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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-29624 | ||||||||||||
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タイトル | Cryo-EM structure of an E. coli rotated ribosome complex bound with RF3-ppGpp and p/E-tRNAPhe (Composite state I-C) | ||||||||||||
マップデータ | Cryo-EM structure of an E. coli rotated ribosome complex bound with RF3-ppGpp and p/E-tRNAPhe (Composite state I-C) | ||||||||||||
試料 |
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キーワード | release factor 3 / termination complex / cryo-EM / tRNA / RIBOSOME / RIBOSOME-RNA complex | ||||||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 regulation of translational termination / translation release factor activity, codon nonspecific / translation release factor activity, codon specific / negative regulation of cytoplasmic translational initiation / guanosine tetraphosphate binding / stringent response / positive regulation of ribosome biogenesis / translational termination / DnaA-L2 complex / negative regulation of DNA-templated DNA replication initiation ...regulation of translational termination / translation release factor activity, codon nonspecific / translation release factor activity, codon specific / negative regulation of cytoplasmic translational initiation / guanosine tetraphosphate binding / stringent response / positive regulation of ribosome biogenesis / translational termination / DnaA-L2 complex / negative regulation of DNA-templated DNA replication initiation / negative regulation of translational initiation / mRNA regulatory element binding translation repressor activity / ribosome assembly / assembly of large subunit precursor of preribosome / cytosolic ribosome assembly / transcription antitermination / translational initiation / regulation of cell growth / DNA-templated transcription termination / maintenance of translational fidelity / mRNA 5'-UTR binding / GDP binding / ribosomal small subunit biogenesis / large ribosomal subunit / small ribosomal subunit rRNA binding / ribosome binding / ribosomal small subunit assembly / ribosomal large subunit assembly / small ribosomal subunit / transferase activity / large ribosomal subunit rRNA binding / 5S rRNA binding / cytosolic small ribosomal subunit / cytoplasmic translation / cytosolic large ribosomal subunit / tRNA binding / negative regulation of translation / rRNA binding / ribosome / structural constituent of ribosome / ribonucleoprotein complex / translation / response to antibiotic / GTPase activity / mRNA binding / GTP binding / RNA binding / zinc ion binding / membrane / cytosol / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||||||||
生物種 | Escherichia coli (大腸菌) / Escherichia phage T4 (ファージ) / Escherichia coli K-12 (大腸菌) | ||||||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.2 Å | ||||||||||||
データ登録者 | Rybak MY / Li L / Lin J / Gagnon MG | ||||||||||||
資金援助 | 米国, 中国, 3件
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引用 | ジャーナル: Nat Struct Mol Biol / 年: 2024 タイトル: The ribosome termination complex remodels release factor RF3 and ejects GDP. 著者: Li Li / Mariia Yu Rybak / Jinzhong Lin / Matthieu G Gagnon / 要旨: Translation termination involves release factors RF1, RF2 and the GTPase RF3 that recycles RF1 and RF2 from the ribosome. RF3 dissociates from the ribosome in the GDP-bound form and must then ...Translation termination involves release factors RF1, RF2 and the GTPase RF3 that recycles RF1 and RF2 from the ribosome. RF3 dissociates from the ribosome in the GDP-bound form and must then exchange GDP for GTP. The 70S ribosome termination complex (70S-TC) accelerates GDP exchange in RF3, suggesting that the 70S-TC can function as the guanine nucleotide exchange factor for RF3. Here, we use cryogenic-electron microscopy to elucidate the mechanism of GDP dissociation from RF3 catalyzed by the Escherichia coli 70S-TC. The non-rotated ribosome bound to RF1 remodels RF3 and induces a peptide flip in the phosphate-binding loop, efficiently ejecting GDP. Binding of GTP allows RF3 to dock at the GTPase center, promoting the dissociation of RF1 from the ribosome. The structures recapitulate the functional cycle of RF3 on the ribosome and uncover the mechanism by which the 70S-TC allosterically dismantles the phosphate-binding groove in RF3, a previously overlooked function of the ribosome. | ||||||||||||
履歴 |
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-構造の表示
添付画像 |
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-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_29624.map.gz | 455.5 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-29624-v30.xml emd-29624.xml | 78.9 KB 78.9 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd_29624.png | 154 KB | ||
Filedesc metadata | emd-29624.cif.gz | 16 KB | ||
その他 | emd_29624_half_map_1.map.gz emd_29624_half_map_2.map.gz | 455.2 MB 455.2 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-29624 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-29624 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_29624_validation.pdf.gz | 1.1 MB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_29624_full_validation.pdf.gz | 1.1 MB | 表示 | |
XML形式データ | emd_29624_validation.xml.gz | 19.1 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_29624_validation.cif.gz | 22.6 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-29624 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-29624 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 8fzfMC 8fzdC 8fzeC 8fzgC 8fzhC 8fziC 8fzjC C: 同じ文献を引用 (文献) M: このマップから作成された原子モデル |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_29624.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 512 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | Cryo-EM structure of an E. coli rotated ribosome complex bound with RF3-ppGpp and p/E-tRNAPhe (Composite state I-C) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 0.85 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-ハーフマップ: Cryo-EM structure of an E. coli rotated ribosome...
