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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2a85 | ||||||
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タイトル | Crystal Structure of the G81A mutant of the Active Chimera of (S)-Mandelate Dehydrogenase in complex with its substrate 2-hydroxyoctanoate | ||||||
要素 | L(+)-mandelate dehydrogenase | ||||||
キーワード | OXIDOREDUCTASE / TIM BARREL / Hydroxy acid oxidizing enzyme | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 (S)-mandelate dehydrogenase / (S)-mandelate dehydrogenase activity / oxidative photosynthetic carbon pathway / (S)-2-hydroxy-acid oxidase / (S)-2-hydroxy-acid oxidase activity / mandelate catabolic process / : / fatty acid alpha-oxidation / response to other organism / L-lactate dehydrogenase activity ...(S)-mandelate dehydrogenase / (S)-mandelate dehydrogenase activity / oxidative photosynthetic carbon pathway / (S)-2-hydroxy-acid oxidase / (S)-2-hydroxy-acid oxidase activity / mandelate catabolic process / : / fatty acid alpha-oxidation / response to other organism / L-lactate dehydrogenase activity / FMN binding / peroxisome / plasma membrane 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Pseudomonas putida (バクテリア) Spinacia oleracea (ホウレンソウ) | ||||||
手法 | X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.5 Å | ||||||
データ登録者 | Sukumar, N. / Xu, Y. / Mitra, B. / Mathews, F.S. | ||||||
引用 | ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2009 タイトル: Structures of the G81A mutant form of the active chimera of (S)-mandelate dehydrogenase and its complex with two of its substrates. 著者: Sukumar, N. / Dewanti, A. / Merli, A. / Rossi, G.L. / Mitra, B. / Mathews, F.S. #1: ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2004 タイトル: High resolution structures of an oxidized and reduced flavoprotein. The water switch in a soluble form of (S)-mandelate dehydrogenase 著者: Sukumar, N. / Dewanti, A.R. / Mitra, B. / Mathews, F.S. #2: ジャーナル: Biochemistry / 年: 2001 タイトル: Structure of an active soluble mutant of the membrane-associated (S)-mandelate dehydrogenase 著者: Sukumar, N. / Xu, Y. / Gatti, D.L. / Mitra, B. / Mathews, F.S. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 2a85.cif.gz | 88.9 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb2a85.ent.gz | 65.3 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 2a85.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 2a85_validation.pdf.gz | 782.5 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 2a85_full_validation.pdf.gz | 793.5 KB | 表示 | |
XML形式データ | 2a85_validation.xml.gz | 17.8 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 2a85_validation.cif.gz | 24.4 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/a8/2a85 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/a8/2a85 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 42146.297 Da / 分子数: 1 / 変異: G81A / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Pseudomonas putida (バクテリア), (組換発現) Spinacia oleracea (ホウレンソウ) 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: P20932, UniProt: P05414, 酸化還元酵素 |
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#2: 化合物 | ChemComp-FMN / |
#3: 化合物 | ChemComp-MES / |
#4: 化合物 | ChemComp-HOC / ( |
#5: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.58 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.36 % |
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結晶化 | 温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.2 詳細: 0.2M MES, 0.75% ammonium sulfate, 10% ethylene glycol, 20uM FMN. Crystals grown in this condition were soaked in 8mM 2-hydroxyoctanoate for 16 hours., pH 6.2, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 291K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RU200 / 波長: 1.5418 Å |
検出器 | タイプ: RIGAKU RAXIS IV / 検出器: IMAGE PLATE |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.5→50 Å / Num. obs: 14637 / 冗長度: 5.7 % / Rmerge(I) obs: 0.118 |
反射 シェル | 解像度: 2.5→2.59 Å / Rmerge(I) obs: 0.77 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB Entry 1P4C 解像度: 2.5→50 Å / Isotropic thermal model: Isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
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原子変位パラメータ | Biso mean: 45 Å2 | ||||||||||||||||
Refine analyze |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.5→50 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.5→2.66 Å / Rfactor Rfree error: 3.3 /
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