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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2be0 | ||||||||||||||||||||
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タイトル | Complex Between Paromomycin Derivative JS5-39 and the 16S-Rrna A-Site. | ||||||||||||||||||||
要素 | 5'-R(*キーワード | RNA/antibiotic / RNA-AMINOGLYCOSIDE INTERACTIONS / A SITE / UOU PAIRS / AA BULGES / RNA-antibiotic complex | 機能・相同性 | Chem-JS5 / RNA / RNA (> 10) | 機能・相同性情報 生物種 | Streptomyces rimosus subsp. paromomycinus (バクテリア) | 手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.63 Å | データ登録者 | Francois, B. / Westhof, E. | 引用 | ジャーナル: ANGEW.CHEM.INT.ED.ENGL. / 年: 2004 | タイトル: Antibacterial aminoglycosides with a modified mode of binding to the ribosomal-RNA decoding site 著者: Francois, B. / Szychowski, J. / Adhikari, S.S. / Pachamuthu, K. / Swayze, E.E. / Griffey, R.H. / Migawa, M.T. / Westhof, E. / Hanessian, S. 履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 2be0.cif.gz | 37.3 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb2be0.ent.gz | 25.9 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 2be0.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 2be0_validation.pdf.gz | 1 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 2be0_full_validation.pdf.gz | 1 MB | 表示 | |
XML形式データ | 2be0_validation.xml.gz | 6.2 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 2be0_validation.cif.gz | 7.4 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/be/2be0 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/be/2be0 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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詳細 | The biological assembly is the duplex |
-要素
#1: RNA鎖 | 分子量: 7048.259 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: 16S Rrna A Site 由来: (合成) Streptomyces rimosus subsp. paromomycinus (バクテリア) #2: 化合物 | #3: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.69 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.34 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | 温度: 310 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.4 詳細: 6% MPD, 0.3M potassium chloride, 5% glycerol, 0.1M cacodylate, pH 6.4, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 310K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 |
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 110 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-2 / 波長: 0.933 Å |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2004年2月13日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.933 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.63→50 Å / Num. all: 46641 / Num. obs: 46641 / % possible obs: 99 % / Observed criterion σ(I): 5 / 冗長度: 10 % / Rmerge(I) obs: 0.06 / Net I/σ(I): 28 |
反射 シェル | 解像度: 2.63→2.72 Å / Rmerge(I) obs: 0.26 / Mean I/σ(I) obs: 9.4 / % possible all: 100 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB ENTRY 1J7T 解像度: 2.63→30 Å / σ(F): 2 詳細: G. PARKINSON, J. VOJTECHOVSKY, L. CLOWNEY,A.T. BRUNGER, H.M. BERMAN, NEW PARAMETERS FOR THE REFINEMENT OF NUCLEIC ACID CONTAINING STRUCTURES, ACTA CRYST. D, 52, 57-64 (1996)
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Refine analyze | Luzzati coordinate error obs: 0.42 Å / Luzzati sigma a obs: 0.52 Å | ||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.63→30 Å
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拘束条件 |
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Xplor file |
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