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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2akr | |||||||||
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タイトル | Structural basis of sulfatide presentation by mouse CD1d | |||||||||
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![]() | IMMUNE SYSTEM / NKT cells / CD1d / MHC fold / sulfatide / self-antigen / TCR | |||||||||
機能・相同性 | ![]() regulation of immature T cell proliferation in thymus / positive regulation of NK T cell differentiation / positive regulation of NK T cell activation / NK T cell differentiation / endogenous lipid antigen binding / exogenous lipid antigen binding / antigen processing and presentation, endogenous lipid antigen via MHC class Ib / antigen processing and presentation, exogenous lipid antigen via MHC class Ib / lipopeptide binding / positive thymic T cell selection ...regulation of immature T cell proliferation in thymus / positive regulation of NK T cell differentiation / positive regulation of NK T cell activation / NK T cell differentiation / endogenous lipid antigen binding / exogenous lipid antigen binding / antigen processing and presentation, endogenous lipid antigen via MHC class Ib / antigen processing and presentation, exogenous lipid antigen via MHC class Ib / lipopeptide binding / positive thymic T cell selection / positive regulation of macrophage activation / Endosomal/Vacuolar pathway / DAP12 interactions / Antigen Presentation: Folding, assembly and peptide loading of class I MHC / ER-Phagosome pathway / DAP12 signaling / Immunoregulatory interactions between a Lymphoid and a non-Lymphoid cell / positive regulation of interleukin-4 production / antigen processing and presentation / regulation of immune response / cellular defense response / T cell receptor binding / positive regulation of interleukin-2 production / Neutrophil degranulation / cellular response to iron(III) ion / antigen processing and presentation of exogenous protein antigen via MHC class Ib, TAP-dependent / negative regulation of forebrain neuron differentiation / regulation of erythrocyte differentiation / peptide antigen assembly with MHC class I protein complex / regulation of iron ion transport / response to molecule of bacterial origin / MHC class I peptide loading complex / HFE-transferrin receptor complex / T cell mediated cytotoxicity / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class I / positive regulation of T cell cytokine production / MHC class I protein complex / multicellular organismal-level iron ion homeostasis / negative regulation of neurogenesis / peptide antigen assembly with MHC class II protein complex / positive regulation of receptor-mediated endocytosis / MHC class II protein complex / cellular response to nicotine / positive regulation of T cell mediated cytotoxicity / phagocytic vesicle membrane / positive regulation of cellular senescence / peptide antigen binding / negative regulation of epithelial cell proliferation / antigen processing and presentation of exogenous peptide antigen via MHC class II / positive regulation of immune response / positive regulation of type II interferon production / sensory perception of smell / late endosome / positive regulation of T cell activation / negative regulation of neuron projection development / MHC class II protein complex binding / late endosome membrane / iron ion transport / T cell differentiation in thymus / protein refolding / protein homotetramerization / intracellular iron ion homeostasis / amyloid fibril formation / learning or memory / lysosome / early endosome / endosome membrane / immune response / lysosomal membrane / external side of plasma membrane / innate immune response / structural molecule activity / Golgi apparatus / protein homodimerization activity / extracellular space / cytosol 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | ![]() ![]() | |||||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | |||||||||
![]() | Zajonc, D.M. / Halder, R. / Wu, D. / Maricic, I. / Roy, K. / Wong, C.-H. / Kumar, V. / Wilson, I.A. | |||||||||
![]() | ![]() タイトル: Structural basis for CD1d presentation of a sulfatide derived from myelin and its implications for autoimmunity 著者: Zajonc, D.M. / Maricic, I. / Wu, D. / Halder, R. / Roy, K. / Wong, C.-H. / Kumar, V. / Wilson, I.A. | |||||||||
履歴 |
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Remark 999 | SEQUENCE The Swiss-Prot entry P11609 conflicts with Bradbury et al., 1988 which suggests a ...SEQUENCE The Swiss-Prot entry P11609 conflicts with Bradbury et al., 1988 which suggests a histidine in place of aspartate. Author sequence agrees with the citation. |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 334.7 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 271.1 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 1.2 MB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 1.2 MB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 39.9 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 57.9 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 1z5lS S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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単位格子 |
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詳細 | heterodimer formed by CD1d and beta-2-microglobulin |
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要素
-タンパク質 , 2種, 4分子 ACBD
#1: タンパク質 | 分子量: 32632.668 Da / 分子数: 2 / 断片: extracellular domain, residues 19-297 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() 発現宿主: ![]() ![]() 株 (発現宿主): SF9 cells / 参照: UniProt: P11609 #2: タンパク質 | 分子量: 11660.350 Da / 分子数: 2 / 断片: residues 21-119 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() 発現宿主: ![]() ![]() 株 (発現宿主): SF9 cells / 参照: GenBank: 55153801, UniProt: P01887*PLUS |
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-糖 , 2種, 6分子 ![](data/chem/img/NAG.gif)
#3: 多糖 | 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose |
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#4: 糖 | ChemComp-NAG / |
-非ポリマー , 2種, 750分子 ![](data/chem/img/CIS.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#5: 化合物 | #6: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.66 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.8 % |
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結晶化 | 温度: 277 K / pH: 6.5 詳細: ammonium sulfate, NaCl, sodium cacodylate, manganese chloride, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277.0K, pH 6.50 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 120 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2005年4月15日 |
放射 | モノクロメーター: CURVED CRYSTAL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.97976 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.9→50 Å / Num. obs: 67171 / % possible obs: 98.7 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 2.4 % / Biso Wilson estimate: 19.8 Å2 / Rsym value: 0.089 / Net I/σ(I): 15.9 |
反射 シェル | 解像度: 1.9→1.97 Å / Mean I/σ(I) obs: 2.4 / Rsym value: 0.58 / % possible all: 99.7 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: PDB ENTRY 1Z5L 解像度: 1.9→41.38 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.955 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.924 / SU B: 7.941 / SU ML: 0.118 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.152 / ESU R Free: 0.155 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 27.481 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.9→41.38 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.9→1.95 Å / Total num. of bins used: 20
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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