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- PDB-2a7p: Crystal Structure of the G81A mutant of the Active Chimera of (S)... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2a7p
タイトルCrystal Structure of the G81A mutant of the Active Chimera of (S)-Mandelate Dehydrogenase in complex with its substrate 3-indolelactate
要素(S)-Mandelate Dehydrogenase
キーワードOXIDOREDUCTASE / TIM BARREL / Hydroxy acid oxidizing enzyme
機能・相同性
機能・相同性情報


(S)-mandelate dehydrogenase / (S)-mandelate dehydrogenase activity / oxidative photosynthetic carbon pathway / (S)-2-hydroxy-acid oxidase / (S)-2-hydroxy-acid oxidase activity / mandelate catabolic process / lactate oxidation / fatty acid alpha-oxidation / response to other organism / L-lactate dehydrogenase activity ...(S)-mandelate dehydrogenase / (S)-mandelate dehydrogenase activity / oxidative photosynthetic carbon pathway / (S)-2-hydroxy-acid oxidase / (S)-2-hydroxy-acid oxidase activity / mandelate catabolic process / lactate oxidation / fatty acid alpha-oxidation / response to other organism / L-lactate dehydrogenase activity / peroxisome / FMN binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Alpha-hydroxy acid dehydrogenase, FMN-dependent / FMN-dependent alpha-hydroxy acid dehydrogenase, active site / FMN hydroxy acid dehydrogenase domain / FMN-dependent alpha-hydroxy acid dehydrogenases active site. / FMN-dependent alpha-hydroxy acid dehydrogenase domain profile. / FMN-dependent dehydrogenase / FMN-dependent dehydrogenase / Aldolase class I / Aldolase-type TIM barrel / TIM Barrel ...Alpha-hydroxy acid dehydrogenase, FMN-dependent / FMN-dependent alpha-hydroxy acid dehydrogenase, active site / FMN hydroxy acid dehydrogenase domain / FMN-dependent alpha-hydroxy acid dehydrogenases active site. / FMN-dependent alpha-hydroxy acid dehydrogenase domain profile. / FMN-dependent dehydrogenase / FMN-dependent dehydrogenase / Aldolase class I / Aldolase-type TIM barrel / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
3-(INDOL-3-YL) LACTATE / FLAVIN MONONUCLEOTIDE / Glycolate oxidase / (S)-mandelate dehydrogenase
類似検索 - 構成要素
生物種Pseudomonas putida (バクテリア)
Spinacia oleracea (ホウレンソウ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.2 Å
データ登録者Sukumar, N. / Xu, Y. / Mitra, B. / Mathews, F.S.
引用
ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2009
タイトル: Structures of the G81A mutant form of the active chimera of (S)-mandelate dehydrogenase and its complex with two of its substrates.
著者: Sukumar, N. / Dewanti, A. / Merli, A. / Rossi, G.L. / Mitra, B. / Mathews, F.S.
#1: ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2004
タイトル: High resolution structures of an oxidized and reduced flavoprotein. The water switch in a soluble form of (S)-mandelate dehydrogenase
著者: Sukumar, N. / Dewanti, A.R. / Mitra, B. / Mathews, F.S.
#2: ジャーナル: Biochemistry / 年: 2001
タイトル: Structure of an active soluble mutant of the membrane-associated (S)-mandelate dehydrogenase
著者: Sukumar, N. / Xu, Y. / Gatti, D.L. / Mitra, B. / Mathews, F.S.
履歴
登録2005年7月5日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02006年7月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月30日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Derived calculations / Version format compliance
改定 1.32017年8月23日Group: Advisory / Refinement description / Source and taxonomy
カテゴリ: entity_src_gen / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / software
改定 1.42021年10月20日Group: Advisory / Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms ...database_2 / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.52023年8月23日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: (S)-Mandelate Dehydrogenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)43,0034
ポリマ－42,1461
非ポリマー8573
水4,035224
1
A: (S)-Mandelate Dehydrogenase
ヘテロ分子

A: (S)-Mandelate Dehydrogenase
ヘテロ分子

A: (S)-Mandelate Dehydrogenase
ヘテロ分子

A: (S)-Mandelate Dehydrogenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)172,01216
ポリマ－168,5854
非ポリマー3,42712
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_775-x+2,-y+2,z1
crystal symmetry operation3_755-y+2,x,z1
crystal symmetry operation4_575y,-x+2,z1
Buried area18080 Å2
ΔGint-9 kcal/mol
Surface area50020 Å2
手法PISA, PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)99.4, 99.4, 87.6
Angle α, β, γ (deg.)90.0, 90.0, 90.0
Int Tables number79
Space group name H-MI4

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要素

#1: タンパク質 (S)-Mandelate Dehydrogenase


分子量: 42146.297 Da / 分子数: 1 / 変異: G81A / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Pseudomonas putida (バクテリア), (組換発現) Spinacia oleracea (ホウレンソウ)
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: P20932, UniProt: P05414, 酸化還元酵素
#2: 化合物 ChemComp-FMN / FLAVIN MONONUCLEOTIDE / RIBOFLAVIN MONOPHOSPHATE / FMN


分子量: 456.344 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C17H21N4O9P
#3: 化合物 ChemComp-MES / 2-(N-MORPHOLINO)-ETHANESULFONIC ACID / 2-モルホリノエタンスルホン酸


分子量: 195.237 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H13NO4S / コメント: pH緩衝剤*YM
#4: 化合物 ChemComp-3IL / 3-(INDOL-3-YL) LACTATE / (2S)-2-HYDROXY-3-(1H-INDOL-3-YL)PROPANOIC ACID / 3-(1H-インド-ル-3-イル)乳酸


分子量: 205.210 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C11H11NO3
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 224 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.57 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.04 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.2
詳細: 0.2M MES, 0.75% ammonium sulfate, 10% ethylene glycol, 20uM FMN. Crystals grown in this condition were soaked in 30mM 3-indolelactate for 2 hours., pH 6.2, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 291K

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データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-ID
11001
21001
放射光源
由来サイトビームラインID波長 (Å)
シンクロトロンAPS 8-BM10.9
シンクロトロンAPS 14-BM-C20.9
検出器
タイプID検出器
ADSC QUANTUM 3151CCD
ADSC QUANTUM 42CCD
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.2→50 Å / Num. obs: 20535 / 冗長度: 3.5 % / Rmerge(I) obs: 0.084
反射 シェル解像度: 2.2→2.28 Å / Rmerge(I) obs: 0.302

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解析

ソフトウェア
名称分類
HKL-2000データ収集
SCALEPACKデータスケーリング
CNS精密化
HKL-2000データ削減
CNS位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1P4C

1p4c


解像度: 2.2→40 Å / Isotropic thermal model: Isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数Selection details
Rfree0.243 1129 Random
Rwork0.198 --
obs-19200 -
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.32 Å0.26 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.31 Å0.37 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.2→40 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2748 0 58 224 3030
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d0.009
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.4
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_deg21.4
LS精密化 シェル解像度: 2.2→2.34 Å / Rfactor Rfree error: 3.3 /
Rfactor反射数
Rfree0.363 119
Rwork0.339 -
obs-2104

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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