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- PDB-2b4r: Crystal structure of glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase fro... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2b4r
タイトルCrystal structure of glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase from Plasmodium falciparum at 2.25 Angstrom Resolution reveals intriguing extra electron density in the active site
要素glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase
キーワードOXIDOREDUCTASE / SGPP / STRUCTURAL GENOMICS / PSI / PROTEIN STRUCTURE INITIATIVE / GAPDH / GLYCERALDEHYDE-3-PHOSPHATE DEHYDROGENASE / Structural Genomics of Pathogenic Protozoa Consortium
機能・相同性
機能・相同性情報


glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase (phosphorylating) / glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase (NAD+) (phosphorylating) activity / glycolytic process / glucose metabolic process / NAD binding / NADP binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
Glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase, type I / Glyceraldehyde 3-phosphate dehydrogenase, active site / Glyceraldehyde 3-phosphate dehydrogenase active site. / Glyceraldehyde 3-phosphate dehydrogenase, NAD binding domain / Glyceraldehyde 3-phosphate dehydrogenase, NAD(P) binding domain / Glyceraldehyde 3-phosphate dehydrogenase, catalytic domain / Glyceraldehyde/Erythrose phosphate dehydrogenase family / Glyceraldehyde 3-phosphate dehydrogenase, C-terminal domain / Glyceraldehyde 3-phosphate dehydrogenase, NAD binding domain / Dihydrodipicolinate Reductase; domain 2 ...Glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase, type I / Glyceraldehyde 3-phosphate dehydrogenase, active site / Glyceraldehyde 3-phosphate dehydrogenase active site. / Glyceraldehyde 3-phosphate dehydrogenase, NAD binding domain / Glyceraldehyde 3-phosphate dehydrogenase, NAD(P) binding domain / Glyceraldehyde 3-phosphate dehydrogenase, catalytic domain / Glyceraldehyde/Erythrose phosphate dehydrogenase family / Glyceraldehyde 3-phosphate dehydrogenase, C-terminal domain / Glyceraldehyde 3-phosphate dehydrogenase, NAD binding domain / Dihydrodipicolinate Reductase; domain 2 / Dihydrodipicolinate Reductase; domain 2 / NAD(P)-binding Rossmann-like Domain / NAD(P)-binding domain superfamily / Rossmann fold / 2-Layer Sandwich / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
4-(2-AMINOETHYL)BENZENESULFONYL FLUORIDE / NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE / Glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase
類似検索 - 構成要素
生物種Plasmodium falciparum (マラリア病原虫)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.25 Å
データ登録者Robien, M.A. / Bosch, J. / Hol, W.G.J. / Structural Genomics of Pathogenic Protozoa Consortium (SGPP)
引用ジャーナル: Proteins / 年: 2006
タイトル: Crystal structure of glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase from Plasmodium falciparum at 2.25 A resolution reveals intriguing extra electron density in the active site
著者: Robien, M.A. / Bosch, J. / Buckner, F.S. / Van Voorhis, W.C. / Worthey, E.A. / Myler, P. / Mehlin, C. / Boni, E.E. / Kalyuzhniy, O. / Anderson, L. / Lauricella, A. / Gulde, S. / Luft, J.R. / ...著者: Robien, M.A. / Bosch, J. / Buckner, F.S. / Van Voorhis, W.C. / Worthey, E.A. / Myler, P. / Mehlin, C. / Boni, E.E. / Kalyuzhniy, O. / Anderson, L. / Lauricella, A. / Gulde, S. / Luft, J.R. / Detitta, G. / Caruthers, J.M. / Hodgson, K.O. / Soltis, M. / Zucker, F. / Verlinde, C.L. / Merritt, E.A. / Schoenfeld, L.W. / Hol, W.G.
履歴
登録2005年9月26日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
置き換え2005年10月4日ID: 1ZYA
改定 1.02005年10月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.32021年10月20日Group: Database references / Derived calculations / カテゴリ: database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42023年8月23日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
O: glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase
P: glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase
Q: glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase
R: glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)154,20915
ポリマ－150,5774
非ポリマー3,63211
水4,630257
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area21920 Å2
ΔGint-127 kcal/mol
Surface area44670 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)69.327, 104.585, 90.838
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 107.35, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質
glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase


分子量: 37644.266 Da / 分子数: 4 / 変異: V3A, N336T N337S / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Plasmodium falciparum (マラリア病原虫)
遺伝子: PF14_0598 / プラスミド: PET14B / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21STAR(DE3)
参照: UniProt: Q8T6B1, glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase (phosphorylating)
#2: 化合物
ChemComp-NAD / NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE


分子量: 663.425 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H27N7O14P2 / コメント: NAD*YM
#3: 化合物 ChemComp-AES / 4-(2-AMINOETHYL)BENZENESULFONYL FLUORIDE / AEBSF / AEBSF


分子量: 203.234 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H10FNO2S / コメント: プロテアーゼ阻害剤*YM
#4: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 257 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.1 Å3/Da / 溶媒含有率: 40.6 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 30% PEG 3350; 200 MILLIMOLAR NA F; 100 MILLIMOLAR BIS-TRIS-PROPANE, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K

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データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-ID
11001
21001
1,21
放射光源
由来サイトビームラインID波長 (Å)
シンクロトロンSSRL BL9-210.980699
シンクロトロンSSRL BL9-220.980699
検出器
タイプID検出器日付詳細
ADSC QUANTUM 3151CCD2005年3月4日double crystal monochromator
QUANTUM 3152CCD2005年3月4日double crystal monochromator
放射
IDモノクロメータープロトコル単色(M)・ラウエ(L)散乱光タイプWavelength-ID
1Double crystalSINGLE WAVELENGTHMx-ray1
2Double crystalSINGLE WAVELENGTHMx-ray1
放射波長波長: 0.980699 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.25→46.37 Å / Num. all: 54043 / Num. obs: 54043 / % possible obs: 96.9 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 3.7 % / Biso Wilson estimate: 49.5 Å2 / Rsym value: 0.093 / Net I/σ(I): 7.4
反射 シェル解像度: 2.25→2.37 Å / 冗長度: 3.4 % / Mean I/σ(I) obs: 2.2 / Rsym value: 0.507 / % possible all: 87.1

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0005精密化
MOSFLMデータ削減
CCP4(SCALA)データスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1J0X

1j0x


解像度: 2.25→46.37 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.964 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.935 / SU B: 18.801 / SU ML: 0.233 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.392 / ESU R Free: 0.247 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2428 2892 5.1 %RANDOM
Rwork0.18282 ---
all0.18587 54043 --
obs0.18587 54043 96.94 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 65.472 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.25 Å20 Å20.14 Å2
2---0.25 Å20 Å2
3---0.08 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.25→46.37 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数10204 0 239 257 10700
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0070.02210428
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.029475
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.0881.9814213
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.715321898
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.7751332
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg37.4924.293396
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.111151600
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg16.0431543
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0590.21649
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0030.0211579
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.022008
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.1760.22034
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.1650.29929
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.1690.25059
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.0790.26108
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1450.2465
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.0770.27
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.1370.227
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1010.23
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.34648503
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.26942740
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.753610616
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.94564416
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it2.817103597
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.25→2.371 Å / Total num. of bins used: 10
Rfactor反射数%反射
Rfree0.395 357 -
Rwork0.308 7082 -
obs--87.09 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.2483-0.1511-0.23231.83410.42371.7830.27410.29330.444-0.4686-0.1903-0.401-0.29960.1536-0.0838-0.4210.00660.0307-0.23540.1252-0.154723.92414.837.297
21.2413-0.5023-0.48082.41421.01062.36450.03440.2803-0.48130.2534-0.39640.60380.742-0.4180.362-0.3913-0.07-0.0984-0.1328-0.1741-0.26664.14-17.5128.759
32.1626-1.1296-0.59311.5873-0.0510.5313-0.3495-0.39350.1420.72060.183-0.25870.28270.15580.1665-0.35640.0495-0.2455-0.4271-0.0226-0.592829.516-6.00139.312
41.1486-0.6222-0.31851.44330.28941.3334-0.0494-0.1142-0.0480.6374-0.10040.49460.1677-0.16220.1498-0.2602-0.13480.083-0.2288-0.1262-0.1104-5.7988.63935.453
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1OA3 - 33611 - 344
2X-RAY DIFFRACTION2PB3 - 33611 - 344
3X-RAY DIFFRACTION3QC3 - 33611 - 344
4X-RAY DIFFRACTION4RD3 - 33611 - 344

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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