREATIC HORMONE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)4,3072
ポリマ－4,2421
非ポリマー651
水1,47782
1
A: PANCREATIC HORMONE
ヘテロ分子

A: PANCREATIC HORMONE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)8,6144
ポリマ－8,4832
非ポリマー1312
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-x,y,-z1
手法PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)34.180, 32.920, 28.450
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 105.26, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-2004-

HOH

21A-2032-

HOH

31A-2048-

HOH

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要素

#1: タンパク質・ペプチド PANCREATIC HORMONE / AVIAN PANCREATIC POLYPEPTIDE / PP / PANCREATIC POLYPEPTIDE


分子量: 4241.634 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: COLLECTED FROM COMMERCIAL UK TURKEY FARM.
由来: (天然) MELEAGRIS GALLOPAVO (シチメンチョウ)
Cell: ISLETS OF LANGERHANS / 器官: PANCREAS / 参照: UniProt: P68249
#2: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 82 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 4

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.8 Å3/Da / 溶媒含有率: 31.14 %
結晶化pH: 7
詳細: 5MG/ML POLYPEPTIDE IN 0.1M TRIS-HCL BUFFER, 0.001M ZN(OAC)2, pH 7.00

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データ収集

回折平均測定温度: 293 K
放射光源由来: SEALED TUBE / タイプ: HILGER-WATTS 1.2KW / 波長: 1.54178
検出器タイプ: HILGER-WATTS / 検出器: Y290 SCINTILLATION COUNTER / 日付: 1983年1月1日 / 詳細: HELIUM PATH
放射モノクロメーター: NI FILTER / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.54178 Å / 相対比: 1
反射解像度: 0.99→27.45 Å / Num. obs: 17058 / % possible obs: 94.7 % / 冗長度: 3.2 % / Rmerge(I) obs: 0.06

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
SHELXL-97精密化
ON-LINECENTROID INTEGRATIONデータ削減
HRSデータスケーリング
CCP4位相決定
精密化構造決定の手法: 単一同系置換・異常分散 / 解像度: 0.99→27.45 Å / Num. parameters: 3457 / Num. restraintsaints: 1694 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: ENGH AND HUBER
詳細: THIS IS A REFINEMENT OF PDB ENTRY 1PPT USING NEW X-RAY DATA AT ATOMIC RESOLUTION.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1794 852 5 %RANDOM
all0.1371 17058 --
obs0.1368 -94.72 %-
Refine analyzeNum. disordered residues: 1 / Occupancy sum hydrogen: 281 / Occupancy sum non hydrogen: 382.5
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 0.99→27.45 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数301 0 1 82 384
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONs_bond_d0.013
X-RAY DIFFRACTIONs_angle_d0.026
X-RAY DIFFRACTIONs_similar_dist0
X-RAY DIFFRACTIONs_from_restr_planes0.0198
X-RAY DIFFRACTIONs_zero_chiral_vol0.093
X-RAY DIFFRACTIONs_non_zero_chiral_vol0.082
X-RAY DIFFRACTIONs_anti_bump_dis_restr0.013
X-RAY DIFFRACTIONs_rigid_bond_adp_cmpnt0.007
X-RAY DIFFRACTIONs_similar_adp_cmpnt0
X-RAY DIFFRACTIONs_approx_iso_adps0

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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