ファイル | emd_29624_half_map_1.map | ||||||||||||
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注釈 | Cryo-EM structure of an E. coli rotated ribosome complex bound with RF3-ppGpp and p/E-tRNAPhe (Composite state I-C). Half map. | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: Cryo-EM structure of an E. coli rotated ribosome...
ファイル | emd_29624_half_map_2.map | ||||||||||||
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注釈 | Cryo-EM structure of an E. coli rotated ribosome complex bound with RF3-ppGpp and p/E-tRNAPhe (Composite state I-C). Half map. | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
+全体 : Cryo-EM structure of an E. coli rotated ribosome complex bound wi...
+超分子 #1: Cryo-EM structure of an E. coli rotated ribosome complex bound wi...
+分子 #1: 16S Ribosomal RNA
+分子 #22: p/E phenylalanyl-tRNA
+分子 #23: F-UAA mRNA
+分子 #25: 23S Ribosomal RNA
+分子 #26: 5S Ribosomal RNA
+分子 #2: 30S ribosomal protein S2
+分子 #3: 30S ribosomal protein S3
+分子 #4: 30S ribosomal protein S4
+分子 #5: 30S ribosomal protein S5
+分子 #6: 30S ribosomal protein S6
+分子 #7: 30S ribosomal protein S7
+分子 #8: 30S ribosomal protein S8
+分子 #9: Small ribosomal subunit protein uS9
+分子 #10: 30S ribosomal protein S10
+分子 #11: 30S ribosomal protein S11
+分子 #12: 30S ribosomal protein S12
+分子 #13: 30S ribosomal protein S13
+分子 #14: Small ribosomal subunit protein uS14
+分子 #15: Small ribosomal subunit protein uS15
+分子 #16: 30S ribosomal protein S16
+分子 #17: Small ribosomal subunit protein uS17
+分子 #18: 30S ribosomal protein S18
+分子 #19: 30S ribosomal protein S19
+分子 #20: 30S ribosomal protein S20
+分子 #21: 30S ribosomal protein S21
+分子 #24: Peptide chain release factor RF3
+分子 #27: 50S ribosomal protein L2
+分子 #28: 50S ribosomal protein L3
+分子 #29: 50S ribosomal protein L4
+分子 #30: 50S ribosomal protein L5
+分子 #31: 50S ribosomal protein L6
+分子 #32: 50S ribosomal protein L10
+分子 #33: 50S ribosomal protein L11
+分子 #34: 50S ribosomal protein L13
+分子 #35: 50S ribosomal protein L14
+分子 #36: 50S ribosomal protein L15
+分子 #37: 50S ribosomal protein L16
+分子 #38: Large ribosomal subunit protein bL17
+分子 #39: 50S ribosomal protein L18
+分子 #40: 50S ribosomal protein L19
+分子 #41: 50S ribosomal protein L20
+分子 #42: Ribosomal protein L21
+分子 #43: 50S ribosomal protein L22
+分子 #44: 50S ribosomal protein L23
+分子 #45: 50S ribosomal protein L24
+分子 #46: 50S ribosomal protein L25
+分子 #47: 50S ribosomal protein L27
+分子 #48: 50S ribosomal protein L28
+分子 #49: 50S ribosomal protein L29
+分子 #50: Large ribosomal subunit protein uL30
+分子 #51: 50S ribosomal protein L31
+分子 #52: 50S ribosomal protein L32
+分子 #53: Large ribosomal subunit protein bL33
+分子 #54: 50S ribosomal protein L34
+分子 #55: 50S ribosomal protein L35
+分子 #56: 50S ribosomal protein L36
+分子 #57: MAGNESIUM ION
+分子 #58: GUANOSINE-5',3'-TETRAPHOSPHATE
+分子 #59: ZINC ION
+分子 #60: water
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
緩衝液 | pH: 7.4 詳細: 5 mM Tris-HCl, 60 mM NH4Cl, 10 mM MgCl2, 6 mM B-mercaptoethanol |
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グリッド | モデル: Quantifoil R2/1 / 材質: GOLD / メッシュ: 200 / 支持フィルム - 材質: GOLD / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY / 前処理 - タイプ: PLASMA CLEANING / 前処理 - 時間: 30 sec. / 前処理 - 雰囲気: OTHER |
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 85 % / チャンバー内温度: 295 K / 装置: LEICA EM GP |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | TFS KRIOS |
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ソフトウェア | 名称: EPU (ver. 2.11.1) |
撮影 | フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON III (4k x 4k) 検出モード: INTEGRATING / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 10284 / 平均露光時間: 1.0 sec. / 平均電子線量: 40.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス(公称値): 2.5 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 1.0 µm / 倍率(公称値): 96000 |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER ホルダー冷却材: NITROGEN |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |