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万見
- PDB-2avx: solution structure of E coli SdiA1-171 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2avx
タイトルsolution structure of E coli SdiA1-171
要素Regulatory protein sdiA
キーワードTRANSCRIPTION / homoserine lactone / quorum sensing
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of DNA-templated transcription initiation / cell division / DNA binding
類似検索 - 分子機能
Transcription factor LuxR-like, autoinducer-binding domain / Transcription factor LuxR-like, autoinducer-binding domain / Transcription factor LuxR-like, autoinducer-binding domain superfamily / Autoinducer binding domain / LuxR-type HTH domain signature. / LuxR-type HTH domain profile. / Transcription regulator LuxR, C-terminal / Bacterial regulatory proteins, luxR family / helix_turn_helix, Lux Regulon / Signal transduction response regulator, C-terminal effector ...Transcription factor LuxR-like, autoinducer-binding domain / Transcription factor LuxR-like, autoinducer-binding domain / Transcription factor LuxR-like, autoinducer-binding domain superfamily / Autoinducer binding domain / LuxR-type HTH domain signature. / LuxR-type HTH domain profile. / Transcription regulator LuxR, C-terminal / Bacterial regulatory proteins, luxR family / helix_turn_helix, Lux Regulon / Signal transduction response regulator, C-terminal effector / Beta-Lactamase / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
N-(2-OXOTETRAHYDROFURAN-3-YL)OCTANAMIDE / Regulatory protein SdiA
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法溶液NMR / torsion angle dynamics simulated annealing
データ登録者Yao, Y. / Martinez-Yamout, M.A. / Dickerson, T.J. / Brogan, A.P. / Wright, P.E. / Dyson, H.J.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2006
タイトル: Structure of the Escherichia coli quorum sensing protein SdiA: activation of the folding switch by acyl homoserine lactones.
著者: Yao, Y. / Martinez-Yamout, M.A. / Dickerson, T.J. / Brogan, A.P. / Wright, P.E. / Dyson, H.J.
履歴
登録2005年8月30日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02006年6月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32021年10月20日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_nmr_software ...database_2 / pdbx_nmr_software / pdbx_nmr_spectrometer / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_nmr_software.name / _pdbx_nmr_spectrometer.model / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42024年5月22日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Regulatory protein sdiA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)20,6182
ポリマ－20,3901
非ポリマー2271
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 100structures with the lowest energy
代表モデルモデル #1lowest energy

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要素

#1: タンパク質 Regulatory protein sdiA


分子量: 20390.295 Da / 分子数: 1 / 変異: Q2S, N127E / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: sdiA / プラスミド: pET21a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): EL21(DE3) / 参照: UniProt: P07026
#2: 化合物 ChemComp-HTF / N-(2-OXOTETRAHYDROFURAN-3-YL)OCTANAMIDE / N-OCTANOYL-L-HOMOSERINE LACTONE / N-オクタノイル-L-ホモセリンラクトン


分子量: 227.300 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C12H21NO3

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1123D 13C-separated NOESY
1213D 15N-separated NOESY
133HNCA
143HNCO
153HN(CO)CA
163HNCB

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試料調製

詳細
Solution-ID内容溶媒系
10.2 mM 13C, 15N labeled protein,50mM sodium acetic, 2mM DTT, 1mM EDTA, 0.2M Urea,pH 4.2, H2OH2O
20.2 mM 13C, 15N labeled protein,50mM sodium acetic, 2mM DTT, 1mM EDTA, 0.2M Urea,pH 4.2, D2OD2O
30.3 mM 13C, 15N, 2H labeled protein,50mM sodium acetic, 2mM DTT, 1mM EDTA, 0.2M Urea,pH 4.2, H2OH2O
試料状態イオン強度: 50mM / pH: 4.2 / 温度: 293 K

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NMR測定

放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M
放射波長相対比: 1
NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Bruker DRXBrukerDRX6001
Bruker AVANCEBrukerAVANCE7502
Bruker AVANCEBrukerAVANCE8003
Bruker AVANCEBrukerAVANCE9004

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解析

NMR software
名称バージョン分類
CYANA1.5構造決定
Amber8精密化
精密化手法: torsion angle dynamics simulated annealing / ソフトェア番号: 1
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